pkg.soopen package index

brew / 順位 4783

igv を Homebrew, apt, Nix, scoop でインストール

igv のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install igv

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install igv

Debian stable package indexes · igv · ソース: deb.debian.org

Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#igv

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/ig/igv/package.nix · ソース: api.github.com

Windows

Scoop確認済み · 92%
scoop install extras/igv

Scoop official bucket manifest trees · bucket/igv.json · ソース: api.github.com

概要

パッケージ概要

Interactive Genomics Viewer

コマンドとエイリアス

  • igv
  • igvtools

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

The Integrative Genomics Viewer is a desktop genome visualization tool for interactively exploring large genomic datasets, annotations, alignments, and metadata across local, public, and cloud-hosted sources.

プロジェクトの歴史

IGV originated at the Broad Institute as a response to the growing size and heterogeneity of genomic datasets. The 2011 Nature Biotechnology paper introduced IGV as a tool for integrated visual exploration, and the 2013 Briefings in Bioinformatics paper described it as a high-performance viewer for large heterogeneous genomics data.

The desktop application later became one member of a broader IGV family. The official desktop docs list the original Java desktop application, IGV-Web, and igv.js as related forms, while the GitHub README identifies the desktop repository as the Mac, Windows, and Linux application.

採用の歴史

IGV's adoption is unusually strong for a desktop scientific package because it became both a research citation target and a practical review tool. The docs explicitly tell researchers how to cite IGV, and the project site lists follow-on publications including variant review and igv.js.

使われ方

Desktop IGV is used to load genome references and inspect aligned reads, variants, annotations, expression data, and other genomics tracks. The Homebrew package exposes both `igv` and `igvtools`, reflecting the split between interactive visualization and command-line data preparation.

パッケージ好きにとっての重要性

IGV is package-nerd interesting because it is a heavyweight scientific GUI shipped through developer package managers. It crosses desktop launchers, Java runtime bundling, genomics file formats, command-line helper tools, and citation-grade scientific reproducibility.

タイムライン

  • 2011: Nature Biotechnology paper introduced Integrative Genomics Viewer.
  • 2012: Public GitHub repository created for the desktop application.
  • 2013: Briefings in Bioinformatics article described high-performance genomics data visualization and exploration with IGV.
  • 2017: Cancer Research article documented IGV use in variant review.
  • 2023: igv.js publication documented an embeddable JavaScript implementation of IGV.

Related projects

  • Related IGV projects include IGV-Web, igv.js, igv-notebook, and igvtools. In package-manager terms, IGV also sits near bioinformatics tools that produce or transform BAM/CRAM, VCF, BED, and genome annotation files.

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance

理由

  • narrow executable package without higher-risk signals

信号

  • metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

  • Homebrew bottle メタデータは記録されていません。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
igv実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
igvtools実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-08-03
マネージャ版2.19.8
マネージャ更新日2026-06-11
ローカルデータ不明
上流利用不可
検出された最新未検出
  • OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:igv
バージョン2.19.8
パッケージマネージャHomebrew
ホームページhttps://igv.org/doc/desktop/
最終更新2026-06-11T23:03:30Z
Pulseupdated
Bottle未記録
サービス宣言なし

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Debian apt95%

igv 2.18.5+dfsg-1

Integrative Genomics Viewer

https://www.broadinstitute.org/igv/

sudo apt install igv
  • Section: science
  • Architecture: all
  • 19 依存関係
  • 1 任意依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Igv
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: igv from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Nix95%

igv

nix profile install nixpkgs#igv
  • normalized package name match
  • 一致条件: Igv
nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/ig/igv/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1
Ubuntu apt95%

igv 2.17.3+dfsg-1

Integrative Genomics Viewer

https://www.broadinstitute.org/igv/

sudo apt install igv
  • Section: universe/science
  • Architecture: all
  • 19 依存関係
  • 1 任意依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Igv
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: igv from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Scoop95%

extras/igv

scoop install extras/igv
  • normalized package name match
  • 一致条件: Igv
Scoop official bucket manifest trees · api.github.com · Scoop official bucket manifest trees: bucket/igv.json from https://api.github.com/repos/ScoopInstaller/Extras/git/trees/master?recursive=1

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation