macOS
Homebrew確認済み · 100%
brew install minimap2local Homebrew formula metadata
brew / 順位 3253
minimap2 を Homebrew, apt, Nix でインストール
minimap2 のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。
インストール
追加のインストールコマンド
Linux
Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install minimap2Debian stable package indexes · minimap2 · ソース: deb.debian.org
Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#minimap2nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/mi/minimap2/package.nix · ソース: api.github.com
概要
パッケージ概要
Versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences
履歴
プロジェクトの歴史と使われ方
minimap2 is Heng Li's successor to the original minimap, designed for the alignment problems created by long-read sequencing and large genomic assemblies. The 2017 preprint and 2018 Bioinformatics paper present it as a general-purpose pairwise aligner for DNA and long mRNA sequences, motivated by ultra-long reads, full-length transcript reads, and contigs that older aligners could not process efficiently at scale.
プロジェクトの歴史
Its major technical contribution is being broad without being slow. The paper describes minimap2 as usable for short reads, assembly contigs, noisy long genomic reads, RNA-seq reads, read overlap detection, and full-genome alignment. The implementation combines fast chaining with base-level alignment improvements, including Suzuki-Kasahara dynamic programming, to make long-read and splice-aware alignment practical. The project README highlights the same practical presets: PacBio and Oxford Nanopore genomic reads, Iso-Seq and Nanopore RNA/cDNA alignment, Illumina reads, assembly-to-assembly comparison, and related-species genome alignment.
使われ方
minimap2 became a core bioinformatics command-line tool because long-read sequencing workflows needed one aligner that could cover many data types. It is invoked directly in pipelines and through higher-level platforms, producing SAM or PAF output for downstream tools such as samtools, variant callers, assemblers, and transcript analysis software. In package managers it sits in the genomics CLI niche beside aligners such as BWA-MEM, Bowtie2, BLASR, NGMLR, and GMAP, with its reputation tied to speed, accuracy, and long-read versatility.
ソース
セキュリティ状態
保護ツール対応はまだ見つかっていません
minimap2 に一致するローカルシークレット処理マニフェストは見つかりませんでした。将来の対応で安定したパッケージ URL を使えるよう、Nucleus パッケージメタデータはここに公開されています。
インストール挙動
- Homebrew bottle メタデータは記録されていません。
推奨レビュー
エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。
実行可能ファイル
インストールされる実行可能ファイル
| コマンド | 種類 | 公開範囲 | メモ |
|---|---|---|---|
minimap2 | 実行可能ファイル | インデックス済み実行可能ファイル | ローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。 |
sdust | 実行可能ファイル | インデックス済み実行可能ファイル | ローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。 |
鮮度
バージョンと鮮度
これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。
ページ生成日2026-08-03
マネージャ版2.31
マネージャ更新日2026-05-20
ローカルデータ不明
上流利用不可
検出された最新未検出
- OK鮮度警告は生成されていません。
インストールメタデータ
パッケージメタデータ
| パッケージキー | brew:minimap2 |
|---|---|
| バージョン | 2.31 |
| パッケージマネージャ | Homebrew |
| ホームページ | https://lh3.github.io/minimap2 |
| リポジトリ | https://github.com/lh3/minimap2 |
| 最終更新 | 2026-05-20T00:41:23Z |
| Pulse | updated |
| Bottle | 未記録 |
| サービス | 宣言なし |
ソースデータベース一致
他のパッケージマネージャ記録
一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。
Debian apt95%
libminimap2-dev 2.27+dfsg-1+b3
development headers for libminimap
https://github.com/lh3/minimap2
sudo apt install libminimap2-dev- Section: libdevel
- Architecture: amd64
- Source Package: minimap2
- 1 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Minimap2
Debian apt95%
minimap2 2.27+dfsg-1+b3
versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences
https://github.com/lh3/minimap2
sudo apt install minimap2- Section: science
- Architecture: amd64
- Source Package: minimap2
- 2 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Minimap2
Debian apt95%
python3-mappy 2.27+dfsg-1+b3
Python3 interface minimap2
https://github.com/lh3/minimap2
sudo apt install python3-mappy- Section: python
- Architecture: amd64
- Source Package: minimap2
- 3 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Minimap2
Nix95%
minimap2
nix profile install nixpkgs#minimap2- normalized package name match
- 一致条件: Minimap2
Ubuntu apt95%
libminimap2-dev 2.26+dfsg-1build1
development headers for libminimap
https://github.com/lh3/minimap2
sudo apt install libminimap2-dev- Section: universe/libdevel
- Architecture: amd64
- Source Package: minimap2
- 1 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Minimap2
Ubuntu apt95%
minimap2 2.26+dfsg-1build1
versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences
https://github.com/lh3/minimap2
sudo apt install minimap2- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 2 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Minimap2
Ubuntu apt95%
python3-mappy 2.26+dfsg-1build1
Python3 interface minimap2
https://github.com/lh3/minimap2
sudo apt install python3-mappy- Section: universe/python
- Architecture: amd64
- Source Package: minimap2
- 3 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Minimap2
ソース経路
リポジトリデータから生成
このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用ソース
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation