pkg.soopen package index

brew / 順位 6535

gffread を Homebrew, apt でインストール

gffread のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install gffread

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install gffread

Debian stable package indexes · gffread · ソース: deb.debian.org

概要

パッケージ概要

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

コマンドとエイリアス

  • gffread

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

GffRead is a C++ command-line utility for reading, validating, converting, filtering, and extracting sequence data from GFF and GTF genome annotation files. Its history is closely linked to the StringTie/Cufflinks transcript-assembly ecosystem and to the practical need for robust interchange between GTF2 and GFF3.

プロジェクトの歴史

The Johns Hopkins Center for Computational Biology documents GffRead as part of its GFF utilities page, alongside GffCompare. The repository describes it as a GFF/GTF utility and points users to the 2020 F1000Research paper by Geo Pertea and Mihaela Pertea for usage examples and citation.

採用の歴史

GTF and GFF are common bioinformatics exchange formats for genes, transcripts, exons, and coding regions. GffRead gained significance because it uses parser code shared with Cufflinks, StringTie, and GffCompare, allowing researchers to test whether an annotation file will be interpreted by that tool family.

使われ方

Practitioners run GffRead to clean and inspect annotation files, convert GTF2 to GFF3 or GFF3 to GTF2, expose parser warnings, discard non-essential attributes, and extract transcript FASTA sequences from a genome FASTA plus annotation file. FASTA index files generated by samtools can speed sequence extraction.

パッケージ好きにとっての重要性

GffRead is the sort of bioinformatics CLI that package managers keep close to workflow engines: small enough to install as a standalone binary, but important enough to sit inside larger RNA-seq and genome-annotation pipelines.

タイムライン

  • 2020: The GFF Utilities paper described GffRead and GffCompare in F1000Research.
  • 2020: Johns Hopkins publication metadata listed the software as open source under the MIT license.
  • 2026: The project repository and Bioconda metadata listed v0.12.9 packages.

Related projects

  • GffRead is related to GffCompare, StringTie, Cufflinks, samtools, GTF2, and GFF3 tooling.

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance

理由

  • narrow executable package without higher-risk signals

信号

  • metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

  • Homebrew bottle メタデータは記録されていません。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
gffread実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-08-03
マネージャ版0.12.9
マネージャ更新日
ローカルデータ不明
上流利用不可
検出された最新未検出
  • OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:gffread
バージョン0.12.9
パッケージマネージャHomebrew
ホームページhttps://github.com/gpertea/gffread
リポジトリhttps://github.com/gpertea/gffread
Bottle未記録
サービス宣言なし

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Debian apt95%

gffread 0.12.7-8

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gff.shtml

sudo apt install gffread
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 3 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Gffread
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: gffread from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Ubuntu apt95%

gffread 0.12.7-4build1

GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gff.shtml

sudo apt install gffread
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 3 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Gffread
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: gffread from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation