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brew / 順位 10379

vcflib を Homebrew でインストール

vcflib のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install vcflib

local Homebrew formula metadata

概要

パッケージ概要

C++ library and cmdline tools for parsing and manipulating VCF files

コマンドとエイリアス

  • abba-baba
  • bFst
  • bed2region
  • bgziptabix
  • dumpContigsFromHeader
  • genotypeSummary
  • hapLrt
  • iHS
  • meltEHH
  • normalize-iHS
  • pFst
  • pVst
  • permuteGPAT++
  • permuteSmooth
  • plotHaps
  • popStats
  • segmentFst
  • segmentIhs
  • sequenceDiversity
  • smoother
  • vcf2bed.py
  • vcf2dag
  • vcf2fasta
  • vcf2sqlite.py
  • vcf2tsv
  • vcf_strip_extra_headers
  • vcfaddinfo
  • vcfafpath
  • vcfallelicprimitives
  • vcfaltcount
  • vcfannotate
  • vcfannotategenotypes

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

vcflib is both a C++ library and a large collection of command-line utilities for parsing, transforming, filtering, normalizing, annotating, and summarizing VCF files. It is one of the Unix-style toolkits that grew around VCF after the format became the standard interchange format for genomic variant calls.

プロジェクトの歴史

The vcflib README presents VCF as the de facto reporting format for many genomic variant detectors and describes vcflib as an API plus a command-line utility collection for complex VCF manipulation. The project originated with Erik Garrison and later became part of a broader vcflib organization containing related VCF tools.

In 2022, Garrison, Kronenberg, Dawson, Pedersen, and Prins published a PLOS Computational Biology software paper covering vcflib, bio-vcf, cyvcf2, hts-nim, and slivar. The paper describes more than 125 free and open-source tools and libraries for VCF processing, with vcflib providing performance-oriented C++ tools and a reusable API.

採用の歴史

The 2022 PLOS paper states that VCF has been widely adopted since 2011 in population studies and somatic and germline mutation studies, and that the authors' tools run in critical biomedical pipelines and many shell scripts. That is the adoption setting in which vcflib matters: it is a toolbox for the messy middle of sequencing workflows.

The project has seen packaging and maintenance transitions common to mature bioinformatics software. GitHub releases show a 1.0 release in September 2019, a Python 3 transition around 2019, and continued 1.x releases into the 2020s.

使われ方

vcflib tools are designed to be composed in streaming pipelines. The README explicitly encourages using Unix pipes to interface with VCFtools, BEDTools, GATK, HTSlib, bio-vcf, bcftools, and FreeBayes while avoiding unnecessary intermediate files.

Typical commands cover filtering, set operations, left-aligning indels, decomposing or merging alleles, checking reference consistency, generating statistics, population-genetics metrics, converting VCF to other representations, and annotating records from BED or genotype information.

パッケージ好きにとっての重要性

vcflib is package-nerd significant because it is a bag of sharp, small bioinformatics commands rather than one monolithic analysis application. Installing it adds dozens of executables whose names encode the workflow vocabulary of VCF-heavy pipelines.

It also captures a real packaging challenge in scientific software: one project ships C++ utilities, scripts, Python bindings, and library headers, and users expect it to compose with a wider command-line genomics stack across Linux, macOS, containers, and workflow systems.

タイムライン

  • 2011: VCF is introduced and described with VCFtools, establishing the ecosystem vcflib later serves.
  • 2016-02-08: vcflib v1.0.0-rc1 appears in GitHub releases.
  • 2019-09-03: vcflib v1.0.0 is released.
  • 2022-05-31: The PLOS Computational Biology software paper on vcflib and related VCF tools is published.
  • 2023: vcflib 1.0.x maintenance releases continue on GitHub.

Related projects

  • VCFtools is the older VCF suite and standard paper that established much of the file-format context.
  • bio-vcf, cyvcf2, hts-nim, and slivar are discussed with vcflib in the 2022 software paper as complementary tools for VCF processing.
  • FreeBayes is a related variant caller and companion project in the VCF ecosystem.
  • BEDTools, HTSlib, bcftools, GATK, and tabix-indexed workflows are common neighbors in pipelines that use vcflib.

セキュリティ状態

リスクレベル: blue

broad file, network, media, or database tool signal.

リスク分類器

リスク blue · 信頼度 中 · tool

理由

  • broad file, network, media, or database tool signal

信号

  • text:compress,sql,stream

インストール挙動

  • Homebrew bottle メタデータは記録されていません。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
abba-baba実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
bFst実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
bed2region実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
bgziptabix実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dumpContigsFromHeader実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
genotypeSummary実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
hapLrt実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
iHS実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
meltEHH実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
normalize-iHS実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
pFst実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
pVst実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
permuteGPAT++実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
permuteSmooth実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
plotHaps実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
popStats実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
segmentFst実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
segmentIhs実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
sequenceDiversity実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
smoother実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcf2bed.py実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcf2dag実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcf2fasta実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcf2sqlite.py実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcf2tsv実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcf_strip_extra_headers実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfaddinfo実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfafpath実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfallelicprimitives実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfaltcount実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfannotate実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfannotategenotypes実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfbiallelic実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfbreakmulti実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfcat実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfcheck実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfclassify実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfcleancomplex実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfclearid実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfclearinfo実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfcombine実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfcommonsamples実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfcomplex実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfcountalleles実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfcreatemulti実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfdistance実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfecho実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfentropy実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfevenregions実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcffilter実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcffirstheader実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcffixup実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfflatten実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfgeno2alleles実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfgeno2haplo実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfgenosamplenames実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfgenosummarize実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfgenotypecompare実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfgenotypes実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfglbound実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfglxgt実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfgtcompare.sh実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfhetcount実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfhethomratio実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfindelproximity実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfindels実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfindex実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfinfo2qual実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfinfosummarize実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfintersect実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfjoincalls実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfkeepgeno実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfkeepinfo実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfkeepsamples実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfld実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfleftalign実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcflength実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfmultiallelic実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfmultiway実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfmultiwayscripts実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfnobiallelicsnps実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfnoindels実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfnosnps実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfnulldotslashdot実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfnullgenofields実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfnumalt実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfoverlay実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfparsealts実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfplotaltdiscrepancy.r実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfplotaltdiscrepancy.sh実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfplotsitediscrepancy.r実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfplottstv.sh実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfprimers実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfprintaltdiscrepancy.r実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfprintaltdiscrepancy.sh実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfqual2info実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfqualfilter実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfrandom実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfrandomsample実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfregionreduce実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfregionreduce_and_cut実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfregionreduce_pipe実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfregionreduce_uncompressed実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfremap実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfremoveaberrantgenotypes実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfremovenonATGC実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfremovesamples実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfroc実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfsample2info実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfsamplediff実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfsamplenames実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfsitesummarize実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfsnps実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfsort実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfstats実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfstreamsort実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfuniq実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfuniqalleles実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfvarstats実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
vcfwave実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
wcFst実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-08-03
マネージャ版1.0.15
マネージャ更新日2026-06-21
ローカルデータ不明
上流利用不可
検出された最新未検出
  • OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:vcflib
バージョン1.0.15
パッケージマネージャHomebrew
ホームページhttps://github.com/vcflib/vcflib
リポジトリhttps://github.com/vcflib/vcflib
最終更新2026-06-21T00:20:16Z
Pulseupdated
Bottle未記録
サービス宣言なし

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation