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aperçu

Résumé du paquet

Fast, robust ANI and aligned fraction for (metagenomic) genomes and contigs

Liens du projet

Commandes et alias

skani

historique

Historique du projet et usages

skani is an open-source bioinformatics program for rapid comparison of microbial genomes, contigs, and metagenome-assembled genomes. It reports average nucleotide identity and aligned fraction using approximate mapping and sparse chaining.

Historique du projet

skani was developed by Jim Shaw with Yun William Yu to calculate average nucleotide identity and aligned fraction through sparse chaining without base-level alignment. The method was described in Nature Methods in 2023.

Subsequent releases expanded and refined database searching, memory use, command-line behavior, and output controls. The project maintains detailed usage guides and tutorials in its official GitHub wiki.

Historique d'adoption

The project is distributed through source builds, release binaries, Conda/Bioconda, and Homebrew. Its official README also points users to independent Rust and Python interfaces, indicating use both as a command-line program and as a component in bioinformatics workflows.

Modes d'utilisation

Common operations include pairwise genome comparison with `skani dist`, database construction with `skani sketch`, database querying with `skani search`, and all-versus-all matrix or edge-list generation with `skani triangle`.

The tool is aimed primarily at comparisons above roughly 80% ANI. Its documentation warns that default filtering may produce no output when aligned fraction is too low.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

skani is notable to scientific-package users because it combines a Rust implementation with a specialized genomics algorithm, preprocessed searchable databases, multithreaded CLI operations, and reproducible package-manager distribution. It occupies the performance-oriented space between sketching tools such as Mash and alignment-based ANI programs such as FastANI.

Chronologie

2023: The skani method was described by Jim Shaw and Yun William Yu in Nature Methods.
2025: Version 0.3.0 introduced a consolidated searchable database format and reduced memory consumption, with command-line changes documented as breaking.
2025: The official wiki was updated with expanded usage guides, tutorials, and database workflows.

Related projects

Mash: a genome-distance sketching tool discussed by skani's documentation as a faster but potentially less accurate comparator for incomplete MAGs.
FastANI: an ANI implementation used as a performance and accuracy comparator in the skani project.
pyskani: independent Python bindings referenced by the official skani README.
skani-lib-example: an official minimal example for embedding skani as a Rust library.

Sources

Official skani releases: https://github.com/bluenote-1577/skani/releases
Official skani repository README: https://github.com/bluenote-1577/skani#readme
Official skani wiki: https://github.com/bluenote-1577/skani/wiki

posture de sécurité

Aucune couverture d'outil protégé trouvée pour le moment

Aucun manifest local de gestion des secrets correspondant n'a été trouvé pour skani. Les métadonnées de paquet restent publiées ici afin que la couverture future dispose d'une URL stable.

Comportement d'installation

Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
Les métadonnées de compilation listent 1 dépendances de compilation.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

Commande	Type	Exposition	Note
`skani`	cli	exécutable global

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-09-19

version du gestionnaire0.3.2

gestionnaire mis à jour2026-09-13

données localesOK

amontà jour

dernière version détectéev0.3.2

https://github.com/bluenote-1577/skani

OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquet	brew:skani
Version	0.3.2
Gestionnaire de paquets	Homebrew
Page du gestionnaire de paquets	https://formulae.brew.sh/formula/skani
Page d'accueil	https://github.com/bluenote-1577/skani
Dépôt	https://github.com/bluenote-1577/skani
Licence	MIT
Archive source	https://github.com/bluenote-1577/skani/archive/refs/tags/v0.3.2.tar.gz
Dernière mise à jour	2026-09-13T02:17:45Z
Pulse	updated
Dépendances de compilation	rust
Bouteille	disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
post-install Homebrew	non défini
Service	aucun déclaré

faits du registre

Détails de la base source

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	skani
Version Scheme	0
Revision	0
Head Version	HEAD
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	head stable

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/skani.yml

Sources utilisées

Geiger risk classifier
cross-ecosystem install command graph
curated package history
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment
pkg.so package database
pkgdb category and tag curation

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