macOS
Homebrew確認済み · 100%
brew install spoalocal Homebrew formula metadata
brew / 順位 13058
spoa を Homebrew, apt でインストール
spoa のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。
インストール
追加のインストールコマンド
Linux
概要
パッケージ概要
SIMD partial order alignment tool/library
プロジェクトリンク
コマンドとエイリアス
- spoa
履歴
プロジェクトの歴史と使われ方
Spoa is a C++ SIMD implementation of partial order alignment, packaged as both a command-line tool and library for generating consensus sequences from biological sequence reads.
プロジェクトの歴史
The official README defines Spoa as `SIMD POA`, an implementation of the partial order alignment algorithm used to generate consensus sequences. It supports local, global, and semi-global alignment modes, linear, affine, and convex gap modes, and SIMD acceleration through SSE4.1+, AVX2, SIMDe, and dispatching.
Spoa is tied to the long-read sequencing era: the README points to the original POA and consensus-sequence literature, while the project is also marked as published in Genome Research. In package form, it gives bioinformatics pipelines a small native executable and a linkable library rather than a large workflow framework.
採用の歴史
The supplied package-manager data lists Spoa in Homebrew and as `libspoa-dev` in Debian and Ubuntu. That packaging split reflects its dual role: command for direct FASTA/FASTQ processing and development library for other genomics tools.
使われ方
The `spoa` command reads FASTA or FASTQ sequences, including gzip-compressed input, and writes consensus or multiple-sequence-alignment FASTA output. Options select scoring, gap penalties, alignment mode, and result mode.
パッケージ好きにとっての重要性
Spoa matters to package maintainers because it is a compact, performance-sensitive C++ bioinformatics dependency. Its optional SIMD/SIMDe paths and library install targets are exactly the kind of details that determine whether a formula or distro package is useful beyond a single architecture.
タイムライン
- 2002: Partial order alignment is published in Bioinformatics, the algorithmic foundation cited by the Spoa README.
- 2003: Consensus sequence generation with partial order graphs is published, also cited by the Spoa README.
- 2017: Spoa is associated with a Genome Research publication badge in the official repository.
- Ongoing: The README documents CMake and Meson builds plus SIMD and portability options.
Related projects
- The original POA algorithm and consensus-sequence papers are cited by the official Spoa README.
- SIMDe is listed as a portability option for SIMD support.
- bioparser and biosoup are listed as dependencies for the executable and tests.
ソース
- https://github.com/rvaser/spoa#readme
- source_facts.package-manager
セキュリティ状態
リスクレベル: グリーン
library-like package without higher-risk signals.
リスク分類器
リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance
理由
- library-like package without higher-risk signals
信号
- metadata:library-like
インストール挙動
- Homebrew bottle メタデータは記録されていません。
推奨レビュー
エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。
実行可能ファイル
インストールされる実行可能ファイル
| コマンド | 種類 | 公開範囲 | メモ |
|---|---|---|---|
spoa | 実行可能ファイル | インデックス済み実行可能ファイル | ローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。 |
鮮度
バージョンと鮮度
これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。
ページ生成日2026-08-03
マネージャ版4.1.5
マネージャ更新日2026-06-21
ローカルデータ不明
上流利用不可
検出された最新未検出
- OK鮮度警告は生成されていません。
インストールメタデータ
パッケージメタデータ
| パッケージキー | brew:spoa |
|---|---|
| バージョン | 4.1.5 |
| パッケージマネージャ | Homebrew |
| ホームページ | https://github.com/rvaser/spoa |
| リポジトリ | https://github.com/rvaser/spoa |
| 最終更新 | 2026-06-21T00:20:16Z |
| Pulse | updated |
| Bottle | 未記録 |
| サービス | 宣言なし |
ソースデータベース一致
他のパッケージマネージャ記録
一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。
Debian apt95%
libspoa-dev 4.1.4-2+b1
SIMD partial order alignment library (development files)
https://github.com/rvaser/spoa
sudo apt install libspoa-dev- Section: libdevel
- Architecture: amd64
- Source Package: spoa
- 2 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Spoa
Debian apt95%
libspoa7.0.0 4.1.4-2+b1
SIMD partial order alignment library
https://github.com/rvaser/spoa
sudo apt install libspoa7.0.0- Section: libs
- Architecture: amd64
- Source Package: spoa
- 3 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Spoa
Debian apt95%
spoa 4.1.4-2+b1
SIMD partial order alignment tool
https://github.com/rvaser/spoa
sudo apt install spoa- Section: science
- Architecture: amd64
- Source Package: spoa
- 5 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Spoa
Ubuntu apt95%
libspoa-dev 4.0.8-1
SIMD partial order alignment library (development files)
https://github.com/rvaser/spoa
sudo apt install libspoa-dev- Section: universe/libdevel
- Architecture: amd64
- Source Package: spoa
- 2 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Spoa
Ubuntu apt95%
libspoa7.0.0 4.0.8-1
SIMD partial order alignment library
https://github.com/rvaser/spoa
sudo apt install libspoa7.0.0- Section: universe/libs
- Architecture: amd64
- Source Package: spoa
- 3 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Spoa
Ubuntu apt95%
spoa 4.0.8-1
SIMD partial order alignment tool
https://github.com/rvaser/spoa
sudo apt install spoa- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 5 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Spoa
ソース経路
リポジトリデータから生成
このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用ソース
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation