macOS
Homebrew確認済み · 100%
brew install genometoolslocal Homebrew formula metadata
brew / 順位 5020
genometools を Homebrew, apt でインストール
genometools のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。
インストール
追加のインストールコマンド
Linux
Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install genometoolsDebian stable package indexes · genometools · ソース: deb.debian.org
概要
パッケージ概要
Versatile open source genome analysis software
履歴
プロジェクトの歴史と使われ方
GenomeTools is an open source genome informatics system centered on a single gt command and the libgenometools C library. It collects command-line tools, APIs, and published bioinformatics components for structured genome annotations, sequence analysis, annotation visualization, and related workflows.
プロジェクトの歴史
The project archive shows public source tarballs beginning with the 0.6.x series in 2007 and a 1.0.0 release later that year. The official overview describes the system as a collection of bioinformatics tools combined into one binary and based on libgenometools, with development credited to Gordon Gremme, Sascha Steinbiss, Stefan Kurtz, and contributors at the University of Hamburg's Genome Informatics group.
The 2013 GenomeTools publication framed the project as a comprehensive software library for efficient processing of structured genome annotations. Around that core, the official site lists separately published components such as LTRharvest, Tallymer, AnnotationSketch, LTRdigest, GtEncseq, Readjoiner, and related tools built on the same library.
採用の歴史
GenomeTools gained significance through bioinformatics publications and through its packaging as a reusable command-line suite rather than a single-purpose script. Its official site points to manuals, manpage-style tool documentation, a C API, Lua-based gtscript documentation, and a GFF3 validator, which made it useful both for end users and developers building genome-annotation workflows.
使われ方
Practitioners use GenomeTools for tasks such as validating and processing GFF3, drawing genome annotations, finding LTR retrotransposons, counting or indexing sequence features, assembling reads, and scripting analyses around the gt command. Developers can use libgenometools and the documented C API when command-line composition is not enough.
パッケージ好きにとっての重要性
GenomeTools is a good example of scientific software that package managers preserve because reproducible research workflows depend on exact command-line behavior, compiled C libraries, and long-lived manual pages.
タイムライン
- 2007: the project archive listed the 0.6.x series and 1.0.0 tarballs.
- 2008: the official site listed published GenomeTools components including LTRharvest and Tallymer.
- 2013: the GenomeTools software-library paper appeared in IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics.
- 2021: the project archive listed the 1.6.2 tarball.
Related projects
- Related GenomeTools components and adjacent projects include libgenometools, gt, AnnotationSketch, LTRharvest, LTRdigest, Tallymer, GtEncseq, Readjoiner, GenomeThreader, and GFF3 validation tooling.
ソース
セキュリティ状態
リスクレベル: グリーン
narrow executable package without higher-risk signals.
リスク分類器
リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance
理由
- narrow executable package without higher-risk signals
信号
- metadata:no-higher-risk-signals
インストール挙動
- Homebrew bottle メタデータは記録されていません。
推奨レビュー
エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。
実行可能ファイル
インストールされる実行可能ファイル
| コマンド | 種類 | 公開範囲 | メモ |
|---|---|---|---|
genometools-config | 実行可能ファイル | インデックス済み実行可能ファイル | ローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。 |
鮮度
バージョンと鮮度
これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。
ページ生成日2026-08-03
マネージャ版1.6.6
マネージャ更新日
ローカルデータ不明
上流利用不可
検出された最新未検出
- OK鮮度警告は生成されていません。
インストールメタデータ
パッケージメタデータ
| パッケージキー | brew:genometools |
|---|---|
| バージョン | 1.6.6 |
| パッケージマネージャ | Homebrew |
| ホームページ | https://genometools.org/ |
| リポジトリ | https://github.com/genometools/genometools |
| Bottle | 未記録 |
| サービス | 宣言なし |
ソースデータベース一致
他のパッケージマネージャ記録
一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。
Debian apt95%
genometools 1.6.5+ds-2.2
versatile genome analysis toolkit
sudo apt install genometools- Section: science
- Architecture: amd64
- 15 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Genometools
Debian apt95%
genometools-common 1.6.5+ds-2.2
shared data files for GenomeTools
sudo apt install genometools-common- Section: science
- Architecture: all
- Source Package: genometools
- 9 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Genometools
Debian apt95%
genometools-doc 1.6.5+ds-2.2
documentation for GenomeTools
sudo apt install genometools-doc- Section: doc
- Architecture: all
- Source Package: genometools
- normalized package name match
- 一致条件: Genometools
Debian apt95%
libgenometools0-dev 1.6.5+ds-2.2
development files for GenomeTools
sudo apt install libgenometools0-dev- Section: libdevel
- Architecture: amd64
- Source Package: genometools
- 1 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Genometools
Debian apt95%
libgenometools0t64 1.6.5+ds-2.2
versatile genome analysis library
sudo apt install libgenometools0t64- Section: libs
- Architecture: amd64
- Source Package: genometools
- 13 依存関係
- 1 提供
- normalized package name match
- 一致条件: Genometools
Debian apt95%
python3-genometools 1.6.5+ds-2.2
Python3 bindings for genometools
sudo apt install python3-genometools- Section: python
- Architecture: all
- Source Package: genometools
- 2 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Genometools
Ubuntu apt95%
genometools 1.6.5+ds-2.1ubuntu2
versatile genome analysis toolkit
sudo apt install genometools- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 15 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Genometools
Ubuntu apt95%
genometools-common 1.6.5+ds-2.1ubuntu2
shared data files for GenomeTools
sudo apt install genometools-common- Section: universe/science
- Architecture: all
- Source Package: genometools
- 9 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Genometools
Ubuntu apt95%
genometools-doc 1.6.5+ds-2.1ubuntu2
documentation for GenomeTools
sudo apt install genometools-doc- Section: universe/doc
- Architecture: all
- Source Package: genometools
- normalized package name match
- 一致条件: Genometools
Ubuntu apt95%
libgenometools0-dev 1.6.5+ds-2.1ubuntu2
development files for GenomeTools
sudo apt install libgenometools0-dev- Section: universe/libdevel
- Architecture: amd64
- Source Package: genometools
- 1 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Genometools
Ubuntu apt95%
libgenometools0t64 1.6.5+ds-2.1ubuntu2
versatile genome analysis library
sudo apt install libgenometools0t64- Section: universe/libs
- Architecture: amd64
- Source Package: genometools
- 13 依存関係
- 1 提供
- normalized package name match
- 一致条件: Genometools
Ubuntu apt95%
python3-genometools 1.6.5+ds-2.1ubuntu2
Python3 bindings for genometools
sudo apt install python3-genometools- Section: universe/python
- Architecture: all
- Source Package: genometools
- 2 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Genometools
ソース経路
リポジトリデータから生成
このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用ソース
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation