インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%

brew install ropebwt3

local Homebrew formula metadata

概要

パッケージ概要

BWT construction and search

プロジェクトリンク

コマンドとエイリアス

ropebwt3

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

ropebwt3 constructs run-length-encoded Burrows-Wheeler Transform/FM-index data structures for large DNA sequence sets and searches them for exact matches, local alignments, and haplotype diversity.

プロジェクトの歴史

Heng Li developed ropebwt3 as a successor in the ropeBWT line for construction and searching of FM-indexes over large, highly redundant DNA collections.

A 2024 Bioinformatics paper described BWT construction and search at terabase scale. Subsequent 3.x releases expanded search and alignment behavior.

採用の歴史

ropebwt3 is distributed through Homebrew. The project also supplies downloadable prebuilt indexes for bacterial and human pangenomic data, supporting practical use beyond source builds.

使われ方

Typical workflows build an FMR or FMD index from FASTA/FASTQ data, generate a sampled suffix array, and use `mem`, `sw`, or `hapdiv` for sequence search and alignment.

It is optimized for redundant collections such as pangenomes and high-coverage reads rather than routine high-throughput read alignment.

パッケージ好きにとっての重要性

The package brings terabase-scale pangenome indexing to a conventional command-line installation workflow. Its distinction between dynamic FMR files for construction and compact, memory-mappable FMD files for search is particularly relevant to performance-conscious bioinformatics users.

タイムライン

2024: The ropebwt3 terabase-scale methods paper appeared in Bioinformatics.
2025: Version 3.10 added multi-position output to the `sw` command and updated suffix-array construction code.

Related projects

ropebwt2 is the earlier incremental FM-index construction project.
The software incorporates a revised BWA-SW approach for local alignment and interoperates with tools such as seqtk when preparing index metadata.

ソース

https://github.com/lh3/ropebwt3#readme
https://github.com/lh3/ropebwt3/releases
source_facts.package-manager

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスクグリーン · 信頼度低 · appliance

理由

narrow executable package without higher-risk signals

信号

metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
1 件の実行時依存関係とともにインストールされます。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド	種類	公開範囲	メモ
`ropebwt3`	cli	グローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-09-19

マネージャ版3.10

マネージャ更新日2026-09-12

ローカルデータOK

上流最新

検出された最新v3.10

https://github.com/lh3/ropebwt3

OK鮮度警告は生成されていません。

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキー	brew:ropebwt3
バージョン	3.10
パッケージマネージャ	Homebrew
パッケージマネージャページ	https://formulae.brew.sh/formula/ropebwt3
ホームページ	https://github.com/lh3/ropebwt3
リポジトリ	https://github.com/lh3/ropebwt3
ライセンス	MIT AND Apache-2.0
ソースアーカイブ	https://github.com/lh3/ropebwt3/archive/refs/tags/v3.10.tar.gz
最終更新	2026-09-12T11:02:20Z
Pulse	updated
依存関係	libomp
Bottle	利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install	未定義
サービス	宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	ropebwt3
Version Scheme	0
Revision	0
Head Version	HEAD
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	head stable

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/ropebwt3.yml

使用ソース

Geiger risk classifier
cross-ecosystem install command graph
curated package history
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment
pkg.so package database
pkgdb category and tag curation

ropebwt3 を Homebrew でインストール