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brew / 順位 13587

sickle を Homebrew, apt でインストール

sickle のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。

インストールコマンドセキュリティノート

インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%
brew install sickle

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install sickle

Debian stable package indexes · sickle · ソース: deb.debian.org

概要

パッケージ概要

Windowed adaptive trimming for FASTQ files using quality

コマンドとエイリアス

  • sickle

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

Sickle is a C command-line program that trims low-quality sequence from FASTQ reads with an adaptive sliding-window algorithm and discards reads below a chosen length threshold.

プロジェクトの歴史

Najoshi and Fass developed Sickle as a sliding-window, adaptive quality trimmer for FASTQ sequencing reads. Upstream's requested software citation dates the project to 2011 and identifies version 1.33.

採用の歴史

Sickle became available through bioinformatics and operating-system packaging channels. The supplied metadata records Homebrew, Debian, and Ubuntu packages, while the official repository includes an XML descriptor for integration into local Galaxy installations.

使われ方

Sickle offers `se` and `pe` modes for single-end and paired-end reads. Users specify FASTQ inputs, quality encoding, output files, and optional quality or length thresholds; paired-end mode can preserve pairs, emit orphaned reads separately, or produce interleaved output.

パッケージ好きにとっての重要性

Sickle captures an earlier generation of compact, native bioinformatics command-line tools: a focused C executable, compressed-FASTQ support through zlib, explicit quality-encoding selection, and straightforward composition in sequencing pipelines. Its Galaxy descriptor also bridges shell-oriented and workflow-platform packaging.

タイムライン

  • 2011: Upstream's requested citation dates Sickle and version 1.33 to this year.
  • Subsequent packaging: Sickle became available through Homebrew, Debian, and Ubuntu.

Related projects

  • Galaxy can expose Sickle through the XML tool descriptor shipped in the repository.
  • kseq.h, bundled with the source, provides sequence parsing.
  • zlib provides compressed-input support.

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスク グリーン · 信頼度 低 · appliance

理由

  • narrow executable package without higher-risk signals

信号

  • metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

  • formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
  • Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド種類公開範囲メモ
sicklecliグローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-09-19
マネージャ版1.33
マネージャ更新日2026-09-13
ローカルデータOK
上流最新
検出された最新v1.33

https://github.com/najoshi/sickle

  • OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキーbrew:sickle
バージョン1.33
パッケージマネージャHomebrew
パッケージマネージャページhttps://formulae.brew.sh/formula/sickle
ホームページhttps://github.com/najoshi/sickle
リポジトリhttps://github.com/najoshi/sickle
ライセンスMIT
ソースアーカイブhttps://github.com/najoshi/sickle/archive/refs/tags/v1.33.tar.gz
最終更新2026-09-13T09:05:23Z
Pulseupdated
Bottle利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install未定義
サービス宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source DatabaseHomebrew formula API
Taphomebrew/core
Full Namesickle
Version Scheme0
Revision0
Bottle Stable Root URLhttps://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecatedno
Disabledno
Keg Onlyno
URL Keys
  • stable

ソースデータベース一致

他のパッケージマネージャ記録

一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。

Debian apt95%

sickle 1.33+git20150314.f3d6ae3-2

windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality

https://github.com/najoshi/sickle

sudo apt install sickle
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 2 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Sickle
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: sickle from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Ubuntu apt95%

sickle 1.33+git20150314.f3d6ae3-2

windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality

https://github.com/najoshi/sickle

sudo apt install sickle
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 2 依存関係
  • normalized package name match
  • 一致条件: Sickle
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: sickle from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

同じワークフロー

  • trim-galoreShares pkgdb curated category or tags: bioinformatics, cli, fastq, ngs, science.
  • fastqcShares pkgdb curated category or tags: bioinformatics, cli, fastq, science, sequencing.
  • bbtoolsShares pkgdb curated category or tags: bioinformatics, cli, ngs, science, sequencing.
  • fastpShares pkgdb curated category or tags: bioinformatics, cli, fastq, science, sequencing.
  • fgbioShares pkgdb curated category or tags: bioinformatics, cli, ngs, science, sequencing.
  • adapterremovalShares pkgdb curated category or tags: bioinformatics, cli, fastq, science, sequencing.

エージェント安全ガイド

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

使用ソース

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • package relationship graph
  • package version freshness
  • package-page enrichment
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation