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brew / 排名 11748

使用 Homebrew 安装 fastk

查看 fastk 的安装路径、可执行文件、元数据以及面向 AI 代理工作流的安全说明。

安装命令安全说明

安装

其他安装命令

macOS

Homebrew已验证 · 100%
brew install fastk

local Homebrew formula metadata

概览

软件包摘要

K-mer counter for high-fidelity shotgun datasets

命令和别名

  • FastK
  • Fastcat
  • Fastcp
  • Fastmerge
  • Fastmv
  • Fastrm
  • Haplex
  • Histex
  • Homex
  • KmerMap
  • Logex
  • Profex
  • Symmex
  • Tabex
  • Vennex

历史

项目历史与用法

FastK is Gene Myers' k-mer counter for high-quality shotgun sequencing data, especially Illumina and PacBio HiFi datasets. It is packaged as a command-line scientific tool rather than a general developer utility.

项目历史

The README identifies Gene Myers as author, gives July 22, 2020 as the first date, and documents FastK as a k-mer counter optimized for high-quality assembly datasets. Its command suite includes FastK itself plus utilities for moving, merging, concatenating, inspecting, and mapping FastK output files.

采用历史

FastK's public footprint is niche and bioinformatics-specific. Its adoption signal is strongest in packaging and genomics workflows that need efficient k-mer histograms, tables, and profiles for large sequencing data rather than in broad developer communities.

使用方式

FastK consumes CRAM, BAM, SAM, FASTA, FASTQ, gzip-compressed sequence files, and Dazzler databases, producing histograms, sorted k-mer/count tables, and optional sequence profiles. The README emphasizes low-memory operation, temporary disk usage, multithreading, and HPC workflows such as splitting data and merging tables.

为什么软件包爱好者会关心

For package nerds, FastK is interesting because it is a domain-heavy command suite where filesystem layout is part of the interface: stub files, hidden sidecar files, table/profile extensions, and companion commands such as Fastrm and Fastmerge all have to be packaged together correctly.

时间线

  • 2020: README records the first FastK date as July 22, 2020.
  • 2020: GitHub repository created on October 19, 2020.
  • 2021: README current date records April 18, 2021.

Related projects

  • KMC3 is named in the README as a performance comparison point.
  • DAZZ_DB is supported as an input format.
  • merfin is named as a downstream use case for relative k-mer profiles.

安全态势

风险级别：绿色

narrow executable package without higher-risk signals.

风险分类器

绿色 风险 · 低 置信度 · appliance

原因

  • narrow executable package without higher-risk signals

信号

  • metadata:no-higher-risk-signals

安装行为

  • 未记录 Homebrew bottle 元数据。

建议审查

在无人值守的代理使用前，请检查该工具是否读取明文凭据、写入远程状态、发布制品或调用插件。

可执行文件

已安装的可执行文件

命令类型暴露范围备注
FastK可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
Fastcat可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
Fastcp可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
Fastmerge可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
Fastmv可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
Fastrm可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
Haplex可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
Histex可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
Homex可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
KmerMap可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
Logex可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
Profex可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
Symmex可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
Tabex可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。
Vennex可执行文件已索引可执行文件从本地可执行文件索引发现。

新鲜度

版本和新鲜度

这些信号区分页生成时间、软件包管理器活动和上游发布比较。只有存在证据 URL 和可比较版本时，才会提示版本落后。

页面生成时间2026-08-03
管理器版本1.2
管理器更新时间
本地数据未知
上游不可用
检测到的最新版本未检测到
  • OK没有生成新鲜度警告。

安装元数据

软件包元数据

软件包键brew:fastk
版本1.2
软件包管理器Homebrew
主页https://github.com/thegenemyers/FASTK
仓库https://github.com/thegenemyers/FASTK
Bottle未记录
服务未声明

软件包图谱

链接来自本地软件包关系图、补充数据、依赖边、生态匹配和软件包 hub 归属。

来源线索

由仓库数据生成

此页面由 av-web 从 scripts/generate-pkg-sqlite.py 生成的私有软件包 SQLite 工件提供。

使用的来源

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation