brew / rang 5926

Installer abyss avec Homebrew, apt, MacPorts

Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de abyss pour les workflows d'agents IA.

Commande d'installation Notes de sécurité

installation

Commandes d'installation supplémentaires

macOS

Homebrewvérifié · 100%

brew install abyss

local Homebrew formula metadata

MacPortsvérifié · 94%

sudo port install abyss

MacPorts ports tree · www/abyss/Portfile · Source: api.github.com

Linux

Debian aptvérifié · 92%

sudo apt install abyss

Debian stable package indexes · abyss · Source: deb.debian.org

aperçu

Résumé du paquet

Genome sequence assembler for short reads

Liens du projet

Commandes et alias

ABYSS
ABYSS-P
AdjList
Consensus
DAssembler
DistanceEst
DistanceEst-ssq
KAligner
MergeContigs
MergePaths
Overlap
ParseAligns
PathConsensus
PathOverlap
PopBubbles
SimpleGraph
abyss-align
abyss-bloom
abyss-bloom-dbg
abyss-bloom-dist.mk
abyss-bowtie
abyss-bowtie2
abyss-bwa
abyss-bwamem
abyss-bwasw
abyss-db-csv
abyss-db-txt
abyss-dida
abyss-fac
abyss-fatoagp
abyss-filtergraph
abyss-fixmate

historique

Historique du projet et usages

ABySS is a de novo genome sequence assembler for short paired-end reads, developed at the BC Cancer Genome Sciences Centre and distributed as command-line tools such as abyss-pe and ABYSS-P.

Historique du projet

The official changelog records ABySS 1.0 on 2008-08-07. Its 2009 Genome Research paper described ABySS as a parallel assembler for short-read sequence data, and the project page identifies it as a parallel, paired-end assembler using MPI for larger genomes.

ABySS 2.0, released in 2016 and described in a 2017 Genome Research paper, added a Bloom filter assembly mode to reduce memory use for large genomes. Later releases continued to tune Bloom filter assembly, linked-read scaffolding, RResolver integration, and compiler/platform support.

Historique d'adoption

ABySS became part of bioinformatics packaging culture because it exposed a substantial Unix-style command suite around a reproducible assembly pipeline and was packaged by Homebrew, Debian, Ubuntu, MacPorts, and Bioconda.

The project page notes a 2015 International Bioinformatics Resource Award from the Swiss Institute of Bioinformatics, reflecting broader scientific use beyond the original BC Cancer group.

Modes d'utilisation

Typical use is batch-oriented: users install ABySS through Conda, Homebrew, or from source, then run abyss-pe with parameters such as k and Bloom filter memory settings for paired-end short-read assembly.

The README documents cluster-oriented MPI mode, Bloom filter mode, scaffolding, linked-read workflows, and related tools such as ARCS, Tigmint, Konnector, Sealer, and abyss-bloom.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

ABySS matters to package maintainers because it combines compiled C++ code, MPI/OpenMP, optional scientific dependencies, many installed executables, and large-memory workloads in one formula.

It is a good example of a scientific CLI whose packaging value is not just the top-level binary but a coordinated toolchain used inside reproducible bioinformatics pipelines.

Chronologie

2008: ABySS 1.0 released.
2009: Genome Research paper presents ABySS as a parallel assembler for short-read sequence data.
2015: ABySS wins the Swiss Institute of Bioinformatics International Bioinformatics Resource Award.
2016: ABySS 2.0 introduces Bloom filter assembly mode.
2017: ABySS 2.0 paper describes resource-efficient large-genome assembly using a Bloom filter.
2021: ABySS 2.3.0 makes RResolver part of the default pipeline.

Related projects

Related projects in the official README include Trans-ABySS, ARCS, Tigmint, Konnector, Sealer, btllib, Open MPI, Boost, and samtools.

Sources

https://github.com/bcgsc/abyss#readme
https://raw.githubusercontent.com/bcgsc/abyss/master/ChangeLog
https://www.bcgsc.ca/resources/software/abyss
source_facts.package-manager

posture de sécurité

Niveau de risque : vert

narrow executable package without higher-risk signals.

Classificateur de risque

risque vert · confiance faible · appliance

Pourquoi

narrow executable package without higher-risk signals

Signaux

metadata:no-higher-risk-signals

Comportement d'installation

Aucune métadonnée de bottle Homebrew n’a été enregistrée.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

Commande	Type	Exposition	Note
`ABYSS`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`ABYSS-P`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`AdjList`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`Consensus`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`DAssembler`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`DistanceEst`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`DistanceEst-ssq`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`KAligner`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`MergeContigs`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`MergePaths`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`Overlap`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`ParseAligns`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`PathConsensus`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`PathOverlap`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`PopBubbles`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`SimpleGraph`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-align`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-bloom`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-bloom-dbg`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-bloom-dist.mk`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-bowtie`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-bowtie2`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-bwa`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-bwamem`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-bwasw`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-db-csv`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-db-txt`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-dida`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-fac`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-fatoagp`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-filtergraph`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-fixmate`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-fixmate-ssq`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-gapfill`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-gc`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-index`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-junction`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-kaligner`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-layout`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-longseqdist`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-map`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-map-ssq`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-mergepairs`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-overlap`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-paired-dbg`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-paired-dbg-mpi`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-pe`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-rresolver-short`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-samtoafg`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-scaffold`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-sealer`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-stack-size`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-tabtomd`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-todot`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`abyss-tofastq`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`konnector`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.
`logcounter`	exécutable	exécutable indexé	Découvert depuis l'index local des exécutables.

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-08-03

version du gestionnaire2.3.10

gestionnaire mis à jour2026-07-04

données localesinconnu

amontnon disponible

dernière version détectéenon détecté

OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquet	brew:abyss
Version	2.3.10
Gestionnaire de paquets	Homebrew
Page d'accueil	https://www.bcgsc.ca/resources/software/abyss
Dépôt	https://github.com/BirolLab/abyss
Dernière mise à jour	2026-07-04T16:53:41+09:00
Pulse	updated
Bouteille	non enregistré
Service	aucun déclaré

correspondances dans les bases sources

Autres enregistrements de gestionnaires de paquets

Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.

Debian apt95%

abyss 2.3.10-1+b1

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

https://github.com/bcgsc/abyss

sudo apt install abyss

Section: science
Architecture: amd64
Source Package: abyss
11 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Abyss

Debian stable package indexes · deb.debian.org · Debian stable package indexes: abyss from https://deb.debian.org/debian/dists/stable/main/binary-amd64/Packages.xz

Ubuntu apt95%

abyss 2.3.7-2ubuntu3

de novo, parallel, sequence assembler for short reads

https://github.com/bcgsc/abyss

sudo apt install abyss

Section: universe/science
Architecture: amd64
11 Dépendances
normalized package name match
Correspondance par : Abyss

Ubuntu 24.04 LTS package indexes · archive.ubuntu.com · Ubuntu 24.04 LTS package indexes: abyss from https://archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/noble/universe/binary-amd64/Packages.gz

MacPorts95%

abyss

sudo port install abyss

normalized package name match
Correspondance par : Abyss

MacPorts ports tree · api.github.com · MacPorts ports tree: www/abyss/Portfile from https://api.github.com/repos/macports/macports-ports/git/trees/master?recursive=1

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/abyss.yml

Sources utilisées

Geiger risk classifier
cross-ecosystem install command graph
curated package history
external package-manager database matches
pkg.so package database
pkgdb category and tag curation