pkg.soopen package index

brew / 排名 7309

使用 Homebrew, apt 安装 mummer

查看 mummer 的安装路径、可执行文件、元数据以及面向 AI 代理工作流的安全说明。

安装命令安全说明

安装

其他安装命令

macOS

Homebrew已验证 · 100%
brew install mummer

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian apt已验证 · 92%
sudo apt install mummer

Debian stable package indexes · mummer · 来源: deb.debian.org

概览

软件包摘要

Genome alignment tool

命令和别名

  • combineMUMs
  • delta-filter
  • dnadiff
  • exact-tandems
  • mummer
  • mummerplot
  • nucmer
  • promer
  • repeat-match
  • show-aligns
  • show-coords
  • show-diff
  • show-snps
  • show-tiling

历史

项目历史与用法

MUMmer is a bioinformatics sequence-alignment package built around maximal unique matches and suffix-based data structures. The first MUMmer paper, "Alignment of whole genomes," by Arthur L. Delcher, Simon Kasif, Robert D. Fleischmann, Jeremy Peterson, Owen White, and Steven L. Salzberg, described a system for rapidly aligning genome-length DNA sequences with suffix trees, demonstrated on bacterial strains, Mycoplasma genomes, and syntenic human/mouse sequences. The name refers to MUMs, or maximal unique matches, used as anchors for large-scale alignments.

项目历史

The package's major releases track the growth of genome data. MUMmer 2.1 added NUCmer and PROmer and was described by Delcher, Adam Phillippy, Jane Carlton, and Salzberg as faster and more memory-efficient for large-scale genome alignment and comparison. MUMmer 3.0, described by Stefan Kurtz, Phillippy, Delcher, and collaborators in Genome Biology, made the software open source and better suited to comparing large genomes. MUMmer4, developed by Guillaume Marcais and Aleksey Zimin with the broader MUMmer team, reworked the core from MUMmer3's 32-bit suffix tree constraints toward a 48-bit suffix-array approach and added parallel query processing; the PLOS Computational Biology paper describes MUMmer and nucmer as among the widely used alignment packages in genomics.

使用方式

In practice, researchers use the suite's commands for whole-genome alignment, draft assembly comparison, contig-to-contig alignment, variant and SNP inspection, dot plots, and translated protein-level comparisons. The package-manager niche is scientific command-line software: Homebrew and Debian/Ubuntu packages expose tools such as `mummer`, `nucmer`, `promer`, `dnadiff`, `delta-filter`, `show-coords`, `show-snps`, and `mummerplot`, making a research-grade genome comparison toolkit installable like ordinary Unix utilities.

安全态势

风险级别：绿色

narrow executable package without higher-risk signals.

风险分类器

绿色 风险 · 低 置信度 · appliance

原因

  • narrow executable package without higher-risk signals

信号

  • metadata:no-higher-risk-signals

安装行为

  • 未记录 Homebrew bottle 元数据。

建议审查

在无人值守的代理使用前，请检查该工具是否读取明文凭据、写入远程状态、发布制品或调用插件。

可执行文件

已安装的可执行文件

命令类型暴露范围备注
combineMUMs可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
delta-filter可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
dnadiff可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
exact-tandems可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
mummer可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
mummerplot可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
nucmer可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
promer可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
repeat-match可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
show-aligns可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
show-coords可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
show-diff可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
show-snps可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
show-tiling可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。

新鲜度

版本和新鲜度

这些信号区分页生成时间、软件包管理器活动和上游发布比较。只有存在证据 URL 和可比较版本时，才会提示版本落后。

页面生成时间2026-08-03
管理器版本4.0.1
管理器更新时间
本地数据未知
上游不可用
检测到的最新版本未检测到
  • OK没有生成新鲜度警告。

安装元数据

软件包元数据

软件包键brew:mummer
版本4.0.1
软件包管理器Homebrew
主页https://github.com/mummer4/mummer
仓库https://github.com/mummer4/mummer
Bottle未记录
服务未声明

源数据库匹配

其他软件包管理器记录

匹配项来自外部软件包管理器索引，并与本地 Automic Vault 软件包链接分开显示。

Debian apt95%

mummer 3.23+dfsg-8

Efficient sequence alignment of full genomes

https://mummer.sourceforge.net/

sudo apt install mummer
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 5 依赖
  • normalized package name match
  • 匹配方式：Mummer
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: mummer from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt95%

mummer-doc 3.23+dfsg-8

Documentation for MUMmer

https://mummer.sourceforge.net/

sudo apt install mummer-doc
  • Section: doc
  • Architecture: all
  • Source Package: mummer
  • normalized package name match
  • 匹配方式：Mummer
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: mummer-doc from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Ubuntu apt95%

mummer 3.23+dfsg-8

Efficient sequence alignment of full genomes

https://mummer.sourceforge.net/

sudo apt install mummer
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 5 依赖
  • normalized package name match
  • 匹配方式：Mummer
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: mummer from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Ubuntu apt95%

mummer-doc 3.23+dfsg-8

Documentation for MUMmer

https://mummer.sourceforge.net/

sudo apt install mummer-doc
  • Section: universe/doc
  • Architecture: all
  • Source Package: mummer
  • normalized package name match
  • 匹配方式：Mummer
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: mummer-doc from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

软件包图谱

链接来自本地软件包关系图、补充数据、依赖边、生态匹配和软件包 hub 归属。

来源线索

由仓库数据生成

此页面由 av-web 从 scripts/generate-pkg-sqlite.py 生成的私有软件包 SQLite 工件提供。

使用的来源

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation