macOS
Homebrew確認済み · 100%
brew install cutadaptlocal Homebrew formula metadata
brew / 順位 9393
cutadapt を Homebrew, apt でインストール
cutadapt のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。
インストール
追加のインストールコマンド
Linux
Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install cutadaptDebian stable package indexes · cutadapt · ソース: deb.debian.org
概要
パッケージ概要
Removes adapter sequences from sequencing reads
履歴
プロジェクトの歴史と使われ方
Cutadapt is a bioinformatics command-line tool for finding and removing adapter sequences, primers, poly-A tails, and other unwanted sequence from high-throughput sequencing reads. Its documentation presents trimming as a routine cleanup step for small-RNA, amplicon, and other sequencing workflows.
プロジェクトの歴史
The project documentation says Cutadapt development began at TU Dortmund University in Prof. Sven Rahmann's group and is now developed within NBIS, the National Bioinformatics Infrastructure Sweden. The documentation copyright begins in 2010, and the changelog records early public releases starting with v0.1 in September 2010.
採用の歴史
Cutadapt became part of the standard sequencing-preprocessing toolbox because it solves a common, format-heavy cleanup problem with a scriptable CLI. The official README links to PyPI, source code, documentation, and a Galaxy platform wrapper, and its badges point to Python packaging and Bioconda distribution.
使われ方
The tool is normally used in pipelines before alignment or downstream analysis: users provide FASTQ/FASTA reads and adapter or primer patterns, then ask Cutadapt to trim, filter, modify, demultiplex, and report results. Its changelog shows long-running attention to paired-end reads, JSON reports, demultiplexing, compression speed, Python version support, and reproducible output.
パッケージ好きにとっての重要性
Cutadapt is package-manager significant because it bridges Python packaging, bioinformatics channels, and Unix CLI workflows. It is both a Python package and a command-line executable, with stable documentation, a citation, and a long changelog that makes downstream packaging and reproducibility work tractable.
タイムライン
- 2010: v0.1 appears in the official changelog.
- 2011: v1.0 released, according to the changelog.
- 2012: Public GitHub repository created.
- 2019: v2.0 released with documented backward-incompatible changes.
- 2024: v5.0 released with demultiplexing behavior changes and performance-related defaults.
- 2025: v5.2 documented in the stable changelog.
Related projects
- The official README links Cutadapt to PyPI, Bioconda packaging, Galaxy's tools-iuc wrapper, and its Read the Docs documentation.
ソース
セキュリティ状態
リスクレベル: グリーン
narrow executable package without higher-risk signals.
リスク分類器
リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance
理由
- narrow executable package without higher-risk signals
信号
- metadata:no-higher-risk-signals
インストール挙動
- Homebrew bottle メタデータは記録されていません。
推奨レビュー
エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。
実行可能ファイル
インストールされる実行可能ファイル
| コマンド | 種類 | 公開範囲 | メモ |
|---|---|---|---|
cutadapt | 実行可能ファイル | インデックス済み実行可能ファイル | ローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。 |
鮮度
バージョンと鮮度
これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。
ページ生成日2026-08-03
マネージャ版5.2
マネージャ更新日2026-05-04
ローカルデータ不明
上流利用不可
検出された最新未検出
- OK鮮度警告は生成されていません。
インストールメタデータ
パッケージメタデータ
| パッケージキー | brew:cutadapt |
|---|---|
| バージョン | 5.2 |
| パッケージマネージャ | Homebrew |
| ホームページ | https://cutadapt.readthedocs.io |
| リポジトリ | https://github.com/marcelm/cutadapt |
| 最終更新 | 2026-05-04T20:29:09Z |
| Pulse | updated |
| Bottle | 未記録 |
| サービス | 宣言なし |
ソースデータベース一致
他のパッケージマネージャ記録
一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。
Debian apt95%
cutadapt 4.7-2
Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads
https://cutadapt.readthedocs.io/
sudo apt install cutadapt- Section: science
- Architecture: all
- Source Package: python-cutadapt
- 2 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Cutadapt
Ubuntu apt95%
cutadapt 4.4-1build2
Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads
https://cutadapt.readthedocs.io/
sudo apt install cutadapt- Section: universe/science
- Architecture: all
- Source Package: python-cutadapt
- 2 依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Cutadapt
ソース経路
リポジトリデータから生成
このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用ソース
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation