macOS
Homebrewvérifié · 100%
brew install sicklelocal Homebrew formula metadata
brew / rang 13587
Installer sickle avec Homebrew, apt
Consultez les chemins d'installation, exécutables, métadonnées et notes de sécurité de sickle pour les workflows d'agents IA.
installation
Commandes d'installation supplémentaires
Linux
Debian aptvérifié · 92%
sudo apt install sickleDebian stable package indexes · sickle · Source: deb.debian.org
aperçu
Résumé du paquet
Windowed adaptive trimming for FASTQ files using quality
Liens du projet
Commandes et alias
- sickle
historique
Historique du projet et usages
Sickle is a C command-line program that trims low-quality sequence from FASTQ reads with an adaptive sliding-window algorithm and discards reads below a chosen length threshold.
Historique du projet
Najoshi and Fass developed Sickle as a sliding-window, adaptive quality trimmer for FASTQ sequencing reads. Upstream's requested software citation dates the project to 2011 and identifies version 1.33.
Historique d'adoption
Sickle became available through bioinformatics and operating-system packaging channels. The supplied metadata records Homebrew, Debian, and Ubuntu packages, while the official repository includes an XML descriptor for integration into local Galaxy installations.
Modes d'utilisation
Sickle offers `se` and `pe` modes for single-end and paired-end reads. Users specify FASTQ inputs, quality encoding, output files, and optional quality or length thresholds; paired-end mode can preserve pairs, emit orphaned reads separately, or produce interleaved output.
Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent
Sickle captures an earlier generation of compact, native bioinformatics command-line tools: a focused C executable, compressed-FASTQ support through zlib, explicit quality-encoding selection, and straightforward composition in sequencing pipelines. Its Galaxy descriptor also bridges shell-oriented and workflow-platform packaging.
Chronologie
- 2011: Upstream's requested citation dates Sickle and version 1.33 to this year.
- Subsequent packaging: Sickle became available through Homebrew, Debian, and Ubuntu.
Related projects
- Galaxy can expose Sickle through the XML tool descriptor shipped in the repository.
- kseq.h, bundled with the source, provides sequence parsing.
- zlib provides compressed-input support.
Sources
- https://github.com/najoshi/sickle#readme
- source_facts.package-manager
posture de sécurité
Niveau de risque : vert
narrow executable package without higher-risk signals.
Classificateur de risque
risque vert · confiance faible · appliance
Pourquoi
- narrow executable package without higher-risk signals
Signaux
- metadata:no-higher-risk-signals
Comportement d'installation
- Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
- Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
Revue recommandée
Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.
exécutables
Exécutables installés
| Commande | Type | Exposition | Note |
|---|---|---|---|
sickle | cli | exécutable global |
fraîcheur
Version et fraîcheur
Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.
page générée2026-09-19
version du gestionnaire1.33
gestionnaire mis à jour2026-09-13
données localesOK
amontà jour
dernière version détectéev1.33
https://github.com/najoshi/sickle
- OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.
métadonnées d'installation
Métadonnées du paquet
| Clé du paquet | brew:sickle |
|---|---|
| Version | 1.33 |
| Gestionnaire de paquets | Homebrew |
| Page du gestionnaire de paquets | https://formulae.brew.sh/formula/sickle |
| Page d'accueil | https://github.com/najoshi/sickle |
| Dépôt | https://github.com/najoshi/sickle |
| Licence | MIT |
| Archive source | https://github.com/najoshi/sickle/archive/refs/tags/v1.33.tar.gz |
| Dernière mise à jour | 2026-09-13T09:05:23Z |
| Pulse | updated |
| Bouteille | disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux) |
| post-install Homebrew | non défini |
| Service | aucun déclaré |
faits du registre
Détails de la base source
| Source Database | Homebrew formula API |
|---|---|
| Tap | homebrew/core |
| Full Name | sickle |
| Version Scheme | 0 |
| Revision | 0 |
| Bottle Stable Root URL | https://ghcr.io/v2/homebrew/core |
| Deprecated | no |
| Disabled | no |
| Keg Only | no |
| URL Keys |
|
correspondances dans les bases sources
Autres enregistrements de gestionnaires de paquets
Les correspondances proviennent d’index externes de gestionnaires de paquets et restent séparées des liens de paquets Automic Vault locaux.
Debian apt95%
sickle 1.33+git20150314.f3d6ae3-2
windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality
https://github.com/najoshi/sickle
sudo apt install sickle- Section: science
- Architecture: amd64
- 2 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Sickle
Ubuntu apt95%
sickle 1.33+git20150314.f3d6ae3-2
windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality
https://github.com/najoshi/sickle
sudo apt install sickle- Section: universe/science
- Architecture: amd64
- 2 Dépendances
- normalized package name match
- Correspondance par : Sickle
piste source
Généré depuis les données du dépôt
Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.
Combined YAML source
View the package source record on GitHub.
Sources utilisées
- Geiger risk classifier
- cross-ecosystem install command graph
- curated package history
- external package-manager database matches
- package relationship graph
- package version freshness
- package-page enrichment
- pkg.so package database
- pkgdb category and tag curation