macOS
Homebrew確認済み · 100%
brew install mosdepthlocal Homebrew formula metadata
brew / 順位 12854
mosdepth を Homebrew, Nix, apt でインストール
mosdepth のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。
インストール
追加のインストールコマンド
Linux
Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#mosdepthnixpkgs package indexes · pkgs/by-name/mo/mosdepth/package.nix · ソース: api.github.com
Ubuntu apt確認済み · 92%
sudo apt install mosdepthUbuntu 24.04 LTS package indexes · mosdepth · ソース: archive.ubuntu.com
概要
パッケージ概要
Fast BAM/CRAM depth calculation for WGS, exome, or targeted sequencing
プロジェクトリンク
コマンドとエイリアス
- mosdepth
履歴
プロジェクトの歴史と使われ方
mosdepth is a command-line tool for fast BAM/CRAM depth and coverage calculation across whole-genome, exome, or targeted sequencing datasets.
プロジェクトの歴史
mosdepth was introduced by Brent S. Pedersen and Aaron R. Quinlan in a Bioinformatics paper published online in October 2017 and appearing in the March 2018 issue. The paper presented it as a quick coverage calculator for genome and exome sequencing data.
The implementation is written in Nim and uses HTSlib via hts-nim. Its algorithm tracks alignment chunk starts and ends in chromosome-sized arrays rather than using a pileup engine for every read base.
採用の歴史
mosdepth gained adoption because sequencing coverage summaries are a routine need for variant calling QC, copy-number workflows, targeted panels, exomes, and whole genomes. The paper compared mosdepth with samtools, bedtools, and sambamba and showed faster runtime on a 30x genome benchmark.
The official README documents binary releases, Bioconda, Homebrew, and Docker usage, making it straightforward to package in bioinformatics environments and reproducible workflow containers.
使われ方
The CLI consumes position-sorted BAM or CRAM input and can report per-base depth, region summaries from BED files, fixed windows, quantized coverage, coverage thresholds, and distributions.
Users choose mosdepth when they need fast genome-wide or region-based coverage calculation and can accept the memory profile of chromosome-sized arrays.
パッケージ好きにとっての重要性
mosdepth is notable to package maintainers because it is a compact compiled bioinformatics binary whose value comes from speed, HTSlib integration, and predictable command-line output files rather than from daemon-style services or configuration.
It is also a representative Nim-based scientific CLI in package-manager ecosystems that otherwise contain many C/C++, Python, and Perl genomics tools.
タイムライン
- 2017: Bioinformatics article published online introducing mosdepth.
- 2018: Article appears in Bioinformatics volume 34 issue 5.
- 2025: GitHub wiki FAQ updated.
- 2026: GitHub releases list a latest release dated April 24, 2026.
Related projects
- samtools depth, BEDTools genomecov, and sambamba are related depth/coverage tools compared in the official paper and README.
- HTSlib and hts-nim are implementation dependencies named in the README and paper.
ソース
セキュリティ状態
保護ツール対応はまだ見つかっていません
mosdepth に一致するローカルシークレット処理マニフェストは見つかりませんでした。将来の対応で安定したパッケージ URL を使えるよう、パッケージメタデータはここに公開されています。
インストール挙動
- formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
- Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
- 1 件の実行時依存関係とともにインストールされます。
- ビルドメタデータには 1 件のビルド依存関係があります。
推奨レビュー
エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。
実行可能ファイル
インストールされる実行可能ファイル
| コマンド | 種類 | 公開範囲 | メモ |
|---|---|---|---|
mosdepth | cli | グローバル実行可能ファイル |
鮮度
バージョンと鮮度
これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。
ページ生成日2026-08-04
マネージャ版0.3.14
マネージャ更新日2026-07-13
ローカルデータOK
上流最新
検出された最新v0.3.14
https://github.com/brentp/mosdepth
- OK鮮度警告は生成されていません。
インストールメタデータ
パッケージメタデータ
| パッケージキー | brew:mosdepth |
|---|---|
| バージョン | 0.3.14 |
| パッケージマネージャ | Homebrew |
| パッケージマネージャページ | https://formulae.brew.sh/formula/mosdepth |
| ホームページ | https://github.com/brentp/mosdepth |
| リポジトリ | https://github.com/brentp/mosdepth |
| ライセンス | MIT |
| ソースアーカイブ | https://github.com/brentp/mosdepth/archive/refs/tags/v0.3.14.tar.gz |
| 最終更新 | 2026-07-13T04:04:09Z |
| Pulse | updated |
| 依存関係 | htslib |
| ビルド依存関係 | nim |
| Bottle | 利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| Homebrew post-install | 未定義 |
| サービス | 宣言なし |
レジストリ情報
ソースデータベース詳細
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | mosdepth |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Head Version | HEAD |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
ソースデータベース一致
他のパッケージマネージャ記録
一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。
Nix95%
mosdepth
nix profile install nixpkgs#mosdepth- normalized package name match
- 一致条件: Mosdepth
Ubuntu apt95%
mosdepth 0.3.6+ds-1
BAM/CRAM depth calculation biological sequencing
https://github.com/brentp/mosdepth
sudo apt install mosdepth- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 2 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Mosdepth
Ubuntu apt95%
mosdepth-examples 0.3.6+ds-1
Test data for mosdepth
https://github.com/brentp/mosdepth
sudo apt install mosdepth-examples- Section: universe/science
- Architecture: all
- Source Package: mosdepth
- normalized package name match
- 一致条件: Mosdepth
ソース経路
リポジトリデータから生成
このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用ソース
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation