pkg.soopen package index

brew / 順位 1852

samtools を Homebrew, apt, dnf, MacPorts, Nix, zypper でインストール

samtools のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install samtools

local Homebrew formula metadata

MacPorts確認済み · 94%
sudo port install samtools

MacPorts ports tree · science/samtools/Portfile · ソース: api.github.com

Linux

Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install samtools

Debian stable package indexes · samtools · ソース: deb.debian.org

Fedora dnf確認済み · 92%
sudo dnf install samtools

Fedora Rawhide package metadata · samtools · ソース: dl.fedoraproject.org

Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#samtools

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/sa/samtools/package.nix · ソース: api.github.com

openSUSE zypper確認済み · 92%
sudo zypper install samtools

openSUSE Tumbleweed package metadata · samtools · ソース: download.opensuse.org

概要

パッケージ概要

Tools for manipulating next-generation sequencing data

コマンドとエイリアス

  • ace2sam
  • blast2sam.pl
  • bowtie2sam.pl
  • export2sam.pl
  • fasta-sanitize.pl
  • interpolate_sam.pl
  • maq2sam-long
  • maq2sam-short
  • md5fa
  • md5sum-lite
  • novo2sam.pl
  • plot-ampliconstats
  • plot-bamstats
  • psl2sam.pl
  • sam2vcf.pl
  • samtools
  • samtools.pl
  • seq_cache_populate.pl
  • seq_cache_populate.py
  • soap2sam.pl
  • wgsim
  • wgsim_eval.pl
  • zoom2sam.pl

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance

理由

  • narrow executable package without higher-risk signals

信号

  • metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

  • Homebrew bottle メタデータは記録されていません。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
ace2sam実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
blast2sam.pl実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
bowtie2sam.pl実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
export2sam.pl実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
fasta-sanitize.pl実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
interpolate_sam.pl実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
maq2sam-long実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
maq2sam-short実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
md5fa実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
md5sum-lite実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
novo2sam.pl実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
plot-ampliconstats実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
plot-bamstats実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
psl2sam.pl実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
sam2vcf.pl実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
samtools実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
samtools.pl実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
seq_cache_populate.pl実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
seq_cache_populate.py実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
soap2sam.pl実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
wgsim実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
wgsim_eval.pl実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
zoom2sam.pl実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-08-03
マネージャ版1.24
マネージャ更新日2026-07-09
ローカルデータ不明
上流利用不可
検出された最新未検出
  • OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:samtools
バージョン1.24
パッケージマネージャHomebrew
ホームページhttps://www.htslib.org/
リポジトリhttps://github.com/samtools/samtools
最終更新2026-07-09T19:51:46Z
Pulseupdated
Bottle未記録
サービス宣言なし

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Debian apt95%

samtools 1.21-1

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

https://www.htslib.org/

sudo apt install samtools
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 5 依存関係
  • 1 任意依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Samtools
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: samtools from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt95%

samtools-test 1.21-1

test files for the samtools package

https://www.htslib.org/

sudo apt install samtools-test
  • Section: science
  • Architecture: all
  • Source Package: samtools
  • 1 任意依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Samtools
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: samtools-test from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Nix95%

samtools

nix profile install nixpkgs#samtools
  • normalized package name match
  • 一致条件: Samtools
nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/sa/samtools/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1
Ubuntu apt95%

samtools 1.19.2-1build2

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

https://www.htslib.org/

sudo apt install samtools
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 5 依存関係
  • 1 任意依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Samtools
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: samtools from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Ubuntu apt95%

samtools-test 1.19.2-1build2

test files for the samtools package

https://www.htslib.org/

sudo apt install samtools-test
  • Section: universe/science
  • Architecture: all
  • Source Package: samtools
  • 1 任意依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Samtools
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: samtools-test from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
dnf95%

samtools 1.24-2.fc45

Tools for nucleotide sequence alignments in the SAM format

http://www.htslib.org/

sudo dnf install samtools
  • License: MIT
  • Category: Unspecified
  • Architecture: x86_64
  • Source Package: samtools
  • 10 依存関係
  • 1 提供
  • normalized package name match
  • 一致条件: Samtools
Fedora Rawhide package metadata · dl.fedoraproject.org · Fedora Rawhide package metadata: samtools from https://dl.fedoraproject.org/pub/fedora/linux/development/rawhide/Everything/x86_64/os/repodata/07190dc5ae9f35ae73866675fed6d95fe6e8d9fe22c9d7cdf85862cb2ed24a4c-primary.xml.zst
zypper95%

samtools 1.21-1.5

Tools for manipulating next-generation sequencing data

https://github.com/samtools/samtools

sudo zypper install samtools
  • License: MIT
  • Category: Productivity/Scientific/Other
  • Architecture: x86_64
  • Source Package: samtools
  • 10 依存関係
  • 1 提供
  • normalized package name match
  • 一致条件: Samtools
openSUSE Tumbleweed package metadata · download.opensuse.org · openSUSE Tumbleweed package metadata: samtools from https://download.opensuse.org/tumbleweed/repo/oss/repodata/50b07339cb64c8ed4091bdbabddadc1ff5737b090e478818a195b40d8a3292861a879139b4a3987c31109699fde9fbf4a716367ddf4eef77da75f96e3193d6ed-primary.xml.zst
MacPorts95%

samtools

sudo port install samtools
  • normalized package name match
  • 一致条件: Samtools
MacPorts ports tree · api.github.com · MacPorts ports tree: science/samtools/Portfile from https://api.github.com/repos/macports/macports-ports/git/trees/master?recursive=1

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • external package-manager database matches
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation