macOS
Homebrew Caskvérifié · 100%
brew install --cask jalviewlocal Homebrew cask metadata
cask
Installer jalview avec Homebrew Cask
Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de jalview pour les workflows d'agents IA.
installation
Commandes d'installation supplémentaires
aperçu
Résumé du paquet
Multiple sequence alignment editor, visualiser, analysis and figure generator
Liens du projet
Commandes et alias
- jalview
historique
Historique du projet et usages
Jalview is an open-source bioinformatics workbench for editing, visualizing, analyzing, and publishing multiple sequence alignments and associated annotations or molecular structures.
Historique du projet
Jalview was initially developed in 1996 by Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, and Geoff Barton at the University of Oxford and later the European Bioinformatics Institute.
BBSRC eScience funding in 2004 enabled Andrew Waterhouse and Jim Procter to re-engineer the application as Jalview 2 using contemporary Java and web technologies. Further BBSRC support continued from 2009, followed by a Wellcome Trust Biomedical Resource grant from 2014.
The project remains open source and primarily Java-based, with development conducted publicly through the official Jalview GitLab and associated issue tracker.
Historique d'adoption
Jalview moved from its original late-1990s implementation to a substantially re-engineered Jalview 2 in 2005. Its combination of desktop editing, visualization, analysis services, and structure integration established it as a reusable workbench for sequence-alignment research and teaching.
Long-term institutional support, published scientific citations, training material, open development, and desktop installers across major operating systems have sustained its use in the bioinformatics community.
Modes d'utilisation
Researchers use Jalview to inspect and edit multiple sequence alignments, apply color schemes, attach sequence features, invoke analysis services, view associated three-dimensional structures, and export publication figures.
Desktop preferences are normally stored in `.jalview_properties` in the user's home directory. Command-line users can select an alternative preferences file with `--props` for controlled or reproducible workflows.
Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent
Jalview is a durable example of scientific desktop software that bridges interactive visualization, web services, command-line automation, and reproducible research figures.
Its long release history, Java portability, open source, executable JARs, desktop installers, development channels, and JavaScript edition make its packaging evolution particularly interesting.
Chronologie
- 1996: Initial Jalview development began at the University of Oxford.
- 2004: BBSRC eScience funding supported the re-engineering that became Jalview 2.
- 2005: Jalview 2 was released.
- 2009: The Jalview 2 workbench paper was published, and renewed BBSRC support began.
- 2010–2012: Google Summer of Code work expanded RNA alignment and secondary-structure capabilities.
- 2014: Development gained Wellcome Trust Biomedical Resource support.
Related projects
- JalviewJS
- Jmol
- JABAWS
- BioJava
Sources
posture de sécurité
Aucune couverture d'outil protégé trouvée pour le moment
Aucun manifest local de gestion des secrets correspondant n'a été trouvé pour jalview. Les métadonnées de paquet restent publiées ici afin que la couverture future dispose d'une URL stable.
Comportement d'installation
- Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
- Aucune métadonnée de bottle Homebrew n’a été enregistrée.
Revue recommandée
Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.
local files
Configuration and credential file locations
These source-backed paths show where this package keeps local settings or durable credentials. Automic Vault can use them as review targets for secret scanning, migration, and command approval.
Configuration files
Config paths the tool may read or write during local use.
- Unix
~/.jalview_properties- Windows
%HOMEPATH%\.jalview_properties
exécutables
Exécutables installés
| Commande | Type | Exposition | Note |
|---|---|---|---|
jalview | binaire | binaire de cask Homebrew | jalview |
fraîcheur
Version et fraîcheur
Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.
page générée2026-11-04
version du gestionnaire2.11.5.1
gestionnaire mis à jour
données localesOK
amontnot checked
dernière version détectéenon détecté
- infoNo package-manager update timestamp was available.confiance faible
- infoRelease/tag comparison is only available for GitHub repositories.https://www.jalview.org/confiance none
métadonnées d'installation
Métadonnées du paquet
| Clé du paquet | cask:jalview |
|---|---|
| Version | 2.11.5.1 |
| Gestionnaire de paquets | Homebrew Cask |
| Page du gestionnaire de paquets | https://formulae.brew.sh/cask/jalview |
| Page d'accueil | https://www.jalview.org/ |
| Docs amont | https://www.jalview.org/ |
| Archive source | https://www.jalview.org/downloads/installers/release/Jalview-2_11_5_1-macos-aarch64-java_8.dmg |
| SHA-256 | 341a3b2e52cfc0512df6767892a9c1dc8a458dccab1256f3686b3ad9288a7f47 |
| Bouteille | non enregistré |
| post-install Homebrew | non défini |
| Service | aucun déclaré |
faits du registre
Détails de la base source
| Source Database | Homebrew cask API |
|---|---|
| Tap | homebrew/cask |
| Full Token | jalview |
| Names |
|
| Artifacts | |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
piste source
Généré depuis les données du dépôt
Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Sources utilisées
- cross-ecosystem install command graph
- curated configuration and credential file locations
- curated package history
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment