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Commandes d'installation supplémentaires

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Homebrewvérifié · 100%

brew install ropebwt3

local Homebrew formula metadata

aperçu

Résumé du paquet

BWT construction and search

Liens du projet

Commandes et alias

ropebwt3

historique

Historique du projet et usages

ropebwt3 constructs run-length-encoded Burrows-Wheeler Transform/FM-index data structures for large DNA sequence sets and searches them for exact matches, local alignments, and haplotype diversity.

Historique du projet

Heng Li developed ropebwt3 as a successor in the ropeBWT line for construction and searching of FM-indexes over large, highly redundant DNA collections.

A 2024 Bioinformatics paper described BWT construction and search at terabase scale. Subsequent 3.x releases expanded search and alignment behavior.

Historique d'adoption

ropebwt3 is distributed through Homebrew. The project also supplies downloadable prebuilt indexes for bacterial and human pangenomic data, supporting practical use beyond source builds.

Modes d'utilisation

Typical workflows build an FMR or FMD index from FASTA/FASTQ data, generate a sampled suffix array, and use `mem`, `sw`, or `hapdiv` for sequence search and alignment.

It is optimized for redundant collections such as pangenomes and high-coverage reads rather than routine high-throughput read alignment.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

The package brings terabase-scale pangenome indexing to a conventional command-line installation workflow. Its distinction between dynamic FMR files for construction and compact, memory-mappable FMD files for search is particularly relevant to performance-conscious bioinformatics users.

Chronologie

2024: The ropebwt3 terabase-scale methods paper appeared in Bioinformatics.
2025: Version 3.10 added multi-position output to the `sw` command and updated suffix-array construction code.

Related projects

ropebwt2 is the earlier incremental FM-index construction project.
The software incorporates a revised BWA-SW approach for local alignment and interoperates with tools such as seqtk when preparing index metadata.

Sources

https://github.com/lh3/ropebwt3#readme
https://github.com/lh3/ropebwt3/releases
source_facts.package-manager

posture de sécurité

Niveau de risque : vert

narrow executable package without higher-risk signals.

Classificateur de risque

risque vert · confiance faible · appliance

Pourquoi

narrow executable package without higher-risk signals

Signaux

metadata:no-higher-risk-signals

Comportement d'installation

Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
S’installe avec 1 dépendances d’exécution.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

Commande	Type	Exposition	Note
`ropebwt3`	cli	exécutable global

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-09-19

version du gestionnaire3.10

gestionnaire mis à jour2026-09-12

données localesOK

amontà jour

dernière version détectéev3.10

https://github.com/lh3/ropebwt3

OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquet	brew:ropebwt3
Version	3.10
Gestionnaire de paquets	Homebrew
Page du gestionnaire de paquets	https://formulae.brew.sh/formula/ropebwt3
Page d'accueil	https://github.com/lh3/ropebwt3
Dépôt	https://github.com/lh3/ropebwt3
Licence	MIT AND Apache-2.0
Archive source	https://github.com/lh3/ropebwt3/archive/refs/tags/v3.10.tar.gz
Dernière mise à jour	2026-09-12T11:02:20Z
Pulse	updated
Dépendances	libomp
Bouteille	disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
post-install Homebrew	non défini
Service	aucun déclaré

faits du registre

Détails de la base source

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	ropebwt3
Version Scheme	0
Revision	0
Head Version	HEAD
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	head stable

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/ropebwt3.yml

Sources utilisées

Geiger risk classifier
cross-ecosystem install command graph
curated package history
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment
pkg.so package database
pkgdb category and tag curation

Installer ropebwt3 avec Homebrew