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Homebrew確認済み · 100%
brew install perbaselocal Homebrew formula metadata
brew / 順位 8435
perbase を Homebrew でインストール
perbase のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。
インストール
追加のインストールコマンド
概要
パッケージ概要
Fast and correct perbase BAM/CRAM analysis
プロジェクトリンク
コマンドとエイリアス
- perbase
履歴
プロジェクトの歴史と使われ方
perbase is a highly parallel Rust command-line toolkit for computing per-base metrics from BAM and CRAM files.
プロジェクトの歴史
Seth Stadick created perbase as a highly parallel utility for per-position and per-nucleotide analysis of BAM and CRAM alignment data. The project emphasizes scalable concurrency and counting behavior intended to avoid accuracy problems identified in some existing depth tools.
採用の歴史
The official project documents installation through Bioconda, Cargo, Homebrew, or downloadable release binaries, giving it several routes into genomics workflows.
使われ方
Commonly used to calculate nucleotide-resolved depth, restrict analysis to BED or VCF/BCF positions, account for overlapping mates, and emit compressed tabular output suitable for tabix indexing.
パッケージ好きにとっての重要性
It is a Rust-based genomics CLI distributed across both language-specific and scientific package ecosystems. Its explicit treatment of deletions, reference skips, mate overlap, compression, and indexing makes it interesting to users who care about reproducible low-level sequencing metrics.
タイムライン
- 2023: perbase 0.9.0 was used by the Nano-DMS-MaP project.
- Current project: Available through Bioconda, Cargo, Homebrew, and GitHub releases.
Related projects
- The official README compares aspects of its counting behavior with bam-readcount and sambamba.
- tabix is documented for indexing and querying compressed perbase output.
ソース
- Official repository and README: https://github.com/sstadick/perbase
セキュリティ状態
リスクレベル: グリーン
narrow executable package without higher-risk signals.
リスク分類器
リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance
理由
- narrow executable package without higher-risk signals
信号
- metadata:no-higher-risk-signals
インストール挙動
- formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
- Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
- ビルドメタデータには 3 件のビルド依存関係があります。
推奨レビュー
エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。
実行可能ファイル
インストールされる実行可能ファイル
| コマンド | 種類 | 公開範囲 | メモ |
|---|---|---|---|
perbase | cli | グローバル実行可能ファイル |
鮮度
バージョンと鮮度
これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。
ページ生成日2026-09-19
マネージャ版1.4.0
マネージャ更新日2026-09-13
ローカルデータOK
上流最新
検出された最新v1.4.0
https://github.com/sstadick/perbase
- OK鮮度警告は生成されていません。
インストールメタデータ
パッケージメタデータ
| パッケージキー | brew:perbase |
|---|---|
| バージョン | 1.4.0 |
| パッケージマネージャ | Homebrew |
| パッケージマネージャページ | https://formulae.brew.sh/formula/perbase |
| ホームページ | https://github.com/sstadick/perbase |
| リポジトリ | https://github.com/sstadick/perbase |
| ライセンス | MIT |
| ソースアーカイブ | https://github.com/sstadick/perbase/archive/refs/tags/v1.4.0.tar.gz |
| 最終更新 | 2026-09-13T06:48:36Z |
| Pulse | updated |
| ビルド依存関係 | cmake, pkgconf, rust |
| macOS 提供ライブラリ | bzip2, curl, llvm |
| Bottle | 利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| Homebrew post-install | 未定義 |
| サービス | 宣言なし |
レジストリ情報
ソースデータベース詳細
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | perbase |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Head Version | HEAD |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
ソース経路
リポジトリデータから生成
このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用ソース
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation