macOS
Homebrew確認済み · 100%
brew install hyphylocal Homebrew formula metadata
brew / 順位 9578
hyphy を Homebrew, apt でインストール
hyphy のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。
インストール
追加のインストールコマンド
Linux
Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install hyphy-commonDebian stable package indexes · hyphy-common · ソース: deb.debian.org
概要
パッケージ概要
Hypothesis testing using Phylogenies
履歴
プロジェクトの歴史と使われ方
HyPhy, short for Hypothesis Testing using Phylogenies, is an open-source computational phylogenetics package for likelihood-based analysis of molecular sequence evolution, natural selection, recombination, co-evolution, and rate variation.
プロジェクトの歴史
HyPhy was originally released in 2000, and its 2005 Bioinformatics paper described it as a flexible unified platform for likelihood-based analyses of multiple sequence alignments. The project combined a graphical application, a scriptable batch language, and a library of analyses aimed at molecular evolution researchers.
The HyPhy 2.5 paper describes a major modernization of the computational core and analysis library, with new evolutionary models, statistical tests, performance and stability improvements, and a focus on reproducible end-to-end workflows. GitHub release metadata records an active 2.5.x maintenance line after the 2019 2.5.0 release.
採用の歴史
HyPhy spread through academic citation, the Datamonkey web application, Bioconda, Homebrew, Debian, Ubuntu, Docker, and source builds. Its README states that HyPhy is the computational backbone powering datamonkey.org, which made several HyPhy methods accessible without local installation.
使われ方
Command-line use centers on commands such as `hyphy absrel`, `hyphy busted`, `hyphy fel`, `hyphy fubar`, `hyphy gard`, `hyphy meme`, `hyphy relax`, and `hyphy slac` with alignment and tree inputs. Advanced users can write or modify analyses in HBL, the HyPhy Batch Language.
パッケージ好きにとっての重要性
HyPhy is significant because it is both a long-lived scientific codebase and a package-manager citizen. It crosses GUI, CLI, library, MPI, Conda, Homebrew, Debian, Docker, and WebAssembly packaging boundaries while preserving a domain-specific scripting language for evolutionary hypothesis testing.
タイムライン
- 2000: HyPhy was originally released.
- 2005: The Bioinformatics paper described HyPhy as a likelihood-based platform for molecular sequence analysis.
- 2019: HyPhy 2.5.0 was released with a re-engineered computational core and analysis library.
- 2020: The HyPhy 2.5 paper appeared in Molecular Biology and Evolution.
- 2026: The 2.5.x release line continued in GitHub release metadata.
Related projects
- HyPhy is closely related to Datamonkey and to comparative phylogenetics tools such as PAML, MrBayes, BEAST, RevBayes, and Galaxy workflows that wrap HyPhy methods.
ソース
- https://api.github.com/repos/veg/hyphy/releases?per_page=100
- https://formulae.brew.sh/formula/hyphy
- https://github.com/veg/hyphy
- https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8204705/
- https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15509596/
- https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31504749/
- https://raw.githubusercontent.com/veg/hyphy/master/README.md
- https://www.datamonkey.org/citations
- https://www.hyphy.org/about/
セキュリティ状態
保護ツール対応はまだ見つかっていません
hyphy に一致するローカルシークレット処理マニフェストは見つかりませんでした。将来の対応で安定したパッケージ URL を使えるよう、Nucleus パッケージメタデータはここに公開されています。
インストール挙動
- Homebrew bottle メタデータは記録されていません。
推奨レビュー
エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。
実行可能ファイル
インストールされる実行可能ファイル
| コマンド | 種類 | 公開範囲 | メモ |
|---|---|---|---|
hyphy | 実行可能ファイル | インデックス済み実行可能ファイル | ローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。 |
鮮度
バージョンと鮮度
これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。
ページ生成日2026-08-03
マネージャ版2.5.101
マネージャ更新日2026-06-18
ローカルデータ不明
上流利用不可
検出された最新未検出
- OK鮮度警告は生成されていません。
インストールメタデータ
パッケージメタデータ
| パッケージキー | brew:hyphy |
|---|---|
| バージョン | 2.5.101 |
| パッケージマネージャ | Homebrew |
| ホームページ | https://www.hyphy.org |
| リポジトリ | https://github.com/veg/hyphy |
| 最終更新 | 2026-06-18T18:40:23Z |
| Pulse | updated |
| Bottle | 未記録 |
| サービス | 宣言なし |
ソースデータベース一致
他のパッケージマネージャ記録
一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。
Debian apt95%
hyphy-common 2.5.69+dfsg-1
Hypothesis testing using Phylogenies (common files)
sudo apt install hyphy-common- Section: science
- Architecture: all
- Source Package: hyphy
- 2 任意依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Hyphy
Debian apt95%
hyphy-mpi 2.5.69+dfsg-1
Hypothesis testing using Phylogenies (MPI version)
sudo apt install hyphy-mpi- Section: science
- Architecture: amd64
- Source Package: hyphy
- 9 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Hyphy
Debian apt95%
hyphy-pt 2.5.69+dfsg-1
Hypothesis testing using Phylogenies (pthreads version)
sudo apt install hyphy-pt- Section: science
- Architecture: amd64
- Source Package: hyphy
- 8 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Hyphy
Ubuntu apt95%
hyphy-common 2.5.59+dfsg-1build3
Hypothesis testing using Phylogenies (common files)
sudo apt install hyphy-common- Section: universe/science
- Architecture: all
- Source Package: hyphy
- 2 任意依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Hyphy
Ubuntu apt95%
hyphy-mpi 2.5.59+dfsg-1build3
Hypothesis testing using Phylogenies (MPI version)
sudo apt install hyphy-mpi- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- Source Package: hyphy
- 9 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Hyphy
Ubuntu apt95%
hyphy-pt 2.5.59+dfsg-1build3
Hypothesis testing using Phylogenies (pthreads version)
sudo apt install hyphy-pt- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- Source Package: hyphy
- 8 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Hyphy
ソース経路
リポジトリデータから生成
このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用ソース
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation