macOS
Homebrew確認済み · 100%
brew install fastanilocal Homebrew formula metadata
brew / 順位 11304
fastani を Homebrew, apt でインストール
fastani のインストール経路、実行ファイル、メタデータ、AI エージェント向けセキュリティノートを確認します。
インストール
追加のインストールコマンド
Linux
Debian apt確認済み · 92%
sudo apt install fastaniDebian stable package indexes · fastani · ソース: deb.debian.org
概要
パッケージ概要
Fast whole-genome similarity (ANI) estimation
プロジェクトリンク
コマンドとエイリアス
- fastANI
履歴
プロジェクトの歴史と使われ方
FastANI is a command-line bioinformatics tool for rapidly estimating average nucleotide identity between complete or draft microbial genomes. It replaces expensive all-against-all alignments with approximate sequence mapping, making ANI practical for large genome collections.
プロジェクトの歴史
The official FastANI repository was created in 2017. FastANI uses Mashmap as a MinHash-based sequence mapping engine and follows the broad workflow of earlier ANI methods while avoiding their expensive sequence-alignment step.
The associated 2018 Nature Communications paper introduced FastANI as a scalable ANI method and used it to analyze more than 90,000 prokaryotic genomes. The study reported accuracy comparable to alignment-based ANI methods in the intended similarity range with speedups of two to three orders of magnitude.
採用の歴史
FastANI became a practical command-line component in microbial genomics because it accepts both complete and draft assemblies and supports one-to-one, one-to-many, and many-to-many comparisons. The supplied package metadata shows distribution through Homebrew, Debian, and Ubuntu, complementing upstream source builds and release binaries.
使われ方
Users provide a query genome and reference genome, or text files listing multiple query and reference assemblies. FastANI writes tab-delimited ANI results and can optionally generate a lower-triangular PHYLIP-style matrix.
The official README recommends checking assembly quality and notes that pairs far below roughly 80 percent ANI are outside FastANI's useful nucleotide-level range. It also documents multi-threading and a small query/reference asymmetry in pairwise estimates.
パッケージ好きにとっての重要性
FastANI matters to package users because it turns a computationally expensive comparative-genomics method into a scriptable executable suitable for large batches. Its small CLI surface, release binaries, and Linux and macOS package availability make it easy to place inside reproducible genome-classification pipelines.
タイムライン
- 2017: The official FastANI GitHub repository was created.
- 2018: The FastANI method and analysis of more than 90,000 prokaryotic genomes were published in Nature Communications.
- 2023: FastANI v1.34 was published through the official GitHub releases feed.
Related projects
- Mashmap is the approximate mapping engine used by FastANI.
- Mash is another MinHash-based genome-distance tool discussed in the FastANI paper, while BLAST-based ANI solvers are the slower alignment-based comparison point.
ソース
セキュリティ状態
保護ツール対応はまだ見つかっていません
fastani に一致するローカルシークレット処理マニフェストは見つかりませんでした。将来の対応で安定したパッケージ URL を使えるよう、パッケージメタデータはここに公開されています。
インストール挙動
- formula メタデータに Homebrew post-install フックは記録されていません。
- Homebrew bottle メタデータは 6 個のプラットフォームターゲットで利用できます。
- 2 件の実行時依存関係とともにインストールされます。
- ビルドメタデータには 1 件のビルド依存関係があります。
推奨レビュー
エージェントに無人実行させる前に、このツールが平文の認証情報を読むか、リモート状態を書き込むか、成果物を公開するか、プラグインを起動するかを確認してください。
実行可能ファイル
インストールされる実行可能ファイル
| コマンド | 種類 | 公開範囲 | メモ |
|---|---|---|---|
fastANI | cli | グローバル実行可能ファイル |
鮮度
バージョンと鮮度
これらの信号は、ページ生成時期、パッケージマネージャの活動、上流リリース比較を分けて示します。バージョン遅れは、証拠 URL と比較可能なバージョンがある場合だけ警告されます。
ページ生成日2026-08-04
マネージャ版1.34
マネージャ更新日2026-07-25
ローカルデータOK
上流最新
検出された最新v1.34
https://github.com/ParBLiSS/FastANI
- OK鮮度警告は生成されていません。
インストールメタデータ
パッケージメタデータ
| パッケージキー | brew:fastani |
|---|---|
| バージョン | 1.34 |
| パッケージマネージャ | Homebrew |
| パッケージマネージャページ | https://formulae.brew.sh/formula/fastani |
| ホームページ | https://github.com/ParBLiSS/FastANI |
| リポジトリ | https://github.com/ParBLiSS/FastANI |
| ライセンス | Apache-2.0 |
| ソースアーカイブ | https://github.com/ParBLiSS/FastANI/archive/refs/tags/v1.34.tar.gz |
| 最終更新 | 2026-07-25T01:07:37Z |
| Pulse | updated |
| 依存関係 | gsl, libomp |
| ビルド依存関係 | cmake |
| Bottle | 利用可能 (対象 arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| Homebrew post-install | 未定義 |
| サービス | 宣言なし |
レジストリ情報
ソースデータベース詳細
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | fastani |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Head Version | HEAD |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
ソースデータベース一致
他のパッケージマネージャ記録
一致は外部パッケージマネージャインデックスから取得され、ローカルの Automic Vault パッケージリンクとは分けて表示されます。
Debian apt95%
fastani 1.33-3+b1
Fast alignment-free computation of whole-genome Average Nucleotide Identity
https://github.com/ParBLiSS/FastANI
sudo apt install fastani- Section: science
- Architecture: amd64
- Source Package: fastani
- 6 依存関係
- 1 任意依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Fastani
Ubuntu apt95%
fastani 1.33-3
Fast alignment-free computation of whole-genome Average Nucleotide Identity
https://github.com/ParBLiSS/FastANI
sudo apt install fastani- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 6 依存関係
- 1 任意依存関係
- normalized package name match
- 一致条件: Fastani
ソース経路
リポジトリデータから生成
このページは scripts/generate-pkg-sqlite.py が生成した非公開のパッケージ SQLite アーティファクトから av-web によって提供されます。
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
使用ソース
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment
- pkg.so package database