インストール

追加のインストールコマンド

macOS

Homebrew確認済み · 100%

brew install miniprot

local Homebrew formula metadata

概要

パッケージ概要

Align proteins to genomes with splicing and frameshift

プロジェクトリンク

コマンドとエイリアス

miniprot

履歴

プロジェクトの歴史と使われ方

miniprot is Heng Li's protein-to-genome aligner for genome annotation. The preprint appeared in 2022 and the Bioinformatics paper was published in 2023, describing miniprot as a new aligner for mapping protein sequences to complete genomes with k-mer sketching and vectorized dynamic programming.

プロジェクトの歴史

The program fills a bioinformatics gap between older tools such as GeneWise and Exonerate and the scale of modern genome projects. Its README says it aligns protein sequences against genomes with affine gap penalties, splicing, and frameshifts, primarily to annotate protein-coding genes in a new species using known genes from other species. It can build a genome index, output protein PAF, emit GFF3 with embedded PAF, and optionally use splice scores from minisplice.

使われ方

Adoption is source-backed through bioinformatics workflows rather than general-purpose package popularity. BUSCO's user guide lists miniprot among third-party tools to cite, and the GALBA genome-annotation pipeline paper describes genome annotation with miniprot and AUGUSTUS. Homebrew packages it as a single `miniprot` executable for the scientific-command-line niche, alongside Bioconda-style distribution and upstream source builds.

ソース

セキュリティ状態

リスクレベル: グリーン

narrow executable package without higher-risk signals.

リスク分類器

リスクグリーン · 信頼度低 · appliance

理由

narrow executable package without higher-risk signals

信号

metadata:no-higher-risk-signals

インストール挙動

formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。

推奨レビュー

エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。

実行可能ファイル

インストールされる実行可能ファイル

コマンド	種類	公開範囲	メモ
`miniprot`	cli	グローバル実行可能ファイル

鮮度

バージョンと鮮度

これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。

ページ生成日2026-08-04

マネージャ版0.18

マネージャ更新日

ローカルデータOK

上流最新

検出された最新v0.18

https://github.com/lh3/miniprot

情報No package-manager update timestamp was available.信頼度低

インストールメタデータ

パッケージメタデータ

パッケージキー	brew:miniprot
バージョン	0.18
パッケージマネージャ	Homebrew
パッケージマネージャページ	https://formulae.brew.sh/formula/miniprot
ホームページ	https://lh3.github.io/miniprot/
リポジトリ	https://github.com/lh3/miniprot
上流ドキュメント	https://lh3.github.io/miniprot/
ライセンス	MIT
ソースアーカイブ	https://github.com/lh3/miniprot/archive/refs/tags/v0.18.tar.gz
Bottle	利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
Homebrew post-install	未定義
サービス	宣言なし

レジストリ情報

ソースデータベース詳細

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	miniprot
Version Scheme	0
Revision	0
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	stable

パッケージグラフ

リンクは、ローカルのパッケージ関係グラフ、補足データ、依存関係、エコシステム一致、パッケージハブ所属から来ています。

ソース経路

リポジトリデータから生成

このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/miniprot.yml

使用ソース

Geiger risk classifier
cross-ecosystem install command graph
curated package history
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment
pkg.so package database
pkgdb category and tag curation

miniprot を Homebrew でインストール