pkg.soopen package index

brew / rang 7309

Installer mummer avec Homebrew, apt

Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de mummer pour les workflows d'agents IA.

Commande d'installationNotes de sécurité

installation

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Homebrewvérifié · 100%
brew install mummer

local Homebrew formula metadata

Linux

Debian aptvérifié · 92%
sudo apt install mummer

Debian stable package indexes · mummer · Source: deb.debian.org

aperçu

Résumé du paquet

Genome alignment tool

Commandes et alias

  • combineMUMs
  • delta-filter
  • dnadiff
  • exact-tandems
  • mummer
  • mummerplot
  • nucmer
  • promer
  • repeat-match
  • show-aligns
  • show-coords
  • show-diff
  • show-snps
  • show-tiling

historique

Historique du projet et usages

MUMmer is a bioinformatics sequence-alignment package built around maximal unique matches and suffix-based data structures. The first MUMmer paper, "Alignment of whole genomes," by Arthur L. Delcher, Simon Kasif, Robert D. Fleischmann, Jeremy Peterson, Owen White, and Steven L. Salzberg, described a system for rapidly aligning genome-length DNA sequences with suffix trees, demonstrated on bacterial strains, Mycoplasma genomes, and syntenic human/mouse sequences. The name refers to MUMs, or maximal unique matches, used as anchors for large-scale alignments.

Historique du projet

The package's major releases track the growth of genome data. MUMmer 2.1 added NUCmer and PROmer and was described by Delcher, Adam Phillippy, Jane Carlton, and Salzberg as faster and more memory-efficient for large-scale genome alignment and comparison. MUMmer 3.0, described by Stefan Kurtz, Phillippy, Delcher, and collaborators in Genome Biology, made the software open source and better suited to comparing large genomes. MUMmer4, developed by Guillaume Marcais and Aleksey Zimin with the broader MUMmer team, reworked the core from MUMmer3's 32-bit suffix tree constraints toward a 48-bit suffix-array approach and added parallel query processing; the PLOS Computational Biology paper describes MUMmer and nucmer as among the widely used alignment packages in genomics.

Modes d'utilisation

In practice, researchers use the suite's commands for whole-genome alignment, draft assembly comparison, contig-to-contig alignment, variant and SNP inspection, dot plots, and translated protein-level comparisons. The package-manager niche is scientific command-line software: Homebrew and Debian/Ubuntu packages expose tools such as `mummer`, `nucmer`, `promer`, `dnadiff`, `delta-filter`, `show-coords`, `show-snps`, and `mummerplot`, making a research-grade genome comparison toolkit installable like ordinary Unix utilities.

posture de sécurité

Niveau de risque : vert

narrow executable package without higher-risk signals.

Classificateur de risque

risque vert · confiance faible · appliance

Pourquoi

  • narrow executable package without higher-risk signals

Signaux

  • metadata:no-higher-risk-signals

Comportement d'installation

  • Aucune métadonnée de bottle Homebrew n’a été enregistrée.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

CommandeTypeExpositionNote
combineMUMsexécutableexécutable indexéDécouvert depuis l'index local des exécutables.
delta-filterexécutableexécutable indexéDécouvert depuis l'index local des exécutables.
dnadiffexécutableexécutable indexéDécouvert depuis l'index local des exécutables.
exact-tandemsexécutableexécutable indexéDécouvert depuis l'index local des exécutables.
mummerexécutableexécutable indexéDécouvert depuis l'index local des exécutables.
mummerplotexécutableexécutable indexéDécouvert depuis l'index local des exécutables.
nucmerexécutableexécutable indexéDécouvert depuis l'index local des exécutables.
promerexécutableexécutable indexéDécouvert depuis l'index local des exécutables.
repeat-matchexécutableexécutable indexéDécouvert depuis l'index local des exécutables.
show-alignsexécutableexécutable indexéDécouvert depuis l'index local des exécutables.
show-coordsexécutableexécutable indexéDécouvert depuis l'index local des exécutables.
show-diffexécutableexécutable indexéDécouvert depuis l'index local des exécutables.
show-snpsexécutableexécutable indexéDécouvert depuis l'index local des exécutables.
show-tilingexécutableexécutable indexéDécouvert depuis l'index local des exécutables.

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-08-03
version du gestionnaire4.0.1
gestionnaire mis à jour
données localesinconnu
amontnon disponible
dernière version détectéenon détecté
  • OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquetbrew:mummer
Version4.0.1
Gestionnaire de paquetsHomebrew
Page d'accueilhttps://github.com/mummer4/mummer
Dépôthttps://github.com/mummer4/mummer
Bouteillenon enregistré
Serviceaucun déclaré

correspondances dans les bases sources

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.

Debian apt95%

mummer 3.23+dfsg-8

Efficient sequence alignment of full genomes

https://mummer.sourceforge.net/

sudo apt install mummer
  • Section: science
  • Architecture: amd64
  • 5 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Mummer
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: mummer from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Debian apt95%

mummer-doc 3.23+dfsg-8

Documentation for MUMmer

https://mummer.sourceforge.net/

sudo apt install mummer-doc
  • Section: doc
  • Architecture: all
  • Source Package: mummer
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Mummer
Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: mummer-doc from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz
Ubuntu apt95%

mummer 3.23+dfsg-8

Efficient sequence alignment of full genomes

https://mummer.sourceforge.net/

sudo apt install mummer
  • Section: universe/science
  • Architecture: amd64
  • 5 Dépendances
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Mummer
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: mummer from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz
Ubuntu apt95%

mummer-doc 3.23+dfsg-8

Documentation for MUMmer

https://mummer.sourceforge.net/

sudo apt install mummer-doc
  • Section: universe/doc
  • Architecture: all
  • Source Package: mummer
  • normalized package name match
  • Correspondance par : Mummer
Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: mummer-doc from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Sources utilisées

  • Geiger risk classifier
  • cross-ecosystem install command graph
  • curated package history
  • external package-manager database matches
  • pkg.so package database
  • pkgdb category and tag curation