pkg.soopen package index

brew / 順位 6749

flye を Homebrew, apt, Nix でインストール

flye のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install flye

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install flye

Debian stable package indexes · flye · ソース: deb.debian.org

Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#flye

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/fl/flye/package.nix · ソース: api.github.com

概要

パッケージ概要

De novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs

コマンドとエイリアス

  • flye
  • flye-minimap2
  • flye-modules
  • flye-samtools

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

Flye is a de novo assembler for long, single-molecule sequencing reads from platforms such as PacBio and Oxford Nanopore. It is distributed as a command-line bioinformatics package and presents a complete assembly pipeline from raw reads to polished contigs, with special support for metagenome assembly through metaFlye.

プロジェクトの歴史

The project grew out of the ABruijn/Flye line of assemblers developed in Pavel Pevzner's lab at UCSD. Its official release history shows early releases under the ABruijn name in 2016 and 2017, followed by Flye releases from the 2.x series onward.

Flye's core technical identity is its repeat graph approach. The README describes repeat graphs as an alternative to de Bruijn graphs for noisy long-read data, using approximate sequence matches and classifying graph edges as unique or repetitive to support reconstruction of assemblies.

採用の歴史

Flye became a standard packaged long-read assembler in bioinformatics workflows because it targets both PacBio and Oxford Nanopore reads, covers bacterial through mammalian-scale assemblies, and advertises Bioconda installation from the official README. The input package metadata also records packaging across Homebrew, Debian, Ubuntu, and Nix.

使われ方

Typical usage is as the `flye` CLI: users provide raw PacBio or ONT reads, select the appropriate read mode, and receive polished contigs and graph outputs. The README also documents metagenome assembly, benchmark datasets, and downstream visualization or phasing tools.

パッケージ好きにとっての重要性

Flye is notable to package maintainers because it combines Python/C++ bioinformatics code with bundled third-party components such as minimap2 and samtools, while remaining a user-facing CLI. It is also a good example of a research tool that crossed into routine package-manager distribution because long-read sequencing became common laboratory infrastructure.

タイムライン

  • 2016: ABruijn v1.0 was released.
  • 2018: The 2.3 release line appeared under the Flye name.
  • 2019: The Flye repeat-graph assembler paper was published in Nature Biotechnology.
  • 2020: metaFlye for long-read metagenome assembly was published in Nature Methods.
  • 2021: Flye 2.9 added updated high-quality Nanopore and HiFi behavior and other assembly improvements.
  • 2025: Flye 2.9.6 was released as a minor fix release.

Related projects

  • Related projects named by the official README include metaFlye, HapDup, strainy, AGB, Bandage, minimap2, and samtools.

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance

理由

  • narrow executable package without higher-risk signals

信号

  • metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

  • Homebrew bottle メタデータは記録されていません。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
flye実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
flye-minimap2実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
flye-modules実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
flye-samtools実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-08-03
マネージャ版2.9.6
マネージャ更新日2026-06-22
ローカルデータ不明
上流利用不可
検出された最新未検出
  • OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:flye
バージョン2.9.6
パッケージマネージャHomebrew
ホームページhttps://github.com/mikolmogorov/Flye
リポジトリhttps://github.com/mikolmogorov/Flye
最終更新2026-06-22T14:03:21-07:00
Pulseupdated
Bottle未記録
サービス宣言なし

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Debian apt95%

flye 2.9.5+dfsg-1

de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs

https://github.com/fenderglass/Flye

sudo apt install flye
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 8 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Flye
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: flye from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Nix95%

flye

nix profile install nixpkgs#flye
  • normalized package name match
  • 一致条件: Flye
nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/fl/flye/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1
Ubuntu apt95%

flye 2.9.3+dfsg2-1

de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs

https://github.com/fenderglass/Flye

sudo apt install flye
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 8 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Flye
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: flye from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation