macOS
Homebrewvérifié · 100%
brew install igvlocal Homebrew formula metadata
brew / rang 4783
Installer igv avec Homebrew, apt, Nix, scoop
Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de igv pour les workflows d'agents IA.
installation
Commandes d'installation supplémentaires
Linux
Debian aptvérifié · 92%
sudo apt install igvDebian stable package indexes · igv · Source: deb.debian.org
Nixvérifié · 92%
nix profile install nixpkgs#igvnixpkgs package indexes · pkgs/by-name/ig/igv/package.nix · Source: api.github.com
Windows
Scoopvérifié · 92%
scoop install extras/igvScoop official bucket manifest trees · bucket/igv.json · Source: api.github.com
aperçu
Résumé du paquet
Interactive Genomics Viewer
Liens du projet
Commandes et alias
- igv
- igvtools
historique
Historique du projet et usages
The Integrative Genomics Viewer is a desktop genome visualization tool for interactively exploring large genomic datasets, annotations, alignments, and metadata across local, public, and cloud-hosted sources.
Historique du projet
IGV originated at the Broad Institute as a response to the growing size and heterogeneity of genomic datasets. The 2011 Nature Biotechnology paper introduced IGV as a tool for integrated visual exploration, and the 2013 Briefings in Bioinformatics paper described it as a high-performance viewer for large heterogeneous genomics data.
The desktop application later became one member of a broader IGV family. The official desktop docs list the original Java desktop application, IGV-Web, and igv.js as related forms, while the GitHub README identifies the desktop repository as the Mac, Windows, and Linux application.
Historique d'adoption
IGV's adoption is unusually strong for a desktop scientific package because it became both a research citation target and a practical review tool. The docs explicitly tell researchers how to cite IGV, and the project site lists follow-on publications including variant review and igv.js.
Modes d'utilisation
Desktop IGV is used to load genome references and inspect aligned reads, variants, annotations, expression data, and other genomics tracks. The Homebrew package exposes both `igv` and `igvtools`, reflecting the split between interactive visualization and command-line data preparation.
Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent
IGV is package-nerd interesting because it is a heavyweight scientific GUI shipped through developer package managers. It crosses desktop launchers, Java runtime bundling, genomics file formats, command-line helper tools, and citation-grade scientific reproducibility.
Chronologie
- 2011: Nature Biotechnology paper introduced Integrative Genomics Viewer.
- 2012: Public GitHub repository created for the desktop application.
- 2013: Briefings in Bioinformatics article described high-performance genomics data visualization and exploration with IGV.
- 2017: Cancer Research article documented IGV use in variant review.
- 2023: igv.js publication documented an embeddable JavaScript implementation of IGV.
Related projects
- Related IGV projects include IGV-Web, igv.js, igv-notebook, and igvtools. In package-manager terms, IGV also sits near bioinformatics tools that produce or transform BAM/CRAM, VCF, BED, and genome annotation files.
Sources
posture de sécurité
Niveau de risque : vert
narrow executable package without higher-risk signals.
Classificateur de risque
risque vert · confiance faible · appliance
Pourquoi
- narrow executable package without higher-risk signals
Signaux
- metadata:no-higher-risk-signals
Comportement d'installation
- Aucune métadonnée de bottle Homebrew n’a été enregistrée.
Revue recommandée
Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.
exécutables
Exécutables installés
| Commande | Type | Exposition | Note |
|---|---|---|---|
igv | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
igvtools | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
fraîcheur
Version et fraîcheur
Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.
page générée2026-08-03
version du gestionnaire2.19.8
gestionnaire mis à jour2026-06-11
données localesinconnu
amontnon disponible
dernière version détectéenon détecté
- OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.
métadonnées d'installation
Métadonnées du paquet
| Clé du paquet | brew:igv |
|---|---|
| Version | 2.19.8 |
| Gestionnaire de paquets | Homebrew |
| Page d'accueil | https://igv.org/doc/desktop/ |
| Dernière mise à jour | 2026-06-11T23:03:30Z |
| Pulse | updated |
| Bouteille | non enregistré |
| Service | aucun déclaré |
correspondances dans les bases sources
Autres enregistrements de gestionnaires de paquets
Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.
Debian apt95%
igv 2.18.5+dfsg-1
Integrative Genomics Viewer
https://www.broadinstitute.org/igv/
sudo apt install igv- Section: science
- Architecture: all
- 19 Dépendances
- 1 dépendances optionnelles
- normalized package name match
- Correspondance par : Igv
Nix95%
igv
nix profile install nixpkgs#igv- normalized package name match
- Correspondance par : Igv
Ubuntu apt95%
igv 2.17.3+dfsg-1
Integrative Genomics Viewer
https://www.broadinstitute.org/igv/
sudo apt install igv- Section: universe/science
- Architecture: all
- 19 Dépendances
- 1 dépendances optionnelles
- normalized package name match
- Correspondance par : Igv
Scoop95%
extras/igv
scoop install extras/igv- normalized package name match
- Correspondance par : Igv
piste source
Généré depuis les données du dépôt
Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Sources utilisées
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation