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brew / 順位 6065

abricate を Homebrew でインストール

abricate のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install abricate

local Homebrew formula metadata

概要

パッケージ概要

Find antimicrobial resistance and virulence genes in contigs

コマンドとエイリアス

  • abricate
  • abricate-get_db

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

ABRicate is a Perl command-line tool for mass screening assembled contigs against antimicrobial-resistance and virulence-gene databases. It matters to package maintainers because it wraps BLAST+, database setup, and summary reporting into a familiar Unix bioinformatics command.

プロジェクトの歴史

The first GitHub release, v0.1, was published as 'Debut' on April 2, 2015. The README describes the project as mass screening of contigs for antimicrobial resistance or virulence genes and explains that the name combines the common acronym ABR, for antibiotic resistance, with an English-verb-like form.

採用の歴史

ABRicate became useful in workflow packaging because the README documents Bioconda installation, source installation, dependency checks, database setup, and operation through a single abricate command. The current Homebrew input metadata shows it packaged for Homebrew, while upstream also advertises Bioconda download badges.

使われ方

The tool screens assemblies, not raw FASTQ reads, and reports gene hits with coverage, identity, database, accession, product, and resistance fields. It can process many files, read a file-of-filenames, summarize reports into a presence/absence matrix, update bundled databases, and build custom nucleotide databases.

パッケージ好きにとっての重要性

ABRicate is a classic bioinformatics packaging target: a Perl entry point with external command dependencies, bundled or downloadable reference databases, and a check/setup workflow that packagers and workflow engines can exercise after install. Its release history also tracks database refreshes and CI migration.

タイムライン

  • 2015: v0.1 Debut release.
  • 2020: v1.0.0 added file-of-filenames scanning, defaults around coverage/identity thresholds, MEGARES docs, and NCBI/CARD database support.
  • 2025: v1.2.0 refreshed databases, moved CI to GitHub Actions, switched download code to Perl File::Fetch, and improved docs.
  • 2026: v1.4.0 added a UPEC/ExPEC virulence-factors database and updated NCBI AMR data.

Related projects

  • The README points users to ARIBA, ResFinder, RGI, SRST2, and AMRFinderPlus when ABRicate is not the right fit. It also bundles or references databases including NCBI AMRFinderPlus, CARD, ResFinder, ARG-ANNOT, MEGARES, PlasmidFinder, VFDB, VICTORS, BacMet, and UPEC/ExPEC VF.

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance

理由

  • narrow executable package without higher-risk signals

信号

  • metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

  • Homebrew bottle メタデータは記録されていません。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
abricate実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。
abricate-get_db実行可能ファイルインデックス済み実行可能ファイルローカル実行可能ファイルインデックスから検出されました。

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-08-03
マネージャ版1.4.0
マネージャ更新日2026-07-29
ローカルデータ不明
上流利用不可
検出された最新未検出
  • OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:abricate
バージョン1.4.0
パッケージマネージャHomebrew
ホームページhttps://github.com/tseemann/abricate
リポジトリhttps://github.com/tseemann/abricate
最終更新2026-07-29T17:23:23+01:00
Pulseupdated
Bottle未記録
サービス宣言なし

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation