pkg.soopen package index

brew / 順位 7309

mummer を Homebrew, apt でインストール

mummer のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install mummer

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install mummer

Debian stable package indexes · mummer · ソース: deb.debian.org

概要

パッケージ概要

Genome alignment tool

コマンドとエイリアス

  • combineMUMs
  • delta-filter
  • dnadiff
  • exact-tandems
  • mummer
  • mummerplot
  • nucmer
  • promer
  • repeat-match
  • show-aligns
  • show-coords
  • show-diff
  • show-snps
  • show-tiling

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

MUMmer is a bioinformatics sequence-alignment package built around maximal unique matches and suffix-based data structures. The first MUMmer paper, "Alignment of whole genomes," by Arthur L. Delcher, Simon Kasif, Robert D. Fleischmann, Jeremy Peterson, Owen White, and Steven L. Salzberg, described a system for rapidly aligning genome-length DNA sequences with suffix trees, demonstrated on bacterial strains, Mycoplasma genomes, and syntenic human/mouse sequences. The name refers to MUMs, or maximal unique matches, used as anchors for large-scale alignments.

プロジェクトの歴史

The package's major releases track the growth of genome data. MUMmer 2.1 added NUCmer and PROmer and was described by Delcher, Adam Phillippy, Jane Carlton, and Salzberg as faster and more memory-efficient for large-scale genome alignment and comparison. MUMmer 3.0, described by Stefan Kurtz, Phillippy, Delcher, and collaborators in Genome Biology, made the software open source and better suited to comparing large genomes. MUMmer4, developed by Guillaume Marcais and Aleksey Zimin with the broader MUMmer team, reworked the core from MUMmer3's 32-bit suffix tree constraints toward a 48-bit suffix-array approach and added parallel query processing; the PLOS Computational Biology paper describes MUMmer and nucmer as among the widely used alignment packages in genomics.

使われ方

In practice, researchers use the suite's commands for whole-genome alignment, draft assembly comparison, contig-to-contig alignment, variant and SNP inspection, dot plots, and translated protein-level comparisons. The package-manager niche is scientific command-line software: Homebrew and Debian/Ubuntu packages expose tools such as `mummer`, `nucmer`, `promer`, `dnadiff`, `delta-filter`, `show-coords`, `show-snps`, and `mummerplot`, making a research-grade genome comparison toolkit installable like ordinary Unix utilities.

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance

理由

  • narrow executable package without higher-risk signals

信号

  • metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

  • Homebrew bottle メタデータは記録されていません。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
combineMUMs実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
delta-filter実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dnadiff実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
exact-tandems実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
mummer実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
mummerplot実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
nucmer実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
promer実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
repeat-match実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
show-aligns実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
show-coords実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
show-diff実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
show-snps実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
show-tiling実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-08-03
マネージャ版4.0.1
マネージャ更新日
ローカルデータ不明
上流利用不可
検出された最新未検出
  • OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:mummer
バージョン4.0.1
パッケージマネージャHomebrew
ホームページhttps://github.com/mummer4/mummer
リポジトリhttps://github.com/mummer4/mummer
Bottle未記録
サービス宣言なし

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Debian apt95%

mummer 3.23+dfsg-8

Efficient sequence alignment of full genomes

https://mummer.sourceforge.net/

sudo apt install mummer
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 5 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Mummer
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: mummer from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt95%

mummer-doc 3.23+dfsg-8

Documentation for MUMmer

https://mummer.sourceforge.net/

sudo apt install mummer-doc
  • Section: doc
  • Architecture: all
  • Source Package: mummer
  • normalized package name match
  • 一致条件: Mummer
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: mummer-doc from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Ubuntu apt95%

mummer 3.23+dfsg-8

Efficient sequence alignment of full genomes

https://mummer.sourceforge.net/

sudo apt install mummer
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 5 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Mummer
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: mummer from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Ubuntu apt95%

mummer-doc 3.23+dfsg-8

Documentation for MUMmer

https://mummer.sourceforge.net/

sudo apt install mummer-doc
  • Section: universe/doc
  • Architecture: all
  • Source Package: mummer
  • normalized package name match
  • 一致条件: Mummer
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: mummer-doc from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation