pkg.soopen package index

brew / rang 2930

Installer snakemake avec Homebrew, apt, Nix

Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de snakemake pour les workflows d'agents IA.

Commande d'installationNotes de sécurité

installation

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Homebrewvérifié · 100%
brew install snakemake

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptvérifié · 92%
sudo apt install snakemake

Debian stable package indexes · snakemake · Source: deb.debian.org

Nixvérifié · 92%
nix profile install nixpkgs#snakemake

nixpkgs package indexes · pkgs/by-name/sn/snakemake/package.nix · Source: api.github.com

aperçu

Résumé du paquet

Pythonic workflow system

Commandes et alias

  • snakemake

historique

Historique du projet et usages

Snakemake is a Python-based workflow management system for reproducible and scalable data analyses, especially common in bioinformatics and scientific computing.

Historique du projet

The official citation page identifies the initial Snakemake publication as a 2012 Bioinformatics article, followed by a 2021 rolling paper for ongoing feature updates. The official GitHub README describes Snakemake workflows as human-readable, Python-based definitions that scale from local machines to server, cluster, grid, and cloud environments.

Historique d'adoption

The official README reports that Snakemake was receiving more than seven new citations per week in 2021 and had almost 400k downloads at that time. The supplied metadata shows distribution through Homebrew, Debian, Ubuntu, Fedora/DNF, and Nix.

Modes d'utilisation

Users describe workflows in Snakefiles, define rules, inputs, outputs, and software environments, and run snakemake to build requested targets. The official deployment docs recommend a repository layout with workflow code under workflow/ and configuration under config/, including config/config.yaml examples.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

Snakemake is significant for package maintainers because it bridges language-level workflow definitions, reproducible software deployment, Conda/container integration, and distribution through multiple OS package managers.

Chronologie

  • 2012: Initial Snakemake paper published in Bioinformatics.
  • 2019: Current official GitHub repository created.
  • 2021: Sustainable data analysis with Snakemake rolling paper published.
  • 2024: Snakemake 8 release line decomposes functionality into plugins.
  • 2026: Stable documentation tracks Snakemake 9.x.

Related projects

  • Snakemake workflow catalog
  • Snakemake wrappers
  • Snakemake executor plugins
  • Conda
  • Apptainer

posture de sécurité

Aucune couverture d'outil protégé trouvée pour le moment

Aucun manifest local de gestion des secrets correspondant n'a été trouvé pour snakemake. Les métadonnées de paquet Nucleus restent publiées ici afin que la couverture future dispose d'une URL stable.

Comportement d'installation

  • Aucune métadonnée de bottle Homebrew n’a été enregistrée.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

local files

Configuration and credential file locations

These source-backed paths show where this package keeps local settings or durable credentials. Automic Vault can use them as review targets for secret scanning, migration, and command approval.

Configuration files

Config paths the tool may read or write during local use.

Unix
config/config.yaml

exécutables

Exécutables installés

CommandeTypeExpositionNote
snakemakeexécutableexécutable indexéDécouvert depuis l'index local des exécutables.

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-08-03
version du gestionnaire9.24.0
gestionnaire mis à jour2026-07-31
données localesinconnu
amontnon disponible
dernière version détectéenon détecté
  • OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquetbrew:snakemake
Version9.24.0
Gestionnaire de paquetsHomebrew
Page d'accueilhttps://snakemake.readthedocs.io/
Dépôthttps://github.com/snakemake/snakemake
Dernière mise à jour2026-07-31T14:26:29Z
Pulseupdated
Bouteillenon enregistré
Serviceaucun déclaré

correspondances dans les bases sources

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.

Debian apt95%

snakemake 7.32.4-7

pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake
  • Section: science
  • Architecture: all
  • 28 Dépendances
  • 17 dépendances optionnelles
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Snakemake
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: snakemake from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt95%

snakemake-doc 7.32.4-7

documentation for pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake-doc
  • Section: doc
  • Architecture: all
  • Source Package: snakemake
  • 4 Dépendances
  • 1 dépendances optionnelles
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Snakemake
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: snakemake-doc from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Nix95%

snakemake

nix profile install nixpkgs#snakemake
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Snakemake
nixpkgs package indexes · api.github.com · nixpkgs package indexes: pkgs/by-name/sn/snakemake/package.nix from https://api.github.com/repos/NixOS/nixpkgs/git/trees/master?recursive=1
Ubuntu apt95%

snakemake 7.32.4-2

pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake
  • Section: universe/science
  • Architecture: all
  • 29 Dépendances
  • 17 dépendances optionnelles
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Snakemake
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: snakemake from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Ubuntu apt95%

snakemake-doc 7.32.4-2

documentation for pythonic workflow management system

https://snakemake.readthedocs.io/

sudo apt install snakemake-doc
  • Section: universe/doc
  • Architecture: all
  • Source Package: snakemake
  • 4 Dépendances
  • 1 dépendances optionnelles
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Snakemake
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: snakemake-doc from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Sources utilisées

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated configuration and credential file locations
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation