macOS
Homebrewvérifié · 100%
brew install fastanilocal Homebrew formula metadata
brew / rang 11303
Installer fastani avec Homebrew, apt
Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de fastani pour les workflows d'agents IA.
installation
Commandes d'installation supplémentaires
Linux
Debian aptvérifié · 92%
sudo apt install fastaniDebian stable package indexes · fastani · Source: deb.debian.org
aperçu
Résumé du paquet
Fast whole-genome similarity (ANI) estimation
Liens du projet
Commandes et alias
- fastANI
historique
Historique du projet et usages
FastANI is a command-line bioinformatics tool for rapidly estimating average nucleotide identity between complete or draft microbial genomes. It replaces expensive all-against-all alignments with approximate sequence mapping, making ANI practical for large genome collections.
Historique du projet
The official FastANI repository was created in 2017. FastANI uses Mashmap as a MinHash-based sequence mapping engine and follows the broad workflow of earlier ANI methods while avoiding their expensive sequence-alignment step.
The associated 2018 Nature Communications paper introduced FastANI as a scalable ANI method and used it to analyze more than 90,000 prokaryotic genomes. The study reported accuracy comparable to alignment-based ANI methods in the intended similarity range with speedups of two to three orders of magnitude.
Historique d'adoption
FastANI became a practical command-line component in microbial genomics because it accepts both complete and draft assemblies and supports one-to-one, one-to-many, and many-to-many comparisons. The supplied package metadata shows distribution through Homebrew, Debian, and Ubuntu, complementing upstream source builds and release binaries.
Modes d'utilisation
Users provide a query genome and reference genome, or text files listing multiple query and reference assemblies. FastANI writes tab-delimited ANI results and can optionally generate a lower-triangular PHYLIP-style matrix.
The official README recommends checking assembly quality and notes that pairs far below roughly 80 percent ANI are outside FastANI's useful nucleotide-level range. It also documents multi-threading and a small query/reference asymmetry in pairwise estimates.
Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent
FastANI matters to package users because it turns a computationally expensive comparative-genomics method into a scriptable executable suitable for large batches. Its small CLI surface, release binaries, and Linux and macOS package availability make it easy to place inside reproducible genome-classification pipelines.
Chronologie
- 2017: The official FastANI GitHub repository was created.
- 2018: The FastANI method and analysis of more than 90,000 prokaryotic genomes were published in Nature Communications.
- 2023: FastANI v1.34 was published through the official GitHub releases feed.
Related projects
- Mashmap is the approximate mapping engine used by FastANI.
- Mash is another MinHash-based genome-distance tool discussed in the FastANI paper, while BLAST-based ANI solvers are the slower alignment-based comparison point.
Sources
posture de sécurité
Aucune couverture d'outil protégé trouvée pour le moment
Aucun manifest local de gestion des secrets correspondant n'a été trouvé pour fastani. Les métadonnées de paquet Nucleus restent publiées ici afin que la couverture future dispose d'une URL stable.
Comportement d'installation
- Aucune métadonnée de bottle Homebrew n’a été enregistrée.
Revue recommandée
Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.
exécutables
Exécutables installés
| Commande | Type | Exposition | Note |
|---|---|---|---|
fastANI | exécutable | exécutable indexé | Découvert depuis l'index local des exécutables. |
fraîcheur
Version et fraîcheur
Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.
page générée2026-08-03
version du gestionnaire1.34
gestionnaire mis à jour2026-07-25
données localesinconnu
amontnon disponible
dernière version détectéenon détecté
- OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.
métadonnées d'installation
Métadonnées du paquet
| Clé du paquet | brew:fastani |
|---|---|
| Version | 1.34 |
| Gestionnaire de paquets | Homebrew |
| Page d'accueil | https://github.com/ParBLiSS/FastANI |
| Dépôt | https://github.com/ParBLiSS/FastANI |
| Dernière mise à jour | 2026-07-25T01:07:37Z |
| Pulse | updated |
| Bouteille | non enregistré |
| Service | aucun déclaré |
correspondances dans les bases sources
Autres enregistrements de gestionnaires de paquets
Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.
Debian apt95%
fastani 1.33-3+b1
Fast alignment-free computation of whole-genome Average Nucleotide Identity
https://github.com/ParBLiSS/FastANI
sudo apt install fastani- Section: science
- Architecture: amd64
- Source Package: fastani
- 6 Dépendances
- 1 dépendances optionnelles
- normalized package name match
- Correspondance par : Fastani
Ubuntu apt95%
fastani 1.33-3
Fast alignment-free computation of whole-genome Average Nucleotide Identity
https://github.com/ParBLiSS/FastANI
sudo apt install fastani- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 6 Dépendances
- 1 dépendances optionnelles
- normalized package name match
- Correspondance par : Fastani
piste source
Généré depuis les données du dépôt
Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Sources utilisées
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- pkg.so package database