macOS
Homebrew已验证 · 100%
brew install samtoolslocal Homebrew formula metadata
MacPorts已验证 · 94%
sudo port install samtoolsMacPorts ports tree · science/samtools/Portfile · 来源: api.github.com
安装
其他安装命令
Linux
Debian apt已验证 · 92%
sudo apt install samtoolsDebian stable package indexes · samtools · 来源: deb.debian.org
Fedora dnf已验证 · 92%
sudo dnf install samtoolsFedora Rawhide package metadata · samtools · 来源: dl.fedoraproject.org
Nix已验证 · 92%
nix profile install nixpkgs#samtoolsnixpkgs package indexes · pkgs/by-name/sa/samtools/package.nix · 来源: api.github.com
openSUSE zypper已验证 · 92%
sudo zypper install samtoolsopenSUSE Tumbleweed package metadata · samtools · 来源: download.opensuse.org
概览
软件包摘要
Tools for manipulating next-generation sequencing data
安全态势
风险级别：绿色
narrow executable package without higher-risk signals.
风险分类器
绿色 风险 · 低 置信度 · appliance
原因
- narrow executable package without higher-risk signals
信号
- metadata:no-higher-risk-signals
安装行为
- 未记录 Homebrew bottle 元数据。
建议审查
在无人值守的代理使用前，请检查该工具是否读取明文凭据、写入远程状态、发布制品或调用插件。
可执行文件
已安装的可执行文件
| 命令 | 类型 | 暴露范围 | 备注 |
|---|---|---|---|
ace2sam | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
blast2sam.pl | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
bowtie2sam.pl | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
export2sam.pl | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
fasta-sanitize.pl | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
interpolate_sam.pl | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
maq2sam-long | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
maq2sam-short | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
md5fa | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
md5sum-lite | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
novo2sam.pl | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
plot-ampliconstats | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
plot-bamstats | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
psl2sam.pl | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
sam2vcf.pl | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
samtools | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
samtools.pl | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
seq_cache_populate.pl | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
seq_cache_populate.py | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
soap2sam.pl | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
wgsim | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
wgsim_eval.pl | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
zoom2sam.pl | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
新鲜度
版本和新鲜度
这些信号区分页生成时间、软件包管理器活动和上游发布比较。只有存在证据 URL 和可比较版本时，才会提示版本落后。
页面生成时间2026-08-03
管理器版本1.24
管理器更新时间2026-07-09
本地数据未知
上游不可用
检测到的最新版本未检测到
- OK没有生成新鲜度警告。
安装元数据
软件包元数据
| 软件包键 | brew:samtools |
|---|---|
| 版本 | 1.24 |
| 软件包管理器 | Homebrew |
| 主页 | https://www.htslib.org/ |
| 仓库 | https://github.com/samtools/samtools |
| 最后更新 | 2026-07-09T19:51:46Z |
| Pulse | updated |
| Bottle | 未记录 |
| 服务 | 未声明 |
源数据库匹配
其他软件包管理器记录
匹配项来自外部软件包管理器索引，并与本地 Automic Vault 软件包链接分开显示。
Debian apt95%
samtools 1.21-1
processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
sudo apt install samtools- Section: science
- Architecture: amd64
- 5 依赖
- 1 可选依赖
- normalized package name match
- 匹配方式：Samtools
Debian apt95%
samtools-test 1.21-1
test files for the samtools package
sudo apt install samtools-test- Section: science
- Architecture: all
- Source Package: samtools
- 1 可选依赖
- normalized package name match
- 匹配方式：Samtools
Nix95%
samtools
nix profile install nixpkgs#samtools- normalized package name match
- 匹配方式：Samtools
Ubuntu apt95%
samtools 1.19.2-1build2
processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
sudo apt install samtools- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 5 依赖
- 1 可选依赖
- normalized package name match
- 匹配方式：Samtools
Ubuntu apt95%
samtools-test 1.19.2-1build2
test files for the samtools package
sudo apt install samtools-test- Section: universe/science
- Architecture: all
- Source Package: samtools
- 1 可选依赖
- normalized package name match
- 匹配方式：Samtools
dnf95%
samtools 1.24-2.fc45
Tools for nucleotide sequence alignments in the SAM format
sudo dnf install samtools- License: MIT
- Category: Unspecified
- Architecture: x86_64
- Source Package: samtools
- 10 依赖
- 1 提供
- normalized package name match
- 匹配方式：Samtools
zypper95%
samtools 1.21-1.5
Tools for manipulating next-generation sequencing data
https://github.com/samtools/samtools
sudo zypper install samtools- License: MIT
- Category: Productivity/Scientific/Other
- Architecture: x86_64
- Source Package: samtools
- 10 依赖
- 1 提供
- normalized package name match
- 匹配方式：Samtools
MacPorts95%
samtools
sudo port install samtools- normalized package name match
- 匹配方式：Samtools
来源线索
由仓库数据生成
此页面由 av-web 从 scripts/generate-pkg-sqlite.py 生成的私有软件包 SQLite 工件提供。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用的来源
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- external package-manager database matches
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation