macOS
Homebrewvérifié · 100%
brew install mosdepthlocal Homebrew formula metadata
brew / rang 13013
Installer mosdepth avec Homebrew, Nix, apt
Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de mosdepth pour les workflows d'agents IA.
installation
Commandes d'installation supplémentaires
Linux
Nixvérifié · 92%
nix profile install nixpkgs#mosdepthnixpkgs package indexes · pkgs/by-name/mo/mosdepth/package.nix · Source: api.github.com
Ubuntu aptvérifié · 92%
sudo apt install mosdepthUbuntu 24.04 LTS package indexes · mosdepth · Source: archive.ubuntu.com
aperçu
Résumé du paquet
Fast BAM/CRAM depth calculation for WGS, exome, or targeted sequencing
Liens du projet
Commandes et alias
- mosdepth
historique
Historique du projet et usages
mosdepth is a command-line tool for fast BAM/CRAM depth and coverage calculation across whole-genome, exome, or targeted sequencing datasets.
Historique du projet
mosdepth was introduced by Brent S. Pedersen and Aaron R. Quinlan in a Bioinformatics paper published online in October 2017 and appearing in the March 2018 issue. The paper presented it as a quick coverage calculator for genome and exome sequencing data.
The implementation is written in Nim and uses HTSlib via hts-nim. Its algorithm tracks alignment chunk starts and ends in chromosome-sized arrays rather than using a pileup engine for every read base.
Historique d'adoption
mosdepth gained adoption because sequencing coverage summaries are a routine need for variant calling QC, copy-number workflows, targeted panels, exomes, and whole genomes. The paper compared mosdepth with samtools, bedtools, and sambamba and showed faster runtime on a 30x genome benchmark.
The official README documents binary releases, Bioconda, Homebrew, and Docker usage, making it straightforward to package in bioinformatics environments and reproducible workflow containers.
Modes d'utilisation
The CLI consumes position-sorted BAM or CRAM input and can report per-base depth, region summaries from BED files, fixed windows, quantized coverage, coverage thresholds, and distributions.
Users choose mosdepth when they need fast genome-wide or region-based coverage calculation and can accept the memory profile of chromosome-sized arrays.
Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent
mosdepth is notable to package maintainers because it is a compact compiled bioinformatics binary whose value comes from speed, HTSlib integration, and predictable command-line output files rather than from daemon-style services or configuration.
It is also a representative Nim-based scientific CLI in package-manager ecosystems that otherwise contain many C/C++, Python, and Perl genomics tools.
Chronologie
- 2017: Bioinformatics article published online introducing mosdepth.
- 2018: Article appears in Bioinformatics volume 34 issue 5.
- 2025: GitHub wiki FAQ updated.
- 2026: GitHub releases list a latest release dated April 24, 2026.
Related projects
- samtools depth, BEDTools genomecov, and sambamba are related depth/coverage tools compared in the official paper and README.
- HTSlib and hts-nim are implementation dependencies named in the README and paper.
Sources
posture de sécurité
Aucune couverture d'outil protégé trouvée pour le moment
Aucun manifest local de gestion des secrets correspondant n'a été trouvé pour mosdepth. Les métadonnées de paquet Nucleus restent publiées ici afin que la couverture future dispose d'une URL stable.
Comportement d'installation
- Aucune métadonnée de bottle Homebrew n’a été enregistrée.
Revue recommandée
Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.
exécutables
Exécutables installés
| Commande | Type | Exposition | Note |
|---|---|---|---|
mosdepth | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
fraîcheur
Version et fraîcheur
Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.
page générée2026-08-03
version du gestionnaire0.3.14
gestionnaire mis à jour2026-07-13
données localesinconnu
amontnon disponible
dernière version détectéenon détecté
- OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.
métadonnées d'installation
Métadonnées du paquet
| Clé du paquet | brew:mosdepth |
|---|---|
| Version | 0.3.14 |
| Gestionnaire de paquets | Homebrew |
| Page d'accueil | https://github.com/brentp/mosdepth |
| Dépôt | https://github.com/brentp/mosdepth |
| Dernière mise à jour | 2026-07-13T04:04:09Z |
| Pulse | updated |
| Bouteille | non enregistré |
| Service | aucun déclaré |
correspondances dans les bases sources
Autres enregistrements de gestionnaires de paquets
Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.
Nix95%
mosdepth
nix profile install nixpkgs#mosdepth- normalized package name match
- Correspondance par : Mosdepth
Ubuntu apt95%
mosdepth 0.3.6+ds-1
BAM/CRAM depth calculation biological sequencing
https://github.com/brentp/mosdepth
sudo apt install mosdepth- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 2 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Mosdepth
Ubuntu apt95%
mosdepth-examples 0.3.6+ds-1
Test data for mosdepth
https://github.com/brentp/mosdepth
sudo apt install mosdepth-examples- Section: universe/science
- Architecture: all
- Source Package: mosdepth
- normalized package name match
- Correspondance par : Mosdepth
piste source
Généré depuis les données du dépôt
Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Sources utilisées
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation