macOS
Homebrew確認済み · 100%
brew install snakemakelocal Homebrew formula metadata
brew / 順位 2930
snakemake を Homebrew, apt, Nix でインストール
snakemake のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。
インストール
追加のインストールコマンド
Linux
Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install snakemakeDebian stable package indexes · snakemake · ソース: deb.debian.org
Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#snakemakenixpkgs package indexes · pkgs/by-name/sn/snakemake/package.nix · ソース: api.github.com
概要
パッケージ概要
Pythonic workflow system
履歴
プロジェクトの歴史と使われ方
Snakemake is a Python-based workflow management system for reproducible and scalable data analyses, especially common in bioinformatics and scientific computing.
プロジェクトの歴史
The official citation page identifies the initial Snakemake publication as a 2012 Bioinformatics article, followed by a 2021 rolling paper for ongoing feature updates. The official GitHub README describes Snakemake workflows as human-readable, Python-based definitions that scale from local machines to server, cluster, grid, and cloud environments.
採用の歴史
The official README reports that Snakemake was receiving more than seven new citations per week in 2021 and had almost 400k downloads at that time. The supplied metadata shows distribution through Homebrew, Debian, Ubuntu, Fedora/DNF, and Nix.
使われ方
Users describe workflows in Snakefiles, define rules, inputs, outputs, and software environments, and run snakemake to build requested targets. The official deployment docs recommend a repository layout with workflow code under workflow/ and configuration under config/, including config/config.yaml examples.
パッケージ好きにとっての重要性
Snakemake is significant for package maintainers because it bridges language-level workflow definitions, reproducible software deployment, Conda/container integration, and distribution through multiple OS package managers.
タイムライン
- 2012: Initial Snakemake paper published in Bioinformatics.
- 2019: Current official GitHub repository created.
- 2021: Sustainable data analysis with Snakemake rolling paper published.
- 2024: Snakemake 8 release line decomposes functionality into plugins.
- 2026: Stable documentation tracks Snakemake 9.x.
Related projects
- Snakemake workflow catalog
- Snakemake wrappers
- Snakemake executor plugins
- Conda
- Apptainer
ソース
- https://api.github.com/repos/snakemake/snakemake
- https://github.com/snakemake/snakemake
- https://github.com/snakemake/snakemake/blob/main/docs/project_info/citations.rst
- https://github.com/snakemake/snakemake/blob/main/docs/snakefiles/deployment.rst
- https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/project_info/history.html
- input source_facts.package-manager
セキュリティ状態
保護ツール対応はまだ見つかっていません
snakemake に一致するローカルシークレット処理マニフェストは見つかりませんでした。将来の対応で安定したパッケージ URL を使えるよう、Nucleus パッケージメタデータはここに公開されています。
インストール挙動
- Homebrew bottle メタデータは記録されていません。
推奨レビュー
エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。
local files
Configuration and credential file locations
These source-backed paths show where this package keeps local settings or durable credentials. Automic Vault can use them as review targets for secret scanning, migration, and command approval.
Configuration files
Config paths the tool may read or write during local use.
- Unix
config/config.yaml
実行可能ファイル
インストールされる実行可能ファイル
| コマンド | 種類 | 公開範囲 | メモ |
|---|---|---|---|
snakemake | 実行可能ファイル | インデックス済み実行可能ファイル | ローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。 |
鮮度
バージョンと鮮度
これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。
ページ生成日2026-08-03
マネージャ版9.24.0
マネージャ更新日2026-07-31
ローカルデータ不明
上流利用不可
検出された最新未検出
- OK鮮度警告は生成されていません。
インストールメタデータ
パッケージメタデータ
| パッケージキー | brew:snakemake |
|---|---|
| バージョン | 9.24.0 |
| パッケージマネージャ | Homebrew |
| ホームページ | https://snakemake.readthedocs.io/ |
| リポジトリ | https://github.com/snakemake/snakemake |
| 最終更新 | 2026-07-31T14:26:29Z |
| Pulse | updated |
| Bottle | 未記録 |
| サービス | 宣言なし |
ソースデータベース一致
他のパッケージマネージャ記録
一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。
Debian apt95%
snakemake 7.32.4-7
pythonic workflow management system
https://snakemake.readthedocs.io/
sudo apt install snakemake- Section: science
- Architecture: all
- 28 依存関係
- 17 任意依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Snakemake
Debian apt95%
snakemake-doc 7.32.4-7
documentation for pythonic workflow management system
https://snakemake.readthedocs.io/
sudo apt install snakemake-doc- Section: doc
- Architecture: all
- Source Package: snakemake
- 4 依存関係
- 1 任意依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Snakemake
Nix95%
snakemake
nix profile install nixpkgs#snakemake- normalized package name match
- 一致条件: Snakemake
Ubuntu apt95%
snakemake 7.32.4-2
pythonic workflow management system
https://snakemake.readthedocs.io/
sudo apt install snakemake- Section: universe/science
- Architecture: all
- 29 依存関係
- 17 任意依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Snakemake
Ubuntu apt95%
snakemake-doc 7.32.4-2
documentation for pythonic workflow management system
https://snakemake.readthedocs.io/
sudo apt install snakemake-doc- Section: universe/doc
- Architecture: all
- Source Package: snakemake
- 4 依存関係
- 1 任意依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Snakemake
ソース経路
リポジトリデータから生成
このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用ソース
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated configuration and credential file locations
- curated package history
- external package-manager database matches
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation