インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%

brew install chopper

local Homebrew formula metadata

概要

パッケージ概要

Filter and trim long-read sequencing data by quality and length

プロジェクトリンク

コマンドとエイリアス

chopper

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

chopper is a Rust command-line program for filtering and trimming FASTQ reads from long-read sequencing platforms such as Oxford Nanopore and PacBio. It is designed as a faster reimplementation of functionality associated with the Python tools NanoFilt and NanoLyse.

プロジェクトの歴史

The project's GitHub repository was created in August 2020. Its first published GitHub release was v0.1.0 in November 2022, and development has continued through later releases that expanded its filtering and trimming strategies.

採用の歴史

The project distributes ready-to-use binaries from GitHub Releases and documents installation through Bioconda. The supplied package metadata also records a Homebrew formula, making it available in both bioinformatics-focused and general-purpose package-manager workflows.

使われ方

chopper fits Unix sequencing pipelines by reading FASTQ from standard input and writing accepted reads to standard output. Common invocations set minimum quality and length thresholds, optionally crop or quality-trim reads, and pipe compressed data through gzip or pigz.

パッケージ好きにとっての重要性

For package-oriented users, chopper is notable as a small Rust replacement for older Python tooling that preserves stream-based composition while offering standalone release binaries and Bioconda and Homebrew distribution. Its stdin/stdout interface makes it easy to slot into reproducible shell pipelines without project-specific configuration.

タイムライン

2020: GitHub repository created.
2022: First GitHub release, v0.1.0.
2026: v0.13.0 released with split-window support for low-quality splitting.

Related projects

NanoFilt and NanoLyse are the Python tools whose functionality motivated chopper's Rust implementation.
pigz is recommended in the official README for overlapping FASTQ compression or decompression with chopper's processing.

ソース

https://api.github.com/repos/wdecoster/chopper
https://api.github.com/repos/wdecoster/chopper/releases?per_page=100
https://github.com/wdecoster/chopper#readme
source_facts.package-manager

セキュリティ状態

保護ツール対応はまだ見つかっていません

chopper に一致するローカルシークレット処理マニフェストは見つかりませんでした。将来の対応で安定したパッケージ URL を使えるよう、パッケージメタデータはここに公開されています。

インストール挙動

formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
ビルドメタデータには 2 件のビルド依存関係があります。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド	種類	公開範囲	メモ
`chopper`	cli	グローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-08-04

マネージャ版0.13.0

マネージャ更新日2026-07-15

ローカルデータOK

上流最新

検出された最新v0.13.0

https://github.com/wdecoster/chopper

OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキー	brew:chopper
バージョン	0.13.0
パッケージマネージャ	Homebrew
パッケージマネージャページ	https://formulae.brew.sh/formula/chopper
ホームページ	https://github.com/wdecoster/chopper
リポジトリ	https://github.com/wdecoster/chopper
ライセンス	MIT
ソースアーカイブ	https://github.com/wdecoster/chopper/archive/refs/tags/v0.13.0.tar.gz
最終更新	2026-07-15T10:09:42Z
Pulse	updated
ビルド依存関係	cmake, rust
Bottle	利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install	未定義
サービス	宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	chopper
Version Scheme	0
Revision	0
Head Version	HEAD
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	head stable

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/chopper.yml

使用ソース

cross-ecosystem install command graph
curated package history
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment
pkg.so package database
pkgdb category and tag curation

chopper を Homebrew でインストール