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brew install dxpyprovider-native install command
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其他安装命令
概览
软件包摘要
DNAnexus toolkit utilities and platform API bindings for Python
项目链接
命令和别名
- dx-app-wizard
- dx-build-app
- dx-build-applet
- dx-clone-asset
- dx-docker
- dx-download-all-inputs
- dx-fetch-bundled-depends
- dx-generate-dxapp
- dx-jobutil-add-output
- dx-jobutil-dxlink
- dx-jobutil-get-identity-token
- dx-jobutil-new-job
- dx-jobutil-parse-link
- dx-jobutil-report-error
- dx-log-stream
- dx-mount-all-inputs
- dx-notebook-reconnect
- dx-print-bash-vars
- dx-upload-all-outputs
历史
项目历史与用法
dxpy is the Python binding layer and command-line toolkit for the DNAnexus platform. The official Read the Docs page describes dxpy as Python bindings for interacting with the DNAnexus Platform API, both inside the DNAnexus execution environment and from external scripts.
项目历史
The official dx-toolkit git history begins with imported history in 2011 and early repository reorganization in March 2012. Official tags show v0.0.1 on 2012-08-09 and a long continuous release stream through v0.410.0 in June 2026.
采用历史
Unlike general-purpose Unix tools, dxpy adoption follows the DNAnexus platform itself: researchers and bioinformatics engineers use it to script platform objects, projects, files, apps, workflows, jobs, and API calls. The batch input exposes this as a Homebrew package with many dx-* executables rather than just a Python library.
使用方式
The official docs organize dxpy around Pythonic bindings, low-level API wrappers, object handlers, projects, records, files, genomic tables, applets, apps, workflows, jobs, search, app building, utilities, and exceptions. In practice the packaged toolkit is used for DNAnexus login/configuration, data movement, applet/app development, job utilities, logging, Docker/Nextflow helper workflows, and scripted platform automation.
为什么软件包爱好者会关心
dxpy is significant as a packaged scientific-platform SDK: it turns a hosted genomics and biomedical analysis platform into reproducible shell and Python workflows. For package managers, it is a reminder that many science packages are not just libraries but operational CLIs with credentials, cloud objects, and platform-specific execution assumptions.
时间线
- 2011: Official git history begins with imported repository history.
- 2012: v0.0.1 tagged and DNAnexus Python docs carry 2012-2013 copyright.
- 2020: v0.300.0 tagged.
- 2023: v0.350.0 tagged.
- 2025: v0.400.0 tagged.
- 2026: v0.410.0 appears in the official changelog and tag list.
Related projects
- dxpy is part of DNAnexus dx-toolkit alongside the dx command family, DNAnexus API documentation, platform documentation, app builders, job utilities, Docker helpers, and Nextflow-related tooling referenced in recent changelog entries.
来源
安全态势
尚未找到受保护工具覆盖
没有找到 dxpy 的匹配本地密钥处理 manifest。Nucleus 软件包元数据仍在此发布，以便未来覆盖拥有稳定的软件包 URL。
安装行为
- 未记录 Homebrew bottle 元数据。
建议审查
在无人值守的代理使用前，请检查该工具是否读取明文凭据、写入远程状态、发布制品或调用插件。
local files
Configuration and credential file locations
These source-backed paths show where this package keeps local settings or durable credentials. Automic Vault can use them as review targets for secret scanning, migration, and command approval.
Configuration files
Config paths the tool may read or write during local use.
- Unix
~/.dnanexus_config/environment.json
Credential files
Credential-bearing paths to review before unattended agent runs.
- Unix
~/.dnanexus_config/environment.json
可执行文件
已安装的可执行文件
| 命令 | 类型 | 暴露范围 | 备注 |
|---|---|---|---|
dx-app-wizard | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-build-app | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-build-applet | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-clone-asset | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-docker | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-download-all-inputs | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-fetch-bundled-depends | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-generate-dxapp | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-jobutil-add-output | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-jobutil-dxlink | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-jobutil-get-identity-token | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-jobutil-new-job | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-jobutil-parse-link | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-jobutil-report-error | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-log-stream | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-mount-all-inputs | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-notebook-reconnect | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-print-bash-vars | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
dx-upload-all-outputs | 可执行文件 | 已索引可执行文件 | 从本地可执行文件索引发现。 |
新鲜度
版本和新鲜度
这些信号区分页生成时间、软件包管理器活动和上游发布比较。只有存在证据 URL 和可比较版本时，才会提示版本落后。
页面生成时间2026-08-03
管理器版本0.411.0
管理器更新时间2026-07-29
本地数据未知
上游不可用
检测到的最新版本未检测到
- OK没有生成新鲜度警告。
安装元数据
软件包元数据
| 软件包键 | brew:dxpy |
|---|---|
| 版本 | 0.411.0 |
| 软件包管理器 | Homebrew |
| 主页 | https://github.com/dnanexus/dx-toolkit |
| 最后更新 | 2026-07-29T00:42:36Z |
| Pulse | updated |
| Bottle | 未记录 |
| 服务 | 未声明 |
来源线索
由仓库数据生成
此页面由 av-web 从 scripts/generate-pkg-sqlite.py 生成的私有软件包 SQLite 工件提供。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用的来源
- Geiger risk classifier
- Nucleus package database
- curated configuration and credential file locations
- curated package history
- pkgdb category and tag curation