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Homebrewvérifié · 100%
brew install miniprotlocal Homebrew formula metadata
brew / rang 11998
Installer miniprot avec Homebrew
Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de miniprot pour les workflows d'agents IA.
installation
Commandes d'installation supplémentaires
aperçu
Résumé du paquet
Align proteins to genomes with splicing and frameshift
Liens du projet
Commandes et alias
- miniprot
historique
Historique du projet et usages
miniprot is Heng Li's protein-to-genome aligner for genome annotation. The preprint appeared in 2022 and the Bioinformatics paper was published in 2023, describing miniprot as a new aligner for mapping protein sequences to complete genomes with k-mer sketching and vectorized dynamic programming.
Historique du projet
The program fills a bioinformatics gap between older tools such as GeneWise and Exonerate and the scale of modern genome projects. Its README says it aligns protein sequences against genomes with affine gap penalties, splicing, and frameshifts, primarily to annotate protein-coding genes in a new species using known genes from other species. It can build a genome index, output protein PAF, emit GFF3 with embedded PAF, and optionally use splice scores from minisplice.
Modes d'utilisation
Adoption is source-backed through bioinformatics workflows rather than general-purpose package popularity. BUSCO's user guide lists miniprot among third-party tools to cite, and the GALBA genome-annotation pipeline paper describes genome annotation with miniprot and AUGUSTUS. Homebrew packages it as a single `miniprot` executable for the scientific-command-line niche, alongside Bioconda-style distribution and upstream source builds.
Sources
posture de sécurité
Niveau de risque : vert
narrow executable package without higher-risk signals.
Classificateur de risque
risque vert · confiance faible · appliance
Pourquoi
- narrow executable package without higher-risk signals
Signaux
- metadata:no-higher-risk-signals
Comportement d'installation
- Aucune métadonnée de bottle Homebrew n’a été enregistrée.
Revue recommandée
Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.
exécutables
Exécutables installés
| Commande | Type | Exposition | Note |
|---|---|---|---|
miniprot | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
fraîcheur
Version et fraîcheur
Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.
page générée2026-08-03
version du gestionnaire0.18
gestionnaire mis à jour
données localesinconnu
amontnon disponible
dernière version détectéenon détecté
- OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.
métadonnées d'installation
Métadonnées du paquet
| Clé du paquet | brew:miniprot |
|---|---|
| Version | 0.18 |
| Gestionnaire de paquets | Homebrew |
| Page d'accueil | https://lh3.github.io/miniprot/ |
| Dépôt | https://github.com/lh3/miniprot |
| Bouteille | non enregistré |
| Service | aucun déclaré |
piste source
Généré depuis les données du dépôt
Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Sources utilisées
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation