pkg.soopen package index

brew / rang 13058

Installer spoa avec Homebrew, apt

Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de spoa pour les workflows d'agents IA.

Commande d'installationNotes de sécurité

installation

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Homebrewvérifié · 100%
brew install spoa

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptvérifié · 92%
sudo apt install spoa

Debian stable package indexes · spoa · Source: deb.debian.org

aperçu

Résumé du paquet

SIMD partial order alignment tool/library

Commandes et alias

  • spoa

historique

Historique du projet et usages

Spoa is a C++ SIMD implementation of partial order alignment, packaged as both a command-line tool and library for generating consensus sequences from biological sequence reads.

Historique du projet

The official README defines Spoa as `SIMD POA`, an implementation of the partial order alignment algorithm used to generate consensus sequences. It supports local, global, and semi-global alignment modes, linear, affine, and convex gap modes, and SIMD acceleration through SSE4.1+, AVX2, SIMDe, and dispatching.

Spoa is tied to the long-read sequencing era: the README points to the original POA and consensus-sequence literature, while the project is also marked as published in Genome Research. In package form, it gives bioinformatics pipelines a small native executable and a linkable library rather than a large workflow framework.

Historique d'adoption

The supplied package-manager data lists Spoa in Homebrew and as `libspoa-dev` in Debian and Ubuntu. That packaging split reflects its dual role: command for direct FASTA/FASTQ processing and development library for other genomics tools.

Modes d'utilisation

The `spoa` command reads FASTA or FASTQ sequences, including gzip-compressed input, and writes consensus or multiple-sequence-alignment FASTA output. Options select scoring, gap penalties, alignment mode, and result mode.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

Spoa matters to package maintainers because it is a compact, performance-sensitive C++ bioinformatics dependency. Its optional SIMD/SIMDe paths and library install targets are exactly the kind of details that determine whether a formula or distro package is useful beyond a single architecture.

Chronologie

  • 2002: Partial order alignment is published in Bioinformatics, the algorithmic foundation cited by the Spoa README.
  • 2003: Consensus sequence generation with partial order graphs is published, also cited by the Spoa README.
  • 2017: Spoa is associated with a Genome Research publication badge in the official repository.
  • Ongoing: The README documents CMake and Meson builds plus SIMD and portability options.

Related projects

  • The original POA algorithm and consensus-sequence papers are cited by the official Spoa README.
  • SIMDe is listed as a portability option for SIMD support.
  • bioparser and biosoup are listed as dependencies for the executable and tests.

posture de sécurité

Niveau de risque : vert

library-like package without higher-risk signals.

Classificateur de risque

risque vert · confiance faible · appliance

Pourquoi

  • library-like package without higher-risk signals

Signaux

  • metadata:library-like

Comportement d'installation

  • Aucune métadonnée de bottle Homebrew n’a été enregistrée.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

CommandeTypeExpositionNote
spoaexécutableexécutable indexéDécouvert depuis l'index local des exécutables.

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-08-03
version du gestionnaire4.1.5
gestionnaire mis à jour2026-06-21
données localesinconnu
amontnon disponible
dernière version détectéenon détecté
  • OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquetbrew:spoa
Version4.1.5
Gestionnaire de paquetsHomebrew
Page d'accueilhttps://github.com/rvaser/spoa
Dépôthttps://github.com/rvaser/spoa
Dernière mise à jour2026-06-21T00:20:16Z
Pulseupdated
Bouteillenon enregistré
Serviceaucun déclaré

correspondances dans les bases sources

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.

Debian apt95%

libspoa-dev 4.1.4-2+b1

SIMD partial order alignment library (development files)

https://github.com/rvaser/spoa

sudo apt install libspoa-dev
  • Section: libdevel
  • Architecture: amd64
  • Source Package: spoa
  • 2 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Spoa
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: libspoa-dev from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt95%

libspoa7.0.0 4.1.4-2+b1

SIMD partial order alignment library

https://github.com/rvaser/spoa

sudo apt install libspoa7.0.0
  • Section: libs
  • Architecture: amd64
  • Source Package: spoa
  • 3 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Spoa
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: libspoa7.0.0 from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt95%

spoa 4.1.4-2+b1

SIMD partial order alignment tool

https://github.com/rvaser/spoa

sudo apt install spoa
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • Source Package: spoa
  • 5 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Spoa
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: spoa from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Ubuntu apt95%

libspoa-dev 4.0.8-1

SIMD partial order alignment library (development files)

https://github.com/rvaser/spoa

sudo apt install libspoa-dev
  • Section: universe/libdevel
  • Architecture: amd64
  • Source Package: spoa
  • 2 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Spoa
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: libspoa-dev from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Ubuntu apt95%

libspoa7.0.0 4.0.8-1

SIMD partial order alignment library

https://github.com/rvaser/spoa

sudo apt install libspoa7.0.0
  • Section: universe/libs
  • Architecture: amd64
  • Source Package: spoa
  • 3 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Spoa
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: libspoa7.0.0 from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Ubuntu apt95%

spoa 4.0.8-1

SIMD partial order alignment tool

https://github.com/rvaser/spoa

sudo apt install spoa
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 5 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Spoa
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: spoa from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Sources utilisées

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation