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brew / 排名 10379

使用 Homebrew 安装 vcflib

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安装

其他安装命令

macOS

Homebrew已验证 · 100%
brew install vcflib

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概览

软件包摘要

C++ library and cmdline tools for parsing and manipulating VCF files

命令和别名

  • abba-baba
  • bFst
  • bed2region
  • bgziptabix
  • dumpContigsFromHeader
  • genotypeSummary
  • hapLrt
  • iHS
  • meltEHH
  • normalize-iHS
  • pFst
  • pVst
  • permuteGPAT++
  • permuteSmooth
  • plotHaps
  • popStats
  • segmentFst
  • segmentIhs
  • sequenceDiversity
  • smoother
  • vcf2bed.py
  • vcf2dag
  • vcf2fasta
  • vcf2sqlite.py
  • vcf2tsv
  • vcf_strip_extra_headers
  • vcfaddinfo
  • vcfafpath
  • vcfallelicprimitives
  • vcfaltcount
  • vcfannotate
  • vcfannotategenotypes

历史

项目历史与用法

vcflib is both a C++ library and a large collection of command-line utilities for parsing, transforming, filtering, normalizing, annotating, and summarizing VCF files. It is one of the Unix-style toolkits that grew around VCF after the format became the standard interchange format for genomic variant calls.

项目历史

The vcflib README presents VCF as the de facto reporting format for many genomic variant detectors and describes vcflib as an API plus a command-line utility collection for complex VCF manipulation. The project originated with Erik Garrison and later became part of a broader vcflib organization containing related VCF tools.

In 2022, Garrison, Kronenberg, Dawson, Pedersen, and Prins published a PLOS Computational Biology software paper covering vcflib, bio-vcf, cyvcf2, hts-nim, and slivar. The paper describes more than 125 free and open-source tools and libraries for VCF processing, with vcflib providing performance-oriented C++ tools and a reusable API.

采用历史

The 2022 PLOS paper states that VCF has been widely adopted since 2011 in population studies and somatic and germline mutation studies, and that the authors' tools run in critical biomedical pipelines and many shell scripts. That is the adoption setting in which vcflib matters: it is a toolbox for the messy middle of sequencing workflows.

The project has seen packaging and maintenance transitions common to mature bioinformatics software. GitHub releases show a 1.0 release in September 2019, a Python 3 transition around 2019, and continued 1.x releases into the 2020s.

使用方式

vcflib tools are designed to be composed in streaming pipelines. The README explicitly encourages using Unix pipes to interface with VCFtools, BEDTools, GATK, HTSlib, bio-vcf, bcftools, and FreeBayes while avoiding unnecessary intermediate files.

Typical commands cover filtering, set operations, left-aligning indels, decomposing or merging alleles, checking reference consistency, generating statistics, population-genetics metrics, converting VCF to other representations, and annotating records from BED or genotype information.

为什么软件包爱好者会关心

vcflib is package-nerd significant because it is a bag of sharp, small bioinformatics commands rather than one monolithic analysis application. Installing it adds dozens of executables whose names encode the workflow vocabulary of VCF-heavy pipelines.

It also captures a real packaging challenge in scientific software: one project ships C++ utilities, scripts, Python bindings, and library headers, and users expect it to compose with a wider command-line genomics stack across Linux, macOS, containers, and workflow systems.

时间线

  • 2011: VCF is introduced and described with VCFtools, establishing the ecosystem vcflib later serves.
  • 2016-02-08: vcflib v1.0.0-rc1 appears in GitHub releases.
  • 2019-09-03: vcflib v1.0.0 is released.
  • 2022-05-31: The PLOS Computational Biology software paper on vcflib and related VCF tools is published.
  • 2023: vcflib 1.0.x maintenance releases continue on GitHub.

Related projects

  • VCFtools is the older VCF suite and standard paper that established much of the file-format context.
  • bio-vcf, cyvcf2, hts-nim, and slivar are discussed with vcflib in the 2022 software paper as complementary tools for VCF processing.
  • FreeBayes is a related variant caller and companion project in the VCF ecosystem.
  • BEDTools, HTSlib, bcftools, GATK, and tabix-indexed workflows are common neighbors in pipelines that use vcflib.

安全态势

风险级别：blue

broad file, network, media, or database tool signal.

风险分类器

blue 风险 · 中 置信度 · tool

原因

  • broad file, network, media, or database tool signal

信号

  • text:compress,sql,stream

安装行为

  • 未记录 Homebrew bottle 元数据。

建议审查

在无人值守的代理使用前，请检查该工具是否读取明文凭据、写入远程状态、发布制品或调用插件。

可执行文件

已安装的可执行文件

命令类型暴露范围备注
abba-baba可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
bFst可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
bed2region可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
bgziptabix可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
dumpContigsFromHeader可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
genotypeSummary可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
hapLrt可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
iHS可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
meltEHH可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
normalize-iHS可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
pFst可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
pVst可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
permuteGPAT++可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
permuteSmooth可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
plotHaps可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
popStats可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
segmentFst可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
segmentIhs可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
sequenceDiversity可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
smoother可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcf2bed.py可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcf2dag可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcf2fasta可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcf2sqlite.py可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcf2tsv可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcf_strip_extra_headers可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfaddinfo可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfafpath可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfallelicprimitives可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfaltcount可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfannotate可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfannotategenotypes可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfbiallelic可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfbreakmulti可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfcat可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfcheck可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfclassify可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfcleancomplex可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfclearid可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfclearinfo可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfcombine可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfcommonsamples可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfcomplex可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfcountalleles可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfcreatemulti可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfdistance可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfecho可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfentropy可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfevenregions可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcffilter可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcffirstheader可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcffixup可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfflatten可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfgeno2alleles可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfgeno2haplo可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfgenosamplenames可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfgenosummarize可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfgenotypecompare可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfgenotypes可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfglbound可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfglxgt可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfgtcompare.sh可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfhetcount可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfhethomratio可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfindelproximity可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfindels可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfindex可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfinfo2qual可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfinfosummarize可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfintersect可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfjoincalls可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfkeepgeno可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfkeepinfo可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfkeepsamples可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfld可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfleftalign可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcflength可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfmultiallelic可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfmultiway可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfmultiwayscripts可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfnobiallelicsnps可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfnoindels可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfnosnps可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfnulldotslashdot可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfnullgenofields可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfnumalt可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfoverlay可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfparsealts可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfplotaltdiscrepancy.r可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfplotaltdiscrepancy.sh可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfplotsitediscrepancy.r可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfplottstv.sh可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfprimers可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfprintaltdiscrepancy.r可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfprintaltdiscrepancy.sh可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfqual2info可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfqualfilter可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfrandom可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfrandomsample可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfregionreduce可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfregionreduce_and_cut可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfregionreduce_pipe可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfregionreduce_uncompressed可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfremap可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfremoveaberrantgenotypes可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfremovenonATGC可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfremovesamples可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfroc可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfsample2info可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfsamplediff可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfsamplenames可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfsitesummarize可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfsnps可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfsort可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfstats可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfstreamsort可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfuniq可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfuniqalleles可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfvarstats可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
vcfwave可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
wcFst可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。

新鲜度

版本和新鲜度

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页面生成时间2026-08-03
管理器版本1.0.15
管理器更新时间2026-06-21
本地数据未知
上游不可用
检测到的最新版本未检测到
  • OK没有生成新鲜度警告。

安装元数据

软件包元数据

软件包键brew:vcflib
版本1.0.15
软件包管理器Homebrew
主页https://github.com/vcflib/vcflib
仓库https://github.com/vcflib/vcflib
最后更新2026-06-21T00:20:16Z
Pulseupdated
Bottle未记录
服务未声明

软件包图谱

链接来自本地软件包关系图、补充数据、依赖边、生态匹配和软件包 hub 归属。

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使用的来源

  • Geiger risk classifier
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