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brew / 順位 3007

fastqc を Homebrew, apt, Nix でインストール

fastqc のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install fastqc

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install fastqc

Debian stable package indexes · fastqc · ソース: deb.debian.org

Nix確認済み · 92%
nix profile install nixpkgs#fastqc

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/fa/fastqc/package.nix · ソース: api.github.com

概要

パッケージ概要

Quality control tool for high throughput sequence data

コマンドとエイリアス

  • fastqc

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

FastQC is Babraham Bioinformatics' quality-control application for high-throughput sequencing data. It analyzes FASTQ, BAM, and SAM inputs and produces graphical and HTML reports that flag unusual properties before downstream analysis.

プロジェクトの歴史

FastQC was created by Simon Andrews at Babraham Bioinformatics and had public releases by April 2010, according to the official project changelog. The project page describes it as stable, mature Java software released under GPL v3 or later.

The GitHub repository was created in 2017 as the public source-code home for developers and bug tracing, while the Babraham project page remains the canonical place for users to download compiled packages and read documentation.

採用の歴史

FastQC became a standard first-pass QC tool for high-throughput sequencing because it works both as an interactive GUI and as a non-interactive pipeline step. The project page emphasizes permanent HTML report export and example reports for Illumina, RNA-Seq adapter contamination, small RNA, RRBS, PacBio, and 454 datasets.

Its release history shows long maintenance from 2010 through the 0.12.x releases in 2023, adapting to new sequencing formats and operational needs such as NovaSeq tile handling, Nanopore format changes, SVG output, and memory options.

使われ方

Users run FastQC before deeper analysis to get a quick overview of raw sequence quality. Its modules summarize base quality, sequence content, duplication, adapter content, and other signals, then mark modules as pass, warning, or fail.

FastQC can process multiple files in the graphical application, or run headlessly in pipelines to generate one report per input file. It documents no persistent package configuration file or credential store.

パッケージ好きにとっての重要性

FastQC is a canonical bioinformatics package-manager resident: a Java GUI that is also a CLI pipeline tool, a project website that predates the GitHub source repo, and output reports recognizable across sequencing workflows.

タイムライン

  • 2010: Version 0.1 is released.
  • 2017: The public GitHub source repository is created.
  • 2018: v0.11.8 is released with performance and behavior fixes.
  • 2023: v0.12.x releases add modern report and runtime improvements.

Related projects

  • FastQC is commonly paired with FASTQ preprocessing tools such as fastp; fastp's own README describes its HTML report as FastQC-like.

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance

理由

  • narrow executable package without higher-risk signals

信号

  • metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

  • Homebrew bottle メタデータは記録されていません。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
fastqc実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-08-03
マネージャ版0.12.1
マネージャ更新日2026-06-22
ローカルデータ不明
上流利用不可
検出された最新未検出
  • OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:fastqc
バージョン0.12.1
パッケージマネージャHomebrew
ホームページhttps://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
最終更新2026-06-22T14:03:18-07:00
Pulseupdated
Bottle未記録
サービス宣言なし

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Debian apt95%

fastqc 0.12.1+dfsg-4

quality control for high throughput sequence data

https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

sudo apt install fastqc
  • Section: science
  • Architecture: all
  • 5 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Fastqc
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: fastqc from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Nix95%

fastqc

nix profile install nixpkgs#fastqc
  • normalized package name match
  • 一致条件: Fastqc
nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/fa/fastqc/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1
Ubuntu apt95%

fastqc 0.12.1+dfsg-3

quality control for high throughput sequence data

https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

sudo apt install fastqc
  • Section: universe/science
  • Architecture: all
  • 6 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Fastqc
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: fastqc from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation