macOS
Homebrewvérifié · 100%
brew install sratoolkitlocal Homebrew formula metadata
brew / rang 3304
Installer sratoolkit avec Homebrew, Nix
Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de sratoolkit pour les workflows d'agents IA.
installation
Commandes d'installation supplémentaires
Linux
Nixvérifié · 92%
nix profile install nixpkgs#sratoolkitnixpkgs package indexes · pkgs/by-name/sr/sratoolkit/package.nix · Source: api.github.com
aperçu
Résumé du paquet
Data tools for INSDC Sequence Read Archive
Liens du projet
Commandes et alias
- abi-dump
- abi-dump.3
- abi-dump.3.4.1
- align-info
- align-info.3
- align-info.3.4.1
- check-corrupt
- check-corrupt.3
- check-corrupt.3.4.1
- fasterq-dump
- fasterq-dump-orig.3.4.1
- fasterq-dump.3
- fasterq-dump.3.4.1
- fastq-dump
- fastq-dump-orig.3.4.1
- fastq-dump.3
- fastq-dump.3.4.1
- illumina-dump
- illumina-dump.3
- illumina-dump.3.4.1
- kdbmeta
- kdbmeta.3
- kdbmeta.3.4.1
- ngs-pileup
- ngs-pileup.3
- ngs-pileup.3.4.1
- prefetch
- prefetch-orig.3.4.1
- prefetch.3
- prefetch.3.4.1
- rcexplain
- rcexplain.3
historique
Historique du projet et usages
SRA Toolkit is NCBI's command-line toolkit for working with data in the INSDC Sequence Read Archive. It is one of the standard bioinformatics packages that turns accession identifiers into local data files and converts SRA containers into FASTQ, FASTA, SAM, and related analysis formats.
Historique du projet
The project is maintained in NCBI's `sra-tools` repository and organized around many small CLI tools, including `prefetch`, `fasterq-dump`, `fastq-dump`, `sam-dump`, `vdb-config`, `vdb-validate`, and related VDB utilities. Its release notes show long-running 2.x and 3.x maintenance, with changes covering download behavior, cloud access, build systems, and format conversion.
SRA Toolkit 3.0.1 reorganized the source tree so the end-user toolkit, internal tools, archive loaders, and test tools were separated into different tool categories. That change made explicit the distinction between the tools ordinary package users install and the broader internal machinery around NCBI's archive workflows.
Historique d'adoption
The package metadata in this batch shows SRA Toolkit packaged by Homebrew and Nix, while NCBI's own wiki documents Linux, macOS, Windows, Docker, and cloud workflows. In practice, package managers carry it because reproducible sequencing workflows often need the same accession-download and FASTQ-conversion commands on laptops, workstations, clusters, and containers.
Modes d'utilisation
Common usage centers on `prefetch` to download an accession and `fasterq-dump` to extract FASTQ or FASTA output. The official wiki recommends the `prefetch` plus `fasterq-dump` workflow, documents resumable downloads, validation with `vdb-validate`, local cache configuration with `vdb-config`, and scratch-space considerations for large conversions.
Configuration is a real part of SRA Toolkit usage. NCBI documents `vdb-config -i`, the user repository, remote-access settings, cloud identity reporting, and the `${HOME}/.ncbi/user-settings.mkfg` settings file used by containerized runs.
Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent
SRA Toolkit is package-nerd significant because it is a large scientific CLI suite with many executables, nontrivial runtime configuration, network access, cache behavior, and cloud credential paths. Packaging it well affects reproducible bioinformatics pipelines, HPC modules, container images, and users who expect `prefetch` and `fasterq-dump` to behave consistently across platforms.
Chronologie
- 2021: Official wiki documented toolkit configuration with `vdb-config` and cache/user-repository settings.
- 2022: SRA Toolkit 3.0.1 removed the requirement for interactive configuration and reorganized repository tool categories.
- 2023: SRA Toolkit 3.0.5 added PacBio support and reference-sequence output features to `fasterq-dump`.
- 2024: SRA Toolkit 3.1.0 added SRA Lite-related `prefetch` behavior and AlmaLinux support.
- 2025: SRA Toolkit 3.2.x release notes continued maintenance of `prefetch`, `fasterq-dump`, and build behavior.
Related projects
- SRA Toolkit is tied to NCBI SRA, INSDC sequence archives, NCBI VDB, dbGaP controlled-access workflows, and cloud storage access patterns documented by NCBI.
Sources
posture de sécurité
Niveau de risque : blue
broad file, network, media, or database tool signal.
Classificateur de risque
risque blue · confiance moyen · tool
Pourquoi
- broad file, network, media, or database tool signal
Signaux
- text:archive,encrypt,decrypt
Comportement d'installation
- Aucune métadonnée de bottle Homebrew n’a été enregistrée.
Revue recommandée
Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.
local files
Configuration and credential file locations
These source-backed paths show where this package keeps local settings or durable credentials. Automic Vault can use them as review targets for secret scanning, migration, and command approval.
Configuration files
Config paths the tool may read or write during local use.
- Unix
${HOME}/.ncbi/user-settings.mkfg
exécutables
Exécutables installés
| Commande | Type | Exposition | Note |
|---|---|---|---|
abi-dump | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
abi-dump.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
abi-dump.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
align-info | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
align-info.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
align-info.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
check-corrupt | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
check-corrupt.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
check-corrupt.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
fasterq-dump | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
fasterq-dump-orig.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
fasterq-dump.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
fasterq-dump.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
fastq-dump | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
fastq-dump-orig.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
fastq-dump.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
fastq-dump.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
illumina-dump | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
illumina-dump.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
illumina-dump.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
kdbmeta | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
kdbmeta.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
kdbmeta.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
ngs-pileup | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
ngs-pileup.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
ngs-pileup.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
prefetch | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
prefetch-orig.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
prefetch.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
prefetch.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
rcexplain | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
rcexplain.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
rcexplain.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
ref-variation | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
ref-variation.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
ref-variation.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sam-dump | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sam-dump-orig.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sam-dump.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sam-dump.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sff-dump | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sff-dump.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sff-dump.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sra-info | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sra-info.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sra-info.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sra-pileup | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sra-pileup-orig.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sra-pileup.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sra-pileup.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sra-search | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sra-search.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sra-search.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sra-stat | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sra-stat.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sra-stat.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
srapath | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
srapath-orig.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
srapath.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
srapath.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sratools | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sratools.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
sratools.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
test-sra | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
test-sra.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
test-sra.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
var-expand | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
var-expand.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
var-expand.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
vdb-config | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
vdb-config.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
vdb-config.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
vdb-decrypt | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
vdb-decrypt.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
vdb-decrypt.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
vdb-dump | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
vdb-dump-orig.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
vdb-dump.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
vdb-dump.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
vdb-encrypt | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
vdb-encrypt.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
vdb-encrypt.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
vdb-validate | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
vdb-validate.3 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
vdb-validate.3.4.1 | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
fraîcheur
Version et fraîcheur
Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.
page générée2026-08-03
version du gestionnaire3.4.1
gestionnaire mis à jour
données localesinconnu
amontnon disponible
dernière version détectéenon détecté
- OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.
métadonnées d'installation
Métadonnées du paquet
| Clé du paquet | brew:sratoolkit |
|---|---|
| Version | 3.4.1 |
| Gestionnaire de paquets | Homebrew |
| Page d'accueil | https://github.com/ncbi/sra-tools |
| Dépôt | https://github.com/ncbi/sra-tools |
| Bouteille | non enregistré |
| Service | aucun déclaré |
correspondances dans les bases sources
Autres enregistrements de gestionnaires de paquets
Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.
Nix95%
sratoolkit
nix profile install nixpkgs#sratoolkit- normalized package name match
- Correspondance par : Sratoolkit
piste source
Généré depuis les données du dépôt
Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Sources utilisées
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated configuration and credential file locations
- curated package history
- external package-manager database matches
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation