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aperçu

Résumé du paquet

Simple toolset for BED files

Liens du projet

Page d'accueil

Commandes et alias

bedtk

historique

Historique du projet et usages

bedtk is Heng Li's compact command-line toolkit for BED files, focused on fast interval overlap operations with a smaller scope than bedtools.

Historique du projet

The bedtk repository was created in October 2019, with the first visible commit adding interval intersection. Its README describes a simple BED toolset implementing intersection, subtraction, sorting, merging, and breadth-of-coverage calculations.

The project is tied to the 2021 Bioinformatics article 'Bedtk: finding interval overlap with implicit interval tree,' which explains its algorithmic focus. Upstream releases reached v1.0 in April 2025 and v1.2 in August 2025.

Historique d'adoption

The supplied package metadata lists Homebrew packaging. Upstream positions bedtk as a narrow, performance-oriented companion rather than a complete bedtools replacement.

Modes d'utilisation

bedtk is used for operations such as filtering overlapping or non-overlapping BED/VCF records, intersection without pre-sorting, coverage breadth, sorting, and merging.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

bedtk is notable because it comes from the lh3 bioinformatics tool lineage and deliberately keeps the surface area small. It is the kind of package a genomics CLI user installs when they care about speed and memory more than a broad command catalog.

Chronologie

2019: Repository created and initial intersection work committed.
2021: bedtk paper published in Bioinformatics.
2025: v1.0, v1.1, and v1.2 releases published.

Related projects

bedtools is explicitly named by upstream as broader and more versatile.
cgranges is linked from the README and is related to the interval-overlap implementation family.

Sources

posture de sécurité

Niveau de risque : vert

narrow executable package without higher-risk signals.

Classificateur de risque

risque vert · confiance faible · appliance

Pourquoi

narrow executable package without higher-risk signals

Signaux

metadata:no-higher-risk-signals

Comportement d'installation

Aucune métadonnée de bottle Homebrew n’a été enregistrée.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

Commande	Type	Exposition	Note
`bedtk`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-08-03

version du gestionnaire1.2

gestionnaire mis à jour

données localesinconnu

amontnon disponible

dernière version détectéenon détecté

OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquet	brew:bedtk
Version	1.2
Gestionnaire de paquets	Homebrew
Page d'accueil	https://github.com/lh3/bedtk
Dépôt	https://github.com/lh3/bedtk
Bouteille	non enregistré
Service	aucun déclaré

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/bedtk.yml

Sources utilisées

Geiger risk classifier
cross-ecosystem install command graph
curated package history
pkg.so package database
pkgdb category and tag curation

Installer bedtk avec Homebrew