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Homebrewvérifié · 100%
brew install perbaselocal Homebrew formula metadata
brew / rang 8435
Installer perbase avec Homebrew
Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de perbase pour les workflows d'agents IA.
installation
Commandes d'installation supplémentaires
aperçu
Résumé du paquet
Fast and correct perbase BAM/CRAM analysis
Liens du projet
Commandes et alias
- perbase
historique
Historique du projet et usages
perbase is a highly parallel Rust command-line toolkit for computing per-base metrics from BAM and CRAM files.
Historique du projet
Seth Stadick created perbase as a highly parallel utility for per-position and per-nucleotide analysis of BAM and CRAM alignment data. The project emphasizes scalable concurrency and counting behavior intended to avoid accuracy problems identified in some existing depth tools.
Historique d'adoption
The official project documents installation through Bioconda, Cargo, Homebrew, or downloadable release binaries, giving it several routes into genomics workflows.
Modes d'utilisation
Commonly used to calculate nucleotide-resolved depth, restrict analysis to BED or VCF/BCF positions, account for overlapping mates, and emit compressed tabular output suitable for tabix indexing.
Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent
It is a Rust-based genomics CLI distributed across both language-specific and scientific package ecosystems. Its explicit treatment of deletions, reference skips, mate overlap, compression, and indexing makes it interesting to users who care about reproducible low-level sequencing metrics.
Chronologie
- 2023: perbase 0.9.0 was used by the Nano-DMS-MaP project.
- Current project: Available through Bioconda, Cargo, Homebrew, and GitHub releases.
Related projects
- The official README compares aspects of its counting behavior with bam-readcount and sambamba.
- tabix is documented for indexing and querying compressed perbase output.
Sources
- Official repository and README: https://github.com/sstadick/perbase
posture de sécurité
Niveau de risque : vert
narrow executable package without higher-risk signals.
Classificateur de risque
risque vert · confiance faible · appliance
Pourquoi
- narrow executable package without higher-risk signals
Signaux
- metadata:no-higher-risk-signals
Comportement d'installation
- Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
- Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
- Les métadonnées de compilation listent 3 dépendances de compilation.
Revue recommandée
Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.
exécutables
Exécutables installés
| Commande | Type | Exposition | Note |
|---|---|---|---|
perbase | cli | exécutable global |
fraîcheur
Version et fraîcheur
Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.
page générée2026-09-19
version du gestionnaire1.4.0
gestionnaire mis à jour2026-09-13
données localesOK
amontà jour
dernière version détectéev1.4.0
https://github.com/sstadick/perbase
- OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.
métadonnées d'installation
Métadonnées du paquet
| Clé du paquet | brew:perbase |
|---|---|
| Version | 1.4.0 |
| Gestionnaire de paquets | Homebrew |
| Page du gestionnaire de paquets | https://formulae.brew.sh/formula/perbase |
| Page d'accueil | https://github.com/sstadick/perbase |
| Dépôt | https://github.com/sstadick/perbase |
| Licence | MIT |
| Archive source | https://github.com/sstadick/perbase/archive/refs/tags/v1.4.0.tar.gz |
| Dernière mise à jour | 2026-09-13T06:48:36Z |
| Pulse | updated |
| Dépendances de compilation | cmake, pkgconf, rust |
| Bibliothèques fournies par macOS | bzip2, curl, llvm |
| Bouteille | disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| post-install Homebrew | non défini |
| Service | aucun déclaré |
faits du registre
Détails de la base source
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | perbase |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Head Version | HEAD |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
piste source
Généré depuis les données du dépôt
Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Sources utilisées
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation