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brew / 順位 5171

seqtk を Homebrew, apt, Nix でインストール

seqtk のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install seqtk

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install seqtk

Debian stable package indexes · seqtk · ソース: deb.debian.org

Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#seqtk

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/se/seqtk/package.nix · ソース: api.github.com

概要

パッケージ概要

Toolkit for processing sequences in FASTA/Q formats

コマンドとエイリアス

  • seqtk

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

Seqtk is a lightweight command-line toolkit for common transformations and selections on FASTA and FASTQ biological-sequence files.

プロジェクトの歴史

Seqtk was created by Heng Li as a fast, lightweight toolkit for manipulating FASTA and FASTQ sequence data. Its implementation and build remain deliberately small, with zlib as its only library dependency.

採用の歴史

Seqtk is distributed by multiple Unix package ecosystems, including Homebrew, Debian, Ubuntu, and Nix, making its small command-line toolkit readily available in bioinformatics environments.

使われ方

Typical uses include FASTQ-to-FASTA conversion, reverse complementation, sequence or region extraction, masking, paired-read subsampling, quality trimming, and line normalization. It accepts gzip-compressed input and is commonly placed in shell pipelines.

パッケージ好きにとっての重要性

Seqtk is valued as a compact, zlib-only sequence-processing utility that composes naturally with pipes and established genomics tools. Its focused executable covers many routine FASTA/FASTQ transformations without requiring a larger workflow framework.

タイムライン

  • 2010s: Seqtk became a commonly packaged Unix command-line utility for lightweight FASTA/FASTQ processing.

Related projects

  • Seqtk commonly appears alongside read aligners and other command-line genomics software that consume FASTA, FASTQ, BED, or related formats.

ソース

  • Official repository and README: https://github.com/lh3/seqtk
  • source_facts.package-manager

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance

理由

  • narrow executable package without higher-risk signals

信号

  • metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

  • formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
  • Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
seqtkcliグローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-09-19
マネージャ版1.5
マネージャ更新日2026-09-11
ローカルデータOK
上流最新
検出された最新v1.5

https://github.com/lh3/seqtk

  • OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:seqtk
バージョン1.5
パッケージマネージャHomebrew
パッケージマネージャページhttps://formulae.brew.sh/formula/seqtk
ホームページhttps://github.com/lh3/seqtk
リポジトリhttps://github.com/lh3/seqtk
ライセンスMIT
ソースアーカイブhttps://github.com/lh3/seqtk/archive/refs/tags/v1.5.tar.gz
最終更新2026-09-11T16:43:42Z
Pulseupdated
Bottle利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install未定義
サービス宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source DatabaseHomebrew formula API
Taphomebrew/core
Full Nameseqtk
Version Scheme0
Revision0
Bottle Stable Root URLhttps://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecatedno
Disabledno
Keg Onlyno
URL Keys
  • stable

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Debian apt95%

seqtk 1.4-2

Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format

https://github.com/lh3/seqtk

sudo apt install seqtk
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 2 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Seqtk
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: seqtk from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Nix95%

seqtk

nix profile install nixpkgs#seqtk
  • normalized package name match
  • 一致条件: Seqtk
nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/se/seqtk/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1
Ubuntu apt95%

seqtk 1.4-2

Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format

https://github.com/lh3/seqtk

sudo apt install seqtk
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 2 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Seqtk
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: seqtk from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

同じワークフロー

  • seqkitShares pkgdb curated category or tags: bioinformatics, cli, fasta, fastq, science.
  • mmseqs2Shares pkgdb curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequence-analysis.
  • fastqcShares pkgdb curated category or tags: bioinformatics, cli, fastq, science.
  • fastpShares pkgdb curated category or tags: bioinformatics, cli, fastq, science.
  • kalignShares pkgdb curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequence-analysis.
  • proteinorthoShares pkgdb curated category or tags: bioinformatics, cli, science, sequence-analysis.

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • package relationship graph
  • package version freshness
  • package-page enrichment
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation