macOS
Homebrewvérifié · 100%
brew install spoalocal Homebrew formula metadata
brew / rang 13124
Installer spoa avec Homebrew, apt
Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de spoa pour les workflows d'agents IA.
installation
Commandes d'installation supplémentaires
Linux
Debian aptvérifié · 92%
sudo apt install spoaDebian stable package indexes · spoa · Source: deb.debian.org
aperçu
Résumé du paquet
SIMD partial order alignment tool/library
Liens du projet
Commandes et alias
- spoa
historique
Historique du projet et usages
Spoa is a C++ SIMD implementation of partial order alignment, packaged as both a command-line tool and library for generating consensus sequences from biological sequence reads.
Historique du projet
The official README defines Spoa as `SIMD POA`, an implementation of the partial order alignment algorithm used to generate consensus sequences. It supports local, global, and semi-global alignment modes, linear, affine, and convex gap modes, and SIMD acceleration through SSE4.1+, AVX2, SIMDe, and dispatching.
Spoa is tied to the long-read sequencing era: the README points to the original POA and consensus-sequence literature, while the project is also marked as published in Genome Research. In package form, it gives bioinformatics pipelines a small native executable and a linkable library rather than a large workflow framework.
Historique d'adoption
The supplied package-manager data lists Spoa in Homebrew and as `libspoa-dev` in Debian and Ubuntu. That packaging split reflects its dual role: command for direct FASTA/FASTQ processing and development library for other genomics tools.
Modes d'utilisation
The `spoa` command reads FASTA or FASTQ sequences, including gzip-compressed input, and writes consensus or multiple-sequence-alignment FASTA output. Options select scoring, gap penalties, alignment mode, and result mode.
Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent
Spoa matters to package maintainers because it is a compact, performance-sensitive C++ bioinformatics dependency. Its optional SIMD/SIMDe paths and library install targets are exactly the kind of details that determine whether a formula or distro package is useful beyond a single architecture.
Chronologie
- 2002: Partial order alignment is published in Bioinformatics, the algorithmic foundation cited by the Spoa README.
- 2003: Consensus sequence generation with partial order graphs is published, also cited by the Spoa README.
- 2017: Spoa is associated with a Genome Research publication badge in the official repository.
- Ongoing: The README documents CMake and Meson builds plus SIMD and portability options.
Related projects
- The original POA algorithm and consensus-sequence papers are cited by the official Spoa README.
- SIMDe is listed as a portability option for SIMD support.
- bioparser and biosoup are listed as dependencies for the executable and tests.
Sources
- https://github.com/rvaser/spoa#readme
- source_facts.package-manager
posture de sécurité
Niveau de risque : vert
library-like package without higher-risk signals.
Classificateur de risque
risque vert · confiance faible · appliance
Pourquoi
- library-like package without higher-risk signals
Signaux
- metadata:library-like
Comportement d'installation
- Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
- Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
- Les métadonnées de compilation listent 1 dépendances de compilation.
Revue recommandée
Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.
exécutables
Exécutables installés
| Commande | Type | Exposition | Note |
|---|---|---|---|
spoa | cli | exécutable global |
fraîcheur
Version et fraîcheur
Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.
page générée2026-08-04
version du gestionnaire4.1.5
gestionnaire mis à jour2026-06-21
données localesOK
amontà jour
dernière version détectée4.1.5
https://github.com/rvaser/spoa
- OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.
métadonnées d'installation
Métadonnées du paquet
| Clé du paquet | brew:spoa |
|---|---|
| Version | 4.1.5 |
| Gestionnaire de paquets | Homebrew |
| Page du gestionnaire de paquets | https://formulae.brew.sh/formula/spoa |
| Page d'accueil | https://github.com/rvaser/spoa |
| Dépôt | https://github.com/rvaser/spoa |
| Licence | MIT |
| Archive source | https://github.com/rvaser/spoa/archive/refs/tags/4.1.5.tar.gz |
| Dernière mise à jour | 2026-06-21T00:20:16Z |
| Pulse | updated |
| Dépendances de compilation | cmake |
| Bouteille | disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| post-install Homebrew | non défini |
| Service | aucun déclaré |
faits du registre
Détails de la base source
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | spoa |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
correspondances dans les bases sources
Autres enregistrements de gestionnaires de paquets
Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.
Debian apt95%
libspoa-dev 4.1.4-2+b1
SIMD partial order alignment library (development files)
https://github.com/rvaser/spoa
sudo apt install libspoa-dev- Section: libdevel
- Architecture: amd64
- Source Package: spoa
- 2 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Spoa
Debian apt95%
libspoa7.0.0 4.1.4-2+b1
SIMD partial order alignment library
https://github.com/rvaser/spoa
sudo apt install libspoa7.0.0- Section: libs
- Architecture: amd64
- Source Package: spoa
- 3 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Spoa
Debian apt95%
spoa 4.1.4-2+b1
SIMD partial order alignment tool
https://github.com/rvaser/spoa
sudo apt install spoa- Section: science
- Architecture: amd64
- Source Package: spoa
- 5 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Spoa
Ubuntu apt95%
libspoa-dev 4.0.8-1
SIMD partial order alignment library (development files)
https://github.com/rvaser/spoa
sudo apt install libspoa-dev- Section: universe/libdevel
- Architecture: amd64
- Source Package: spoa
- 2 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Spoa
Ubuntu apt95%
libspoa7.0.0 4.0.8-1
SIMD partial order alignment library
https://github.com/rvaser/spoa
sudo apt install libspoa7.0.0- Section: universe/libs
- Architecture: amd64
- Source Package: spoa
- 3 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Spoa
Ubuntu apt95%
spoa 4.0.8-1
SIMD partial order alignment tool
https://github.com/rvaser/spoa
sudo apt install spoa- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 5 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Spoa
piste source
Généré depuis les données du dépôt
Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Sources utilisées
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation