macOS
Homebrewvérifié · 100%
brew install fastqclocal Homebrew formula metadata
brew / rang 3007
Installer fastqc avec Homebrew, apt, Nix
Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de fastqc pour les workflows d'agents IA.
installation
Commandes d'installation supplémentaires
Linux
Debian aptvérifié · 92%
sudo apt install fastqcDebian stable package indexes · fastqc · Source: deb.debian.org
Nixvérifié · 92%
nix profile install nixpkgs#fastqcnixpkgs package indexes · pkgs/by-name/fa/fastqc/package.nix · Source: api.github.com
aperçu
Résumé du paquet
Quality control tool for high throughput sequence data
Liens du projet
Commandes et alias
- fastqc
historique
Historique du projet et usages
FastQC is Babraham Bioinformatics' quality-control application for high-throughput sequencing data. It analyzes FASTQ, BAM, and SAM inputs and produces graphical and HTML reports that flag unusual properties before downstream analysis.
Historique du projet
FastQC was created by Simon Andrews at Babraham Bioinformatics and had public releases by April 2010, according to the official project changelog. The project page describes it as stable, mature Java software released under GPL v3 or later.
The GitHub repository was created in 2017 as the public source-code home for developers and bug tracing, while the Babraham project page remains the canonical place for users to download compiled packages and read documentation.
Historique d'adoption
FastQC became a standard first-pass QC tool for high-throughput sequencing because it works both as an interactive GUI and as a non-interactive pipeline step. The project page emphasizes permanent HTML report export and example reports for Illumina, RNA-Seq adapter contamination, small RNA, RRBS, PacBio, and 454 datasets.
Its release history shows long maintenance from 2010 through the 0.12.x releases in 2023, adapting to new sequencing formats and operational needs such as NovaSeq tile handling, Nanopore format changes, SVG output, and memory options.
Modes d'utilisation
Users run FastQC before deeper analysis to get a quick overview of raw sequence quality. Its modules summarize base quality, sequence content, duplication, adapter content, and other signals, then mark modules as pass, warning, or fail.
FastQC can process multiple files in the graphical application, or run headlessly in pipelines to generate one report per input file. It documents no persistent package configuration file or credential store.
Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent
FastQC is a canonical bioinformatics package-manager resident: a Java GUI that is also a CLI pipeline tool, a project website that predates the GitHub source repo, and output reports recognizable across sequencing workflows.
Chronologie
- 2010: Version 0.1 is released.
- 2017: The public GitHub source repository is created.
- 2018: v0.11.8 is released with performance and behavior fixes.
- 2023: v0.12.x releases add modern report and runtime improvements.
Related projects
- FastQC is commonly paired with FASTQ preprocessing tools such as fastp; fastp's own README describes its HTML report as FastQC-like.
Sources
posture de sécurité
Niveau de risque : vert
narrow executable package without higher-risk signals.
Classificateur de risque
risque vert · confiance faible · appliance
Pourquoi
- narrow executable package without higher-risk signals
Signaux
- metadata:no-higher-risk-signals
Comportement d'installation
- Aucune métadonnée de bottle Homebrew n’a été enregistrée.
Revue recommandée
Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.
exécutables
Exécutables installés
| Commande | Type | Exposition | Note |
|---|---|---|---|
fastqc | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
fraîcheur
Version et fraîcheur
Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.
page générée2026-08-03
version du gestionnaire0.12.1
gestionnaire mis à jour2026-06-22
données localesinconnu
amontnon disponible
dernière version détectéenon détecté
- OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.
métadonnées d'installation
Métadonnées du paquet
| Clé du paquet | brew:fastqc |
|---|---|
| Version | 0.12.1 |
| Gestionnaire de paquets | Homebrew |
| Page d'accueil | https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ |
| Dernière mise à jour | 2026-06-22T14:03:18-07:00 |
| Pulse | updated |
| Bouteille | non enregistré |
| Service | aucun déclaré |
correspondances dans les bases sources
Autres enregistrements de gestionnaires de paquets
Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.
Debian apt95%
fastqc 0.12.1+dfsg-4
quality control for high throughput sequence data
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
sudo apt install fastqc- Section: science
- Architecture: all
- 5 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Fastqc
Nix95%
fastqc
nix profile install nixpkgs#fastqc- normalized package name match
- Correspondance par : Fastqc
Ubuntu apt95%
fastqc 0.12.1+dfsg-3
quality control for high throughput sequence data
https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
sudo apt install fastqc- Section: universe/science
- Architecture: all
- 6 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Fastqc
piste source
Généré depuis les données du dépôt
Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Sources utilisées
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation