pkg.sopackage field notes

brew / 順位 4482

dxpy を Homebrew でインストール

dxpy のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install dxpy

provider-native install command

概要

パッケージ概要

DNAnexus toolkit utilities and platform API bindings for Python

コマンドとエイリアス

  • dx-app-wizard
  • dx-build-app
  • dx-build-applet
  • dx-clone-asset
  • dx-docker
  • dx-download-all-inputs
  • dx-fetch-bundled-depends
  • dx-generate-dxapp
  • dx-jobutil-add-output
  • dx-jobutil-dxlink
  • dx-jobutil-get-identity-token
  • dx-jobutil-new-job
  • dx-jobutil-parse-link
  • dx-jobutil-report-error
  • dx-log-stream
  • dx-mount-all-inputs
  • dx-notebook-reconnect
  • dx-print-bash-vars
  • dx-upload-all-outputs

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

dxpy is the Python binding layer and command-line toolkit for the DNAnexus platform. The official Read the Docs page describes dxpy as Python bindings for interacting with the DNAnexus Platform API, both inside the DNAnexus execution environment and from external scripts.

プロジェクトの歴史

The official dx-toolkit git history begins with imported history in 2011 and early repository reorganization in March 2012. Official tags show v0.0.1 on 2012-08-09 and a long continuous release stream through v0.410.0 in June 2026.

採用の歴史

Unlike general-purpose Unix tools, dxpy adoption follows the DNAnexus platform itself: researchers and bioinformatics engineers use it to script platform objects, projects, files, apps, workflows, jobs, and API calls. The batch input exposes this as a Homebrew package with many dx-* executables rather than just a Python library.

使われ方

The official docs organize dxpy around Pythonic bindings, low-level API wrappers, object handlers, projects, records, files, genomic tables, applets, apps, workflows, jobs, search, app building, utilities, and exceptions. In practice the packaged toolkit is used for DNAnexus login/configuration, data movement, applet/app development, job utilities, logging, Docker/Nextflow helper workflows, and scripted platform automation.

パッケージ好きにとっての重要性

dxpy is significant as a packaged scientific-platform SDK: it turns a hosted genomics and biomedical analysis platform into reproducible shell and Python workflows. For package managers, it is a reminder that many science packages are not just libraries but operational CLIs with credentials, cloud objects, and platform-specific execution assumptions.

タイムライン

  • 2011: Official git history begins with imported repository history.
  • 2012: v0.0.1 tagged and DNAnexus Python docs carry 2012-2013 copyright.
  • 2020: v0.300.0 tagged.
  • 2023: v0.350.0 tagged.
  • 2025: v0.400.0 tagged.
  • 2026: v0.410.0 appears in the official changelog and tag list.

Related projects

  • dxpy is part of DNAnexus dx-toolkit alongside the dx command family, DNAnexus API documentation, platform documentation, app builders, job utilities, Docker helpers, and Nextflow-related tooling referenced in recent changelog entries.

セキュリティ状態

保護ツール対応はまだ見つかっていません

dxpy に一致するローカルシークレット処理マニフェストは見つかりませんでした。将来の対応で安定したパッケージ URL を使えるよう、Nucleus パッケージメタデータはここに公開されています。

インストール挙動

  • Homebrew bottle メタデータは記録されていません。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

local files

Configuration and credential file locations

These source-backed paths show where this package keeps local settings or durable credentials. Automic Vault can use them as review targets for secret scanning, migration, and command approval.

Configuration files

Config paths the tool may read or write during local use.

Unix
~/.dnanexus_config/environment.json

Credential files

Credential-bearing paths to review before unattended agent runs.

Unix
~/.dnanexus_config/environment.json

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
dx-app-wizard実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-build-app実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-build-applet実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-clone-asset実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-docker実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-download-all-inputs実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-fetch-bundled-depends実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-generate-dxapp実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-jobutil-add-output実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-jobutil-dxlink実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-jobutil-get-identity-token実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-jobutil-new-job実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-jobutil-parse-link実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-jobutil-report-error実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-log-stream実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-mount-all-inputs実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-notebook-reconnect実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-print-bash-vars実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
dx-upload-all-outputs実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-08-03
マネージャ版0.411.0
マネージャ更新日2026-07-29
ローカルデータ不明
上流利用不可
検出された最新未検出
  • OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:dxpy
バージョン0.411.0
パッケージマネージャHomebrew
ホームページhttps://github.com/dnanexus/dx-toolkit
最終更新2026-07-29T00:42:36Z
Pulseupdated
Bottle未記録
サービス宣言なし

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • Nucleus package database
  • curated configuration and credential file locations
  • curated package history
  • pkgdb category and tag curation