macOS
Homebrewvérifié · 100%
brew install seqtklocal Homebrew formula metadata
brew / rang 5171
Installer seqtk avec Homebrew, apt, Nix
Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de seqtk pour les workflows d'agents IA.
installation
Commandes d'installation supplémentaires
Linux
Debian aptvérifié · 92%
sudo apt install seqtkDebian stable package indexes · seqtk · Source: deb.debian.org
Nixvérifié · 92%
nix profile install nixpkgs#seqtknixpkgs package indexes · pkgs/by-name/se/seqtk/package.nix · Source: api.github.com
aperçu
Résumé du paquet
Toolkit for processing sequences in FASTA/Q formats
Liens du projet
Commandes et alias
- seqtk
historique
Historique du projet et usages
Seqtk is a lightweight command-line toolkit for common transformations and selections on FASTA and FASTQ biological-sequence files.
Historique du projet
Seqtk was created by Heng Li as a fast, lightweight toolkit for manipulating FASTA and FASTQ sequence data. Its implementation and build remain deliberately small, with zlib as its only library dependency.
Historique d'adoption
Seqtk is distributed by multiple Unix package ecosystems, including Homebrew, Debian, Ubuntu, and Nix, making its small command-line toolkit readily available in bioinformatics environments.
Modes d'utilisation
Typical uses include FASTQ-to-FASTA conversion, reverse complementation, sequence or region extraction, masking, paired-read subsampling, quality trimming, and line normalization. It accepts gzip-compressed input and is commonly placed in shell pipelines.
Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent
Seqtk is valued as a compact, zlib-only sequence-processing utility that composes naturally with pipes and established genomics tools. Its focused executable covers many routine FASTA/FASTQ transformations without requiring a larger workflow framework.
Chronologie
- 2010s: Seqtk became a commonly packaged Unix command-line utility for lightweight FASTA/FASTQ processing.
Related projects
- Seqtk commonly appears alongside read aligners and other command-line genomics software that consume FASTA, FASTQ, BED, or related formats.
Sources
- Official repository and README: https://github.com/lh3/seqtk
- source_facts.package-manager
posture de sécurité
Niveau de risque : vert
narrow executable package without higher-risk signals.
Classificateur de risque
risque vert · confiance faible · appliance
Pourquoi
- narrow executable package without higher-risk signals
Signaux
- metadata:no-higher-risk-signals
Comportement d'installation
- Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
- Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
Revue recommandée
Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.
exécutables
Exécutables installés
| Commande | Type | Exposition | Note |
|---|---|---|---|
seqtk | cli | exécutable global |
fraîcheur
Version et fraîcheur
Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.
page générée2026-09-19
version du gestionnaire1.5
gestionnaire mis à jour2026-09-11
données localesOK
amontà jour
dernière version détectéev1.5
- OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.
métadonnées d'installation
Métadonnées du paquet
| Clé du paquet | brew:seqtk |
|---|---|
| Version | 1.5 |
| Gestionnaire de paquets | Homebrew |
| Page du gestionnaire de paquets | https://formulae.brew.sh/formula/seqtk |
| Page d'accueil | https://github.com/lh3/seqtk |
| Dépôt | https://github.com/lh3/seqtk |
| Licence | MIT |
| Archive source | https://github.com/lh3/seqtk/archive/refs/tags/v1.5.tar.gz |
| Dernière mise à jour | 2026-09-11T16:43:42Z |
| Pulse | updated |
| Bouteille | disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| post-install Homebrew | non défini |
| Service | aucun déclaré |
faits du registre
Détails de la base source
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | seqtk |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
correspondances dans les bases sources
Autres enregistrements de gestionnaires de paquets
Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.
Debian apt95%
seqtk 1.4-2
Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format
sudo apt install seqtk- Section: science
- Architecture: amd64
- 2 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Seqtk
Nix95%
seqtk
nix profile install nixpkgs#seqtk- normalized package name match
- Correspondance par : Seqtk
Ubuntu apt95%
seqtk 1.4-2
Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format
sudo apt install seqtk- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 2 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Seqtk
piste source
Généré depuis les données du dépôt
Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Sources utilisées
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation