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Commandes d'installation supplémentaires

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Homebrewvérifié · 100%

brew install chopper

local Homebrew formula metadata

aperçu

Résumé du paquet

Filter and trim long-read sequencing data by quality and length

Liens du projet

Commandes et alias

chopper

historique

Historique du projet et usages

chopper is a Rust command-line program for filtering and trimming FASTQ reads from long-read sequencing platforms such as Oxford Nanopore and PacBio. It is designed as a faster reimplementation of functionality associated with the Python tools NanoFilt and NanoLyse.

Historique du projet

The project's GitHub repository was created in August 2020. Its first published GitHub release was v0.1.0 in November 2022, and development has continued through later releases that expanded its filtering and trimming strategies.

Historique d'adoption

The project distributes ready-to-use binaries from GitHub Releases and documents installation through Bioconda. The supplied package metadata also records a Homebrew formula, making it available in both bioinformatics-focused and general-purpose package-manager workflows.

Modes d'utilisation

chopper fits Unix sequencing pipelines by reading FASTQ from standard input and writing accepted reads to standard output. Common invocations set minimum quality and length thresholds, optionally crop or quality-trim reads, and pipe compressed data through gzip or pigz.

Pourquoi les passionnés de paquets s'y intéressent

For package-oriented users, chopper is notable as a small Rust replacement for older Python tooling that preserves stream-based composition while offering standalone release binaries and Bioconda and Homebrew distribution. Its stdin/stdout interface makes it easy to slot into reproducible shell pipelines without project-specific configuration.

Chronologie

2020: GitHub repository created.
2022: First GitHub release, v0.1.0.
2026: v0.13.0 released with split-window support for low-quality splitting.

Related projects

NanoFilt and NanoLyse are the Python tools whose functionality motivated chopper's Rust implementation.
pigz is recommended in the official README for overlapping FASTQ compression or decompression with chopper's processing.

Sources

https://api.github.com/repos/wdecoster/chopper
https://api.github.com/repos/wdecoster/chopper/releases?per_page=100
https://github.com/wdecoster/chopper#readme
source_facts.package-manager

posture de sécurité

Aucune couverture d'outil protégé trouvée pour le moment

Aucun manifest local de gestion des secrets correspondant n'a été trouvé pour chopper. Les métadonnées de paquet restent publiées ici afin que la couverture future dispose d'une URL stable.

Comportement d'installation

Aucun hook post-install Homebrew n’est enregistré dans les métadonnées de formule.
Les métadonnées de bottle Homebrew sont disponibles pour 6 plateformes.
Les métadonnées de compilation listent 2 dépendances de compilation.

Revue recommandée

Avant une utilisation sans surveillance par un agent, vérifiez si l'outil lit des identifiants en clair, écrit un état distant, publie des artefacts ou lance des plugins.

exécutables

Exécutables installés

Commande	Type	Exposition	Note
`chopper`	cli	exécutable global

fraîcheur

Version et fraîcheur

Ces signaux séparent l'âge de génération de la page, l'activité du gestionnaire de paquets et la comparaison avec les versions amont. Un retard de version n'est signalé que lorsqu'une URL de preuve et des versions comparables sont présentes.

page générée2026-08-04

version du gestionnaire0.13.0

gestionnaire mis à jour2026-07-15

données localesOK

amontà jour

dernière version détectéev0.13.0

https://github.com/wdecoster/chopper

OKAucun avertissement de fraîcheur n'a été généré.

métadonnées d'installation

Métadonnées du paquet

Clé du paquet	brew:chopper
Version	0.13.0
Gestionnaire de paquets	Homebrew
Page du gestionnaire de paquets	https://formulae.brew.sh/formula/chopper
Page d'accueil	https://github.com/wdecoster/chopper
Dépôt	https://github.com/wdecoster/chopper
Licence	MIT
Archive source	https://github.com/wdecoster/chopper/archive/refs/tags/v0.13.0.tar.gz
Dernière mise à jour	2026-07-15T10:09:42Z
Pulse	updated
Dépendances de compilation	cmake, rust
Bouteille	disponible (sur arm64_linux, arm64_sequoia, arm64_sonoma, arm64_tahoe, sonoma, x86_64_linux)
post-install Homebrew	non défini
Service	aucun déclaré

faits du registre

Détails de la base source

Source Database	Homebrew formula API
Tap	homebrew/core
Full Name	chopper
Version Scheme	0
Revision	0
Head Version	HEAD
Bottle Stable Root URL	https://ghcr.io/v2/homebrew/core
Deprecated	no
Disabled	no
Keg Only	no
URL Keys	head stable

graphe de paquets

Les liens viennent du graphe local de relations entre paquets, des suppléments, des dépendances, des correspondances d'écosystèmes et de l'appartenance aux hubs.

piste source

Généré depuis les données du dépôt

Cette page est servie par av-web depuis l'artéfact SQLite privé des paquets généré par scripts/generate-pkg-sqlite.py.

Combined YAML source

View the package source record on GitHub.

combined/chopper.yml

Sources utilisées

cross-ecosystem install command graph
curated package history
package relationship graph
package version freshness
package-page enrichment
pkg.so package database
pkgdb category and tag curation

Installer chopper avec Homebrew