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概览
软件包摘要
Successor of BWA-MEM for short-read alignment
项目链接
命令和别名
- minibwa
历史
项目历史与用法
minibwa is a genomic read aligner from the BWA/minimap2 lineage. The repository identifies it as the successor of BWA-MEM for short-read alignment, and the arXiv preprint by Heng Li and Nils Homer presents it as a next iteration of BWA-MEM for standard whole-genome short reads, Hi-C reads, accurate long reads, and directional bisulfite sequencing data.
项目历史
The design deliberately mixes earlier tools by the same lineage: a BWA-MEM-style BWT/FM-index and variable-length seed search, ropebwt3-inspired supermaximal exact-match work, and minimap2-style chaining plus SIMD-based base alignment. The authors report comparable accuracy with much higher speed than BWA-MEM and BWA-MEM2, while noting that exact BWA-MEM compatibility is traded for algorithmic improvement.
使用方式
In practice, minibwa is a bioinformatics command-line aligner for pipelines that map sequencing reads to a reference genome before variant calling, methylation analysis, or related downstream analysis. Its package-manager niche is narrow but important: it gives genomics users an installable replacement candidate for BWA-MEM where performance and support for newer read types matter more than byte-for-byte legacy output.
来源
安全态势
尚未找到受保护工具覆盖
没有找到 minibwa 的匹配本地密钥处理 manifest。Nucleus 软件包元数据仍在此发布，以便未来覆盖拥有稳定的软件包 URL。
安装行为
- 未记录 Homebrew bottle 元数据。
建议审查
在无人值守的代理使用前，请检查该工具是否读取明文凭据、写入远程状态、发布制品或调用插件。
可执行文件
已安装的可执行文件
| 命令 | 类型 | 暴露范围 | 备注 |
|---|---|---|---|
minibwa | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
新鲜度
版本和新鲜度
这些信号区分页生成时间、软件包管理器活动和上游发布比较。只有存在证据 URL 和可比较版本时，才会提示版本落后。
页面生成时间2026-08-03
管理器版本0.6
管理器更新时间2026-07-30
本地数据未知
上游不可用
检测到的最新版本未检测到
- OK没有生成新鲜度警告。
安装元数据
软件包元数据
| 软件包键 | brew:minibwa |
|---|---|
| 版本 | 0.6 |
| 软件包管理器 | Homebrew |
| 主页 | https://github.com/lh3/minibwa |
| 仓库 | https://github.com/lh3/minibwa |
| 最后更新 | 2026-07-30T15:48:22Z |
| Pulse | updated |
| Bottle | 未记录 |
| 服务 | 未声明 |
来源线索
由仓库数据生成
此页面由 av-web 从 scripts/generate-pkg-sqlite.py 生成的私有软件包 SQLite 工件提供。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用的来源
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation