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aperçu

Résumé du paquet

K-mer counter for high-fidelity shotgun datasets

Liens du projet

Page d'accueil

Commandes et alias

FastK
Fastcat
Fastcp
Fastmerge
Fastmv
Fastrm
Haplex
Histex
Homex
KmerMap
Logex
Profex
Symmex
Tabex
Vennex

historique

Historique du projet et usages

FastK is Gene Myers' k-mer counter for high-quality shotgun sequencing data, especially Illumina and PacBio HiFi datasets. It is packaged as a command-line scientific tool rather than a general developer utility.

Historique du projet

The README identifies Gene Myers as author, gives July 22, 2020 as the first date, and documents FastK as a k-mer counter optimized for high-quality assembly datasets. Its command suite includes FastK itself plus utilities for moving, merging, concatenating, inspecting, and mapping FastK output files.

Historique d'adoption

FastK's public footprint is niche and bioinformatics-specific. Its adoption signal is strongest in packaging and genomics workflows that need efficient k-mer histograms, tables, and profiles for large sequencing data rather than in broad developer communities.

Modes d'utilisation

FastK consumes CRAM, BAM, SAM, FASTA, FASTQ, gzip-compressed sequence files, and Dazzler databases, producing histograms, sorted k-mer/count tables, and optional sequence profiles. The README emphasizes low-memory operation, temporary disk usage, multithreading, and HPC workflows such as splitting data and merging tables.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

For package nerds, FastK is interesting because it is a domain-heavy command suite where filesystem layout is part of the interface: stub files, hidden sidecar files, table/profile extensions, and companion commands such as Fastrm and Fastmerge all have to be packaged together correctly.

Chronologie

2020: README records the first FastK date as July 22, 2020.
2020: GitHub repository created on October 19, 2020.
2021: README current date records April 18, 2021.

Related projects

KMC3 is named in the README as a performance comparison point.
DAZZ_DB is supported as an input format.
merfin is named as a downstream use case for relative k-mer profiles.

Sources

posture de sécurité

Niveau de risque : vert

narrow executable package without higher-risk signals.

Classificateur de risque

risque vert · confiance faible · appliance

Pourquoi

narrow executable package without higher-risk signals

Signaux

metadata:no-higher-risk-signals

Comportement d'installation

Aucune métadonnée de bottle Homebrew n’a été enregistrée.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

Commande	Type	Exposition	Note
`FastK`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`Fastcat`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`Fastcp`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`Fastmerge`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`Fastmv`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`Fastrm`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`Haplex`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`Histex`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`Homex`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`KmerMap`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`Logex`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`Profex`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`Symmex`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`Tabex`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`Vennex`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-08-03

version du gestionnaire1.2

gestionnaire mis à jour

données localesinconnu

amontnon disponible

dernière version détectéenon détecté

OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquet	brew:fastk
Version	1.2
Gestionnaire de paquets	Homebrew
Page d'accueil	https://github.com/thegenemyers/FASTK
Dépôt	https://github.com/thegenemyers/FASTK
Bouteille	non enregistré
Service	aucun déclaré

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/fastk.yml

Sources utilisées

Geiger risk classifier
cross-ecosystem install command graph
curated package history
pkg.so package database
pkgdb category and tag curation

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