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brew install fastq-tools

local Homebrew formula metadata

aperçu

Résumé du paquet

Small utilities for working with fastq sequence files

Liens du projet

Page d'accueil

Commandes et alias

fastq-grep
fastq-kmers
fastq-match
fastq-qscale
fastq-qual
fastq-qualadj
fastq-sample
fastq-sort
fastq-uniq

historique

Historique du projet et usages

fastq-tools is a compact suite of Unix-style utilities for FASTQ sequencing files, including tools for sorting, grepping, k-mer counting, local sequence matching, quality-score tabulation and adjustment, sampling, and duplicate counting.

Historique du projet

Daniel C. Jones published fastq-tools under an MIT-style license in 2011. The README presents it as a collection of small and efficient programs for common tasks with high-throughput sequencing data in FASTQ format.

The package follows the older autotools-era scientific CLI model: generated configure scripts for release tarballs, autogen.sh for git checkouts, and a short dependency list of PCRE and zlib. The GitHub repository remained active through later tags, with v0.8.3 listed among its published tags.

Historique d'adoption

fastq-tools is niche compared with later all-in-one preprocessors, but it fills a durable command-line niche for people who want small composable tools over a single workflow application. Its Homebrew packaging reflects that Unix-toolbox use case.

Modes d'utilisation

The suite works with ordinary and gzipped FASTQ files. Users pick individual commands such as fastq-sort, fastq-grep, fastq-kmers, fastq-sample, fastq-uniq, and fastq-qual rather than configuring a long-running application.

No persistent configuration or credentials file is documented; behavior is driven by command-line options and the input FASTQ streams or files.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

fastq-tools is significant as a small-binary, many-command package: it packages the FASTQ format as a shell-friendly toolkit. That makes it closer to classic text-processing utilities than to GUI or report-heavy bioinformatics applications.

Chronologie

2011: The GitHub repository is created and the README copyright names Daniel C. Jones.
2011: The project is released as a set of small FASTQ utilities.
2022: The repository shows later maintenance activity.
2022: v0.8.3 is listed among repository tags.

Related projects

fastq-tools complements larger FASTQ quality-control and preprocessing tools by providing focused filters and counters for shell pipelines.

Sources

posture de sécurité

Niveau de risque : vert

narrow executable package without higher-risk signals.

Classificateur de risque

risque vert · confiance faible · appliance

Pourquoi

narrow executable package without higher-risk signals

Signaux

metadata:no-higher-risk-signals

Comportement d'installation

Aucune métadonnée de bottle Homebrew n’a été enregistrée.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

Commande	Type	Exposition	Note
`fastq-grep`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`fastq-kmers`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`fastq-match`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`fastq-qscale`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`fastq-qual`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`fastq-qualadj`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`fastq-sample`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`fastq-sort`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`fastq-uniq`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-08-03

version du gestionnaire0.8.3

gestionnaire mis à jour

données localesinconnu

amontnon disponible

dernière version détectéenon détecté

OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquet	brew:fastq-tools
Version	0.8.3
Gestionnaire de paquets	Homebrew
Page d'accueil	https://github.com/dcjones/fastq-tools
Dépôt	https://github.com/dcjones/fastq-tools
Bouteille	non enregistré
Service	aucun déclaré

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/fastq-tools.yml

Sources utilisées

Geiger risk classifier
cross-ecosystem install command graph
curated package history
pkg.so package database
pkgdb category and tag curation

Installer fastq-tools avec Homebrew